要让朝廷下弃保漕运的决心和让朝廷放弃运河，完全是两回事。京杭运河的功能，不仅是保漕粮运输，它还有一个作用不容忽视将南北两京的空间距离拉的很短。
运河全部无法通航的时候，商贾行人在两地陆路通行时间从原先的十天一下子能拉长到一个月这般低效绝对影响朝廷对整个江南这一赋税重地的治理，也影响南北的商品流通。
因此，潘季驯所谓弃保漕运，仅仅是说弃保漕粮运输。也就是说如果不用运河来运漕粮，那么就不必让三千里运河随时保持贯通状态会极大的减少黄河的治理难度。
最初，为了满足朱翊钧保漕运、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季驯的第一版治河报告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大坝蓄水攻沙，又不敢扩大微山湖影响民生保运，因此所做的工作全数是小打小闹，修修补补，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊钧这个半外行看来，这一版方案也无法解决黄、淮密集泛滥的问题。
万历时期的黄河，已经固定在新郑徐州淮安一线数百年，直到清末才在河南铜瓦厢再次决口北归，结束了黄淮合流的历史。
永乐十八年，成祖迁都北京，京杭大运河成为了命脉。而大运河中徐州到清口的长达五百里的运道，必须得到黄河水的接济才能保持畅通。
而黄河在两淮和鲁西南地区的横冲直撞，分流众多，严重影响漕运。
于是，这段时间明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕运”，利用长堤约束，把淮河及其支流作为黄河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分别修建金堤和南堤，就是这种思想指导下的产物。
这样思路和做法，带来的直接后果是将黄河的泥沙淤积到淮河下游，导致原来深广的淮河被淤积成地上河，淮河水系遭受了巨大破坏。而争不过黄河的淮河，又另辟蹊径，冲入长江，导致长江下游水流增大，给苏松地区也带来了巨大的防洪压力。
可笑的是，朝廷只要保住漕运，两淮地区生民之苦，根本不在明代朝廷的考虑范围内。永乐十四年，黄河在开封决口，泛滥十四州县，由涡河入淮。因未危及运道，当时朝廷居然听之任之，让黄河漫流四十余年，听之任之。
其后的正统、景泰、弘治、嘉靖年间，黄、淮河数次超级大水灾，朝廷的思路一直不变，仍以保运道为主，将黄淮大地的生民置之不理。
当时的豫东南、皖西北一带，简直成了水乡泽国，凤阳、泗州、淮安等地，长受灾患，朝廷漠视灾民流转哀号而不救。
后世广为流传的一段凤阳花鼓道出了明廷给生民带来的锥心苦楚：“说凤阳，道凤阳，凤阳本是个好地方，自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大户人家卖骡马，小户人家卖儿郎”
这段歌词即为明人所写，第一句的原为：“家住庐州并凤阳”，后世的邓丽君还根据这首民歌创作了流行歌曲凤阳花鼓。
随着潘季驯调研的深入，以及朱翊钧弃保漕运政策在脑海中逐渐成型，潘季驯在摒弃了“南堵北疏”治河思路的基础上，完整提出了后世让其得享大名的方案：加高加宽高家堰，积蓄洪泽湖水，利用洪泽湖水实施“束水攻沙”工程，刷深黄河淤积的水道，增大下游流量，从而减少两河泛滥。
这一治河思路，原时空一直被贯彻的满清末年。但在明代，有一个死结难以解开高家堰加高，洪泽湖扩大加深，黄、淮河汛期到来时，会威胁到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代灭亡，也始终是一个半吊子工程，黄淮河的泛滥还是多发。
朱翊钧和张居正等阁臣反复商讨，又请示了陈、李两位太后，到最后也下不了动迁祖陵的决心。现在真要这么干，政治阻力太大了，说动摇国本都不为过。
但不迁祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始终就要在这两条河流的威胁下苟延残喘，大量的资源投入到救灾补漏的恶性循环之中这又是朱翊钧所不能容忍的。
而且，因为本时空潘季驯调研的比较深入，在第二版报告中，还提出了“束水攻沙”这一策略的短板。由于“黄淮合流”这一根源问题没有解决，且“黄强淮弱，黄高淮低”这一因素的作用，当汛期之时，淮河水道并不能全部容纳下泄的洪水，会导致回水倒灌洪泽湖，将洪泽湖的清水口淤塞。
长此以往，一方面影响“束水攻沙”的效果，另一方面水流变缓后，徐州以下还会形成悬河。
潘季驯在第二个方案被皇帝否定之后，终于再次大其心，这次终于大的没边了他居然想用一连串堤坝工程和开挖新河，单独恢复黄河、淮河的入海通道！
