案情既明，袁、赵、洪、应等人涉案情节也就清楚了。
袁世凯身为中华民国临时大总统，先是因欲遣散共进会而派其私人、内务部秘书洪述祖南下收抚应夔丞，并经洪述祖介绍邀应入京见面，拨给遣散费5万元，及每月2000元的江苏驻沪巡查长津贴；接着又因欲解散欢迎国会团而特派洪述祖秘密南下与应夔丞调查该团真相。当洪、应借机提出以金钱收买国民党议员及报馆，操弄宪法起草，以及购买所谓“孙黄宋劣史”“宋犯骗案刑事提票”等，以损毁国民党领袖声誉的计划后，袁非但不加阻止，反而予以鼓励和支持，促使二人实施。当构陷阴谋失败，洪提议“收拾”反对党一二人以警其余时，袁以“反对既为党，则非一二人之故”，予以拒绝，认为如此做法“实属不合”。虽然袁没有主谋杀宋，但因国民党及当时舆论多将袁、赵视为刺宋幕后主使，结果给袁竞选正式大总统带来了极大冲击。在此情势下，倘若袁指使洪、应以不法手段对付政敌的内幕再曝光于法庭，对其竞选正式大总统将更为不利。因此，袁在案发后不但将掌握内情的洪述祖故纵至青岛德国租界藏匿，而且对赵秉钧欲辞职自证清白及出庭应讯，百般阻挠。
赵秉钧作为国务总理兼内务总长，在本应属于其职责范围的收抚共进会一事上，并非主导人物。他发给江苏驻沪巡查长应夔丞“应密电本”，以及指示洪述祖“一手经理”应夔丞领取津贴事，纯属公事公办，毫无阴谋之可言。赵对袁派洪、应秘密南下调查欢迎国会团原本全然不知，只因应夔丞致电函于国务院，报告调查情况，并请赵“转陈总统”，致使赵被牵入局中。赵通过应夔丞所来“东”“冬”二电，知晓洪、应二人欲以非法手段操弄宪法起草，也看到了二人欲借机构陷“孙黄宋”的计划，但他并未阻止，而是将“冬电”交给了洪，洪又面呈袁。当洪谎称收到应夔丞密电，向赵借阅“应密电本”时，赵顺势将“应密电本”交给洪，从而退出了构陷阴谋。此后，洪、应二人以信件和“应密”电往来，谋划杀宋，以及试图以低价购买公债谋取利益，赵已全然不知。案发后，舆论攻击赵为刺宋幕后主使，赵屡次提出辞职，要求赴沪与凶手对质，均为袁所拒绝。宋案证据宣布后，赵在总统府主导之下发表“勘电”，力辩自己及政府与刺宋案无关。但当上海地方检察厅两次发来传票时，赵又在袁支持下两次拒绝出庭对质，以牺牲个人声誉为代价，维护了袁的利益。
洪述祖是内务部秘书，应夔丞是共进会会长及江苏驻沪巡查长，二人为获取私利，在宋案各环节既相互配合，又相互欺骗，各怀鬼胎。二人先是借袁世凯欲收抚共进会之机建立起诡秘关系，合谋骗得遣散费5万元。接着又利用袁世凯欲解散欢迎国会团，派二人秘密调查该团真相之机，提出操弄宪法起草及构陷“孙黄宋”计划，试图乘机再索一笔巨款。但洪没料到，应不但欺骗了中央，也欺骗了他，购买所谓“宋犯骗案刑事提票”始终无果，构陷阴谋宣告失败。但洪并没有收手，反而唆使应夔丞以暴力对宋“乘机下手”。应则利欲熏心，乘机提出以“六六二折”的低价购买公债，变相取利，以为杀宋回报。洪为获取私利，一方面接受应夔丞提出的要求，试图向财政部兜揽；另一方面又“恐折扣大，通不过”，遂假托中央名义，抛出“燬宋酬勋位”诱饵，以为替代方案。但应对勋位“虚名”并无兴趣，于是，洪再次假托中央名义，谎称“债票特别准”，促应杀宋。案发后，应、武均被抓获，洪则被袁故纵至青岛德国租界。
