宋案经过租界会审公廨预审，决定移交中国法庭后，国民党方面与江苏都督程德全商量，决定组织特别法庭进行审理，但遭到司法部、各省司法界和众多舆论反对，最终宋案决定按司法部的命令，由上海地方审判厅审理。
4月25日程德全、应德闳择要宣布宋案证据后，赵秉钧于4月28日发出“勘电”，力辩自己和政府与刺宋案无关。同日，程德全致电袁世凯，强调“此案一日不结，人心一日不安，并要求令饬赵总理亲身来申受审”。[109]社会各界也纷纷要求赵秉钧迅速到案。《大中华民国日报》发表评论指出：“政府既处于嫌疑地位，将来无论为普通裁判，为特别裁判，赵总理均应到案被质。果为赵主使也，当然受法律之裁判；果与赵无干涉也，一经审判，即可恢复赵氏之名誉。若避不到案，空言辨论，岂足以昭大信而服人心哉！”[110]该报还刊登了一系列电报，从中可见群情激奋之情。其中“上海全体公民”通电云：“宋案铁证披露，涉及二公，望总统务以国法为重，挈同总理即日辞职，受法廷〔庭〕之裁判，以谢天下而安人心。”[111]国民党宁支部通电云：“宋案证据业经程都督、应省长‘有电’宣布，国务总理赵秉钧系嫌疑要犯，乞咨请大总统，速解职归案受审。”安徽省议会通电，要求“速行组织特别法庭”，“严究主名”。江西省议会通电，要求对袁、赵“提起弹劾”，并主张在组织特别法庭之后，“由各省议会员陪审，以公人民而昭郑重”。[112]华侨也纷纷发表通电，如新加坡华侨总商会通电云：“宋案经程都督、应省长正式宣布赵主谋，乞严裁判，以彰公理而平人心。”[113]甚至有华侨通电提出“不杀主谋，何以谢天下”，要求“速诛赵以谢天下”。[114]又有《河南同乡忠告赵秉钧书》现于报端，劝其辞职，定期赴沪受质，批评其“计不出此，乃通电各省以驳辨，假病请假以掩饰，复多方运动，使少数无意识者强为辨护，独未想此案关系若何重大，徒恃舌战，将欲盖弥彰，能有济乎？”[115]尤其值得注意的是，5月4日，岑春煊、伍廷芳、李经羲、谭人凤等发表通电，指出：“宋案词连政府，洪犯固宜速求引渡，归案迅办，赵总理既涉嫌疑，届时亦应出庭受质，方能表白。政府固不便强辞辩护，抗不受理。”[116]此数人在当时均具有很大影响，因此电报一出，立刻引起各界关注。
在各方强烈呼吁声中，5月6日，上海地方检察厅长陈英经北京地方检察厅向赵秉钧、程经世发出传票，内开：“暗杀宋教仁一案，本案经检查证据，该被传人迹涉嫌疑，着即来厅候质，限五月十九日到厅。”[117]5月8日，上海地方检察厅又致电北京地方检察厅，请代传赵秉钧、程经世，电云：
北京地方检察厅鉴：暗杀前农林总长宋教仁一案，业经本厅检查证据，除应夔丞、洪述祖外，国务总理赵秉钧、秘书程经世均涉嫌疑。已于本月六号函附传票两纸，请贵厅协助分别代传，务祈按期解送来厅，并望先行电复。上海地方检察厅长陈英。齐。印。[118]
此消息传出后，徐血儿发表评论，认为“解决宋案当令赵秉钧早日到案归质，为第一着办法”，“赵秉钧果欲自白主使另有人在，则不可不归案诉之于法庭，以恢复平日之名誉”。但同时，徐血儿又对赵秉钧能否到案表示怀疑，认为“以袁之跋扈，或庇赵抗不到案，若是则法律终难解决”。[119]
