鹿传霖去职，清廷再次把清军收复的瞻对“一律赏给达赖喇嘛收受，毋庸改土归流”。当然也要做足官样文章，下旨说：“达赖喇嘛当仰体朝廷覆冒之仁，知感知畏，力图自新，即著慎选番官，严加约束，毋得再有酷虐瞻民侵扰邻境情事，至干罪戾。”
这也难免太一厢情愿，自作多情了。尤其要求噶厦政府“力图自新”，更是可笑之至。自己放弃改土归流，就不是力图自新之举，怎么可能以此来要求更为保守以自固的噶厦政府？
失去瞻对，对清廷来说，也许不过是一个小妥协，但对噶厦政府来说，却是一个大胜利。须知噶厦并不是一个世俗政权，其最高领导同时是所有信奉藏传佛教，特别是信奉藏传佛教格鲁派的藏区人民的最高宗教领袖。即便在九至十二世达赖没有机会亲政的情形下，也都是由这一教派的著名活佛出任摄政王，所代表的也是达赖喇嘛这个最高宗教领袖。所以，长期以来，噶厦政府一方面在行政上管理西藏事务，一方面通过其宗教上的巨大控制力，特别是通过各个寺院系统，长期对西藏之外的藏区发挥着越来越大的影响。在川属藏区土司地界，这个影响力也同样是日渐扩大的，以致渐渐发展到一些有影响的格鲁派寺院，插手当地政治经济事务，从而完全改变了地方政治格局。这种情势的形成，与清初以来便一力扶持藏传佛教格鲁派势力的政策有很大关系。乾隆年间，两征大小金川胜利后，行政上废除了土司制，宗教上废禁当地流行的本教，强令当地本教寺院一律改宗藏传佛教。大金川土司家庙雍忠拉顶就被强制改为格鲁派寺院，寺院历任堪布都由格鲁派中心三大寺之一的色拉寺派遣而来。在与瞻对相邻的霍尔土司地面和打箭炉附近地区，明末清初便逐步建立起属于格鲁派的十三个寺院。这些寺院中的灵雀寺、寿宁寺、大金寺后来都发展成为拥有数千僧人的超大寺院。发展到后来，这些寺院的经济与军事实力都远超于当地土司。这样的情形，也发生在瞻对南边的里塘与巴塘地方。分处于这两地的长青春科尔寺、丁林寺等也都是这种情况。清末，国势衰微，庸官当道，有治世抱负的大臣屡被革斥。那些传承了十代、十几代的各土司家族也日益衰微，寺院势力更加膨胀。
这些寺院和那些互相孤立的土司不同，他们是一个严密的系统，中枢在西藏拉萨，此时的中枢首脑就是第十三世达赖喇嘛。
这个寺院系统与土司势力的此消彼长，使得川边藏区发生的事情再也不像过去只是孤立的事件。
其实，清廷这种妥协也并非真的顾念体恤西藏，只是国势衰弱，腐败无度的官僚体系中各级大员因循守旧，不愿也不能有所作为的一个结果。对内妥协如此，对外关系中，其妥协的程度就更加荒唐了。
公元1888年，光绪十四年，英军入侵西藏。西藏军民同仇敌忾，严守隆吐山边防，清廷并不顾念西藏军民捍卫领土的强烈决心与情感，“体恤西藏”，予以军事上的支援，反而百般阻挠，并将同情并支持噶厦政府抗英的驻藏大臣文硕解职。藏军守卫隆吐山兵败，结果自然是向入侵者妥协，签订更加符合英人意图与利益的《中英会议藏印条约》。
这个条约中，就有关于划定西藏与哲孟雄边界的条款。但英国人自己并不打算遵守。
1902年，英国驻哲孟雄行政长官怀特，即率英军再次入侵西藏。在甲冈地方拆毁定界石堆，驱逐守界藏兵。
次年底，荣赫鹏上校率英军偷越边界山口，进驻西藏境内仁进岗，继而又占领帕里，驻兵于宗政府中。并将噶厦政府的交涉官员无理扣留。帕里当地百姓，激于义愤，闯入宗政府，救出交涉官员。英军立即向藏族民众开枪开炮。此时的驻藏大臣，却严禁清军参与战斗。更有甚者，一位清军军官，竟收受英国人的金钱贿赂，向英军泄露藏军的布防情况。
1904年，英军继续在西藏境内挺进，藏军以原始武器对抗用大炮和机关枪武装的英军，先败于曲米新古，伤亡七百余人。再败于骨鲁，又伤亡七百余人。藏族军民的英勇抵抗，连英军中也有人在致朋友的信中说，“我佩服他们的勇敢和豪放，希望人们不要因此而认为我是亲西藏的”。