程经世作为国务总理赵秉钧之秘书，因最初负责译呈“应密”电报而知悉洪、应等操弄宪法起草及构陷“孙黄宋”之阴谋，但因赵秉钧后来将“应密电本”借给了洪，洪、应后来所谋划之事，程经世一概不知。洪述祖逃至青岛后，程经世曾与言敦源南下见洪，表面为劝其归案，实则代表政府与洪进行幕后交易。上海地方检察厅向其发出传票后，程又以自己仅为秘书，奉命办事，以及生病为由，拒绝出庭。至于朱荫榛，为应夔丞手下差遣员，他在宋教仁被刺当晚奉应夔丞之命启程赴京领取驻沪巡查长津贴，其事属实，但他同时又不自觉地充当了应夔丞写给洪述祖最后一封信的信使，可惜该信今已不可得见。
需要强调指出的是，袁世凯虽然不曾指使洪、应杀宋，赵秉钧虽然对杀宋计划毫不知情，但这并不意味着二人对惨案的发生完全没有责任，毕竟洪、应均为政府所用之人，洪且为袁之私人。诚如论者所云：“洪述祖一前清北洋候补道员也，应夔丞一前清漏网之江湖大盗也……政府之用应、洪，举措乖方，虽百口不能辨其无罪。”[88]又有论者谓，“应之无赖，程、朱二督皆曾密报，洪之历史，庄思缄亦尝警告，谓不可用”，袁世凯为了解散共进会及对付国民党竟用之，至为洪、应欺骗，乃至酿成杀宋惨案，方“叹小人不可与作缘”。[89]故《民立报》批评道：“直接以杀宋者洪、应，而间接以杀宋者，乃夫己氏也。非豢蛇者，则虺蝮何从恣其虐；非夫己氏，则洪、应曷从肆其毒。即使并不知情，而任用匪人、教猱升木之罪，已不可少逭矣。”[90]
赵秉钧所负责的内务部被时人视为“民国第一旧窟，其间以旧官僚为最多，分子最杂”，[91]洪述祖即为其应唐绍仪之请而安插的旧官僚。《新闻报》批评道：“洪述祖如此小人，不应引用，惟小人而后用小人，国事一遭至此，赵实不胜总理之任。”[92]《大自由报》也有一段内容虽不尽符合实情，却不失精彩的议论，批评赵秉钧碍于私人情面任用洪述祖，结果反受其害。其言道：
洪述祖为唐绍仪之私人，应夔丞为陈其美之党徒，此等流氓小人，稍知自爱者皆当羞与为伍。古人云：交浅而言深，达者不为也。内务部秘书与内务总长之关系，赵秉钧岂不知之，伏盗贼于肘下，引虎狼于卧闼，何昧昧若是耶！噫，吾知之矣。赵秉钧决非昏昏者，彼盖内顾唐绍仪之情面，外撄孙、黄之势焰，吞声忍气，不能超然个人的私谊之范围外，以尽吾责任之天职，常欲挟一使贪使诈之心，卒之为贪诈所役使、所中伤。凡此，皆误于赵秉钧之“圆滑”二字。不但此也，身居国家最高机关，牵一发而全身动，身败名裂，全国为之震撼，赵秉钧果何所辞其咎哉！[93]
赵本人也对用洪后悔不迭，曾对人言：“洪虽在嫌疑，然不应先逃，我实有误用洪某之咎。”言谈间“顿足骂洪不置。”[94]但就宋案与赵秉钧之关系而言，还是黄远庸所论最为公允：“洪之声名恶劣，既众睹众闻，亦有人向赵力言不可用者，赵顾碍于情面，不能决绝。赵内阁之惯于藏垢纳污，亦乌容讳，然决不能以其用人不明，遂以杀人之责任归之矣。”[95]
对于洪、应这类人物的特点，以及政府任用洪、应之害，《民立报》曾从革命的不彻底性及革命后国家法律之荏弱立论，进行过颇为深刻的剖析。其言道：