果然，5月9日，袁世凯首先发表通电，以强烈态度反驳岑春煊等通电，为赵秉钧辩护，称：“即就所呈证据而言，赵秉钧尚无嫌疑可说。设将来法庭判决应行备质，政府断无袒护理由，但未经判决以前，无论何人不得妄下断语。判决以后，当事亦何得抗不受理，而感情用事者，日逞其不法之言论自由。”[120]5月11日，赵秉钧亦公开复电，反驳岑春煊等通电，提出不能出庭的三条理由。（1）“政府止负政治上之责任，不负刑事上之责任。此次宋案纯然法律关系，而非政治关系”，因此，“谓词连秉钧则可，若谓词连政府则不可”，“浑然称之曰政府，将与政治上连带责任有相混之处，未免失辞。”（2）应夔丞与洪述祖究竟有何关系尚未判定，洪述祖青岛“江电”内称“述祖非假托中央名义，不能达其目的等语，试问与秉钧何涉？出庭受质，与谁对勘？”（3）宋案证据中，应致洪函内有为黄兴将私存公债60万元转抵银行，及运动苏、浙、徐、皖军队等事，“足见黄克强君亦与应关系密切。书信往来与银钱往来，孰轻孰重？彼此俱立于嫌疑地位，而潜投巨资，煽惑苏、浙、徐、皖军队，阴谋内乱，比之秉钧，岂不更多一重罪案，何以黄克强获免于追诉，而秉钧则必须质讯？”赵秉钧在电文中同时批评“野心枭杰，攘夺政权，藉端发难，含血喷人”，而岑春煊等“盲从附和者流，误信流言，愈滋疑窦”。[121]
5月19日，蔡光辉正式接替陈英任上海地方检察厅长。[122]5月20日，赵秉钧又致函北京地方检察厅长转复上海地方检察厅，就宋案证据中涉及自己与应夔丞处进行解释，辩解自己与宋案无关，拒绝赴上海对质，并以患病为由，援引《刑事诉讼法草案》，要求于所在地询问。其函云：
径启者……查暗杀宋教仁一案，前据洪述祖青岛“江电”称，“述祖非假托中央名义，不能达其目的”各节，已足证明秉钧与本案毫无关涉。即谓程都督、应民政长宣布证据中有秉钧致应夔丞、洪述祖函各一件，查致应函系发给密码电本一事，向例外省奉差人员，均得请用密电。应系长江巡缉长，故即照例发给，复恐藉此招摇，故又嘱其有电直达国务院，至公无私，已可概见。其致洪函，系答洪代应催询津贴一事。因应担任解散青、红两帮，曾由程都督电请中央，每月津贴二千元，及应派员领款，经秉钧饬查，国务院、内务部均无成案可稽，恐系大总统特允程都督电请之件，故函中有“应君领字〔子〕不甚接头，与总统说定后方好”语。词意显明，无难覆按，决不能据此两函，指为与本案有嫌疑之关系。故秉钧实无到厅候质之理，秉钧对于此项传票，当然可以拒绝。惟民国立国精神，首重司法独立，而尊重法官意思，即为维持司法独立之道。且秉钧于宋案固无关系，而对于发给密码，及为请津贴两事，亦负有解释义务。现在秉钧旧疾复发，曾住北京法国医院调治，尚有诊断书可证，已于四月三十日呈明大总统，请假十五日在案，自未便赴沪。用特援引《刑事诉讼法草案》第三百零三条规定，请就秉钧所在地询问。相应函达贵厅转知上海地方检察厅知照可也。此致，京师地方检察厅检察长。[123]
程经世同时也呈递“声明理由书”，称洪、应所为与自己无关，拒绝出庭。[124]由于赵秉钧迟迟不到案，邹鲁等在国会提出质问书，要求赵秉钧在三日内答复“何以久不依法赴质”。质问书云：
上海检察厅长于本月六号函附传票二纸，请北京地方检察厅协助分别代传关于宋案处嫌疑者之国务总理赵秉钧、秘书程经世，按期解送到厅。乃事隔旬日，不见赵总理等到案。查《临时约法》第五条：“中华民人，一律平等，无种族、阶级、宗教之区别。”《刑法》第二条：“本律对于凡在中华民国内犯罪者，不问何人，适用之。”赵总理为中华民国人民，宋案发生又在中华民国国内。上海检察厅既依法律票传赵总理等，赵总理等何以久不依法赴质？谨依《临时约法》第十九条、《国会组织法》第十四条，质问国务总理赵秉钧，请于三日内明白答复。[125]
上海《民权报》发表评论，批评赵秉钧为诬陷黄兴的“无赖贼”，认为“宋案中之赵秉钧，为共同造意犯，既抗传不到，又复迭发通电，文饰其罪，强词夺理，欲以自脱，狡展之实，已躬蹈之”。以赵秉钧所为度之，“则以通电自辩而人不之信，匿不到案而罪又不可逃，乃不得不于电致北京首索赵犯之黄克强，肆其诬攀，肆其反噬，以为抵制之计。其意盖以为彼实索我，我何妨索彼，既足以逞报复，又足以钳制之，彼若畏事，或可稍稍放松也。是则赵秉钧者，徒以不服从法律责之，犹未免视彼太高，直呼之无赖贼可矣”。[126]又批评袁世凯为赵秉钧辩护道：“传票出矣，果不袒护，则宜立使之到案；若不然者，则其言全打诳语也……而犹不顾厚颜，作几句门面语，曰‘无袒护理由’，曰‘当事亦何得抗不受理’。将谁欺？欺天乎？”[127]