在此严峻情形下，清廷对西藏军民却并未有“顾恤”。驻藏大臣有泰在对荣赫鹏的照会中说：“查前藏代本，不遵约束，竟在骨鲁地面，始祸称戈，大国之威，败其徒众，咎由自取。”
有泰在向清廷报告时，说得更加露骨：“倘番众果再大败，则此事即有转机。”也就是说，只有让藏军再经历大败，他们才肯跟英国人谈判，“譬如釜底抽薪，不能从吾号令也”。为了让藏人听从他的号令，不但不派驻藏清兵助战，还要“釜底抽薪”，迫使就范。
西藏军民继续拒战英军，因武器装备落后，官兵缺乏训练，再败于康马地方，牺牲三百余人。
藏方集聚藏军和各地民兵万余人，节节血战抵抗，于1904年展开江孜保卫战，再次兵败后，西藏门户洞开，英军直入拉萨。十三世达赖喇嘛逃往蒙古，结果是驻藏大臣有泰和达赖逃亡前指定的摄政和荣赫鹏在布达拉宫会谈。
在英国人咄咄逼人的攻势面前，坚决抗英的噶厦政府方面面对危机又是怎样的认识与应对呢？
中国社科院民族研究所和西藏档案馆联合编辑的《西藏社会历史藏文档案资料》中一些材料如今读来对人颇有启发。
1888年，英国人第一次对西藏用兵。战争爆发前，西藏方面面对边界危机已有相当警觉。
1886年初，便下令备战。命令中有这样的话：“宗教之敌——英国，对我西藏佛教圣地图谋颠覆之企图，有增无减，对此应有准备。”也就是说，在噶厦政府的当政者眼中，西藏并不是一个“国”，而是一个“佛教圣地”。这道命令接着说，“为使官兵们到达亚东、锡金军营处时间不延误，可以征派乘马、驮畜，应随时做准备。凡不明宗教大义之人，若像以前，进行阻止或轻慢，哪怕时间很短，根据盖有四方印的文告及此地僧俗二者之理由，按军法处置”。也就是说，对备战积极与消极，是以明或者不明“宗教大义”来归咎主观原因的。也就是说，英军侵犯边境，在彼时当政者眼中，遭遇危机的是宗教，而不是“族”与“国”。
“族”或者“国”自然是古已有之的，但作为一个整体概念被清晰表述，并以此主张种种权益，其实是一个现代概念。在英国人图藏的时代，这样两个概念已经越来越成为国际间政治诉求的主体，但在西藏，积极准备的还是卫教之战。而且，卫教之战的决心还是非常坚定的，同年一件由噶厦政府下达的文告中就有这样的表达：“兹有外方心怀叵测之英吉利，欲来我西藏佛地贸易，扬言止须开放商路，不得阻拦，否则将以兵戎相见等等。对此，应予以阻止，不可开例。按以往历次会议之甘结，即便西藏男丁死尽，妇女亦愿坚决抵御到底，矢志不移。”
那时，西藏地方藏军的常备兵力才三千多人，而且装备落后，训练水平低下。在用现代化武器武装，并有良好训练的英军进攻前，决心再大也难以抵敌，于是只好动员民兵参战。临时召集的民兵装备之落后，从噶厦下达的征兵令中便可看得一清二楚。
“七月一日政府颁发盖有官印之书面命令全文如下：
“为驱逐外国侵略者——英国军队，须增加兵力……兵额一定按政府中规定的数目征派，而且为了打击民族的敌人，应选派身强力壮之人，不必带武器，但须要五个人带一把铁锹和一把锄头，每十个人带一把斧子，每人带一根绳子和一个口袋，除此而外，须自带两个月的口粮。”
这份命令有两点值得注意。
一是文书中出现了“民族”这个字眼。
二是，临时召集的民兵要自带口粮，自带修建工事的工具，这怎么可能抵挡现代化武装的职业军人的进攻？
另一份命令则是向地方征集武器：“哲康地区出枪三支，得康地区出枪一支，火药袋一套，子弹二十发，火绳三托。”
这样才征集了一万余人，去前线抵抗英军。而那个时候，西藏遍地寺庙，据当时驻藏大臣的统计：“达赖所辖寺三千一百五十座，班禅所辖寺三百二十七座，册上有食粮喇嘛八万四千。”真是一个佛教之国啊！其实，说是佛教之国也并不确切，不能说僧人多就是佛教之国吧，还是一个美国藏学家的命名更恰切：喇嘛王国。