吾国此次大革命，以百日最短之时期，而成革故鼎新之大业。其为时也至暂，故其所淘汰也无多。举凡晚清时代夸毗侧媚之谐臣，败国殄民之赃吏，依然蟠踞政界，不失其权位；而一经夤缘攀附，或且谥以开国之勋，地位崇隆，有加于昔。此已足致正士之寒心，而长奸人之气焰矣。犹有甚者，则曩时社会上之神奸巨蠹，为害于闾左者，晚清时代犹为法律之所不容，不得不销沮退藏，以昼伏而夜动，其为害尚有限制也；乃至义师既起，海宇绎骚，法律之力，暂失效用，此辈乃得窃署位号，依附末光，公然恣所为于化日光天之下。当局者但见其小有才，而不悟其蕴毒之厉，或且奖进而假借焉，试之以官职，付之以事权，而诪张为幻之情形，乃至于不可思议矣。若洪述祖、应桂馨者，非旧朝政界之所共弃而清议所不容者乎？然自光复已来，公然冒党人之名称，自跻于奔走御侮之列，畴昔潜吹密厉，犹虑人知，今则明目张胆，居然有莫予敢侮之慨。嗟夫，蓄封狼而欲其变为祥麟，植钩吻而冀其蔚成嘉卉，岂不难哉！岂不难哉！……苟其阴贼险很，惟知长恶遂非，而本无志于迁善改过，国家法律之力又且至为荏弱，不足以褫奸人之魄，而使其弭耳服从，彼其积虑处心久矣，不知法律之可畏矣。以如此之人，而欲其为吾驾驭，是直不啻扬汤止沸，萑苻之侣而责以拒盗贼、捍户庭也，欲天下之无事，胡可得耶？[96]
经过辛亥革命之后，民主共和的制度框架虽然确立起来，但上自袁、赵这样的政府大员，下至洪、应这样的低级官员，实际上并没有确立起严格遵循法律原则及组织程序的意识，权谋思维仍然主导着他们的头脑。荀子曰：“上好权谋，则臣下百吏诞诈之人乘是而后欺。”[97]袁、赵为了对付政敌，不惜任用洪、应这类人采取非法、阴谋手段，这就给二人做了极坏的示范，助长了二人为恶之念，无怪乎洪、应敢于为了私利，同时为了迎合袁的政治主张，胆大妄为，终至酿成杀宋惨剧，而袁、赵亦因此不为国人所谅。
宋案关键人物涉案情节既已厘清，各人最后结局，也就可以得到合乎逻辑的解释。
杀宋既然造意于洪述祖，并唆使应夔丞实施，而非袁、赵或黄、陈幕后主使，则武士英便不存在被袁、赵或黄、陈灭口可能。洪在案发后便逃至青岛德国租界，不具备杀武条件。应党曾试图毒杀之，但以失败告终。故武士英最终暴病而亡可能性最大，西医尸检报告证实，武士英系死于急性肺炎。应夔丞始终误以为杀宋乃中央的意思，他于事后要求政府为他和武士英“昭雪”，并跑到京城来邀功请赏。但对袁世凯而言，应口无遮拦，将会让外界误以为杀宋为其幕后主使。1914年1月19日，应在军政执法处两名警探的保护下从北京乘火车到天津，却在快到天津时被人刺死于车厢之中，最先发现他被刺死的正是那两名保护他的警探。这看似一桩无头案，其实答案早已明确。赵秉钧在宋案中涉案最浅，他与宋教仁被刺没有关系，而袁亦不曾主谋刺宋，因此并不存在袁为灭口毒杀赵秉钧之事。其实，赵吸食鸦片多年，身体状况本就不佳，经过宋案一番折腾，健康每况愈下，任直隶都督后又日夜劳心费神于政事，不久便病故家中，医学检验报告证实赵死于“心脏神经痛或血栓”所致的“心衰”。王治馨是赵秉钧心腹，他在宋教仁追悼大会上的演说曾引起袁世凯不满，但他本人与宋案并无关系，他在赵秉钧死后数月被袁世凯下令枪决，完全因其贪赃枉法所致。至于洪述祖，虽然一时逃脱了惩罚，但天网恢恢，疏而不漏，他终究还是未能躲过审判。1919年3月，大理院以谋杀宋教仁罪名判处其绞刑，最终落得个身首异处。