具体思路是，先把黄河进入洪泽湖和原淮河的入水通道都截流，利用一连串的堤坝和旧河道，迫使黄河北上入海。然后以洪泽湖为枢纽，将淮河水放入旧河道，并截断淮河和长江的联系。
这一宏伟工程，将利用新开的加上以前的，共两条河道交替使用，来彻底解决黄河的淤积问题。施工方案如下：
首先开通新河道，将夺淮的黄河引开北上。同时将高家堰加高、加宽，蓄积淮水，再从洪泽湖西南部出湖，利用黄河的旧河道入海，将旧河道刷出来。
当旧河道刷出来一部分后，截断淮河进入长江的通道，将淮河水全部引入洪泽湖，扩宽洪泽湖西南清水口，加大刷河力度。
当黄河新河道二三十年后逐渐淤积时，将关闭黄河河闸，新修堤坝，将黄河导入洪泽湖，引入已经冲刷完成的淮河老黄河之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝，用新修的堤坝将进入洪泽湖的淮水导入“新黄河”中，冲刷已经淤积的新黄河。
如此交替利用两条河道，一清一浊反复，一方面解决了黄淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪泽湖清口的淤积问题；另一方面，交替使用两条河道，使黄河淤积这一千古难题得到根本性的解决。最后，因为洪泽湖有了两条出水口，将大大缓解祖陵的压力。
这一方案唯一短板在于黄河入洪泽湖期间，将导致洪泽湖出现淤塞，枢纽失灵。但是潘季驯判断，因为淮河位置较低，当再次重新改换河道后，洪泽湖内淤积的泥沙将被冲下去大部分，不会成为大患为了百年之计，可在洪泽湖外留下一部分土地不予开发，充当泄洪区备用；也可在旱季进行洪泽湖的疏浚清淤工程，扩大库容。
这个方案若能成功，将一箭多雕，同时满足皇帝既保祖陵、又保运河，还保民生的要求。而且，利用这全国性的大工程及周边的配套水利工程，将使常年受灾的两淮和黄河流域成为粮米之乡真正的功在千秋。
张居正当时看了潘季驯上交的第三份报告所耗费的钱粮、工役，猛吸凉气，二话没说，直接判第三份报告死刑。但朱翊钧见之，心里大为惊喜。
新中国建国后，治理黄、淮河采用的方式和潘季驯第三方案只有一小部分类似，最大的区别是没有彻底改变淮河仍为长江支流的状态，而且也当时黄河也改道了，因此治理两河均属于单流域治理。黄河的淤积问题，到了新世纪其实已经不用解决，因为黄河下游基本上快断流了。
这一方案，后续效果将非常的鼓舞人心：一方面将三河联动，一涝皆涝的水域状态打破，利用黄、淮河单独入海的方式，一次性解决黄淮河争流问题和长江下游水量过大问题。此后，黄河、长江、淮河三条主要河流的防洪和治理以后就成为单流域问题。
第二方面，两河利用洪泽湖及周边连串湖泊作为枢纽，轮流使用“束水攻沙”治理黄河的方略，将使黄河淤积危害的问题得到有效控制。
第三方面，两河齐出，洪泽湖蓄水压力减小，也保了明祖陵当然，要想一劳永逸，朱翊钧打算，将来在时机成熟后还是要将祖陵迁走。
最后，这一核心工程加上配套的相关水利设施，将改变常年受灾的黄淮地区浊浪滔天，泥沙俱下的景象，把整个淮河流域、黄河流域都变成鱼米之乡！虽不能一劳永逸，但至少将黄、淮河连年决口并影响长江下游的问题解决一大半除了工程量大，没别的毛病。
朱翊钧判断，这份方案虽然所动用的人力物力极其惊人，但是在此时确实有实现的可能：
新中国治理淮河时，淮河周边已经大小城市密布，根本迁移不得，因此采用了上游建坝，下游分流的方法，主流还是注入长江。
但在本时空的此际，一者由于黄淮河的常年泛滥，黄淮平原一直到苏北地区一直没有形成大规模的聚居城镇，大部分地区都是沼泽和田地，移民压力不是很恐怖，在承受范围之内；
二者朝廷现在有一大笔钱，可以启动这项工程；
三者大规模开发东北将形成一个人口压力降低的短暂窗口期，等东北开发成熟了，人口压力还会上行增大，那时候移民将更加困难。
因此，朱翊钧在通盘考虑了潘季驯的第三方案后，觉得这次黄故道的修复，很可能是改变中华民族常年水患的一次千载难逢的机会！
再说，张居正不敢想的事情，朱翊钧作为穿越者，还不敢想一想？
万历二年年底，潘季驯结束了全国各流域的考察，到京师述职。在朱翊钧主导下，秉承着边施工边完善方案的原则，在万历三年先进行准备工程。
因此，这第三方案一直秘而不宣，万历三年全国干的的热火朝天的，其实是第二、第三方案都要干的初期工程和农田水利基础工程。
直到河漕改海时潘季驯被攻击时，朝廷才公布出来一部分，主要是加高、加宽高家堰工程尚不足第三方案总工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季驯的反海运派压制到无语。
本时空的万历三年年底，随着河漕改海在朝野上下达成共识，加上黄河在今年的再次大泛滥，终于让本时空的朝廷痛定思痛。朱翊钧先说服内阁，后又推动朝廷通过了第三方案，拟第一期即投入一千二百万两白银，并陆续追加到总金额三千万两，以二十年为期，完成全部以新黄河入海通道为核心的全流域治水工程！