赵秉钧是否赴沪对质，也引起英、俄、日、法等国“异常注目”。临时政府驻各国代表屡经各国政府询问并电诘，但“以远隔重洋，难得确实真相”，纷纷致电政府，“请即电复，以释群疑，并请赵氏迅速赴沪对质，以期水落石出”，但袁世凯决定“暂缓答复”。[128]
6月2日，上海地方检察厅长蔡季平（即蔡光辉）再次致电京师地方检察厅，仍旧要求协传赵、程到沪候讯：
北京地方检察厅鉴：养电谅达，赵、程虽经答辩，但察核案情，非直接讯问，不足以明虚实，仍请贵厅协传赵秉钧、程经世，务于一星期内到沪候讯。上海地方检察厅。冬。[129]
京师地方检察厅旋复电：“冬电悉。传票业经照发，兹由被传人等于期限内各出具答辩书。除邮递外，特先电复。”[130]但赵秉钧接到传票后，仍拒绝赴沪，并退还传票，其答复京师地方检察厅函称：“强迫病人远行，匪特事实上所不能，亦于法律上何贵有此规定。就所在地讯问，何得谓非直接讯问？用特再行申明，并检还传票。”[131]赵秉钧此答函实际上出自总统府。据《民立报》“北京电报”，赵在刺宋案发生后不久，就移居南海，“日以吞云吐雾为事”，有人去看望他，谓：“公居此得毋岑寂否？”赵曰：“老头（指袁世凯——引者）虽不常见，幸秘书厅时时有人来谈。前日上海检察厅又来胡缠，他们已为我代拟答辩书。”[132]
上海地方检察厅接到京厅的转复后，对赵秉钧、程经世引用尚未发生效力的《刑事诉讼律草案》予以驳复，并致函京厅请协助调查赵、程称病是否属实。其函云：
案查暗杀前农林总长宋教仁一案，所有案内被告人赵秉钧、程经世迭经函请贵厅协助票传在案，旋于五月二十四日及本月十六日叠准贵厅函，据该被传人赵秉钧、程经世均声称因病不能赴沪，援引《刑事诉讼法草案》第三百零三条规定，请就所在地询问等语，先后函覆到厅。查《刑事诉讼律草案》尚未发生效力，该被传人贸然援引该《草案》第三百零三条之规定，请求办理，殊属误会。至所称因病不能到沪，究竟是否实情，有无虚伪，本厅碍难悬揣，应请贵厅就近侦查，如果属实，自可照章准予酌量展限；倘或虚伪，仍应依法进行。为此函请贵厅严密侦查，相机协助，仍希将侦查情形迅赐见覆施行，实纫公谊。[133]
与此同时，赵秉钧呈文袁世凯，提出“欧美各国每遇疑难重案，向有延聘饱学知名之士进行调查，以资秉公判断之例”，“恭请我总统指派德高望重、精通法律之中外人士组成调查委员会，调查该案，并据实报闻”。袁世凯随即示谕国务院：“查伍廷芳及莫理循博士二人，皆谙习中外律例，着即委任二人对宋案详尽调查具报。”[134]赵的这一举动表明，他之所以百般设法，拒绝赴沪对质，一个主要原因是他对于上海地方检察厅严重缺乏信任。莫理循认为：“国务总理赵秉钧先生要求由公正法庭调查案情这件事，本身就最好地证明了他是无辜的。”[135]但他拒绝担任调查委员，“认为如果有个外国人参加了委员会，也增加不了国家的尊严……难道偌大中国，竟找不到一个公正无私的人？这个建议本身就是荒谬的。外国人定会讥笑中国让一个外国人参加调查国务总理行为的委员会”。[136]“为了国家的尊严和中国人民的荣誉，在目前这种时刻进行这种调查是不明智的。”[137]莫理循的看法得到了伍廷芳和总统府的认可，于是，组织调查委员会之事就此中止。
7月初，京师地方检察厅复函上海地方检察厅，通报赵、程健康状况，略谓：“本厅特派司法警察巡官亲赴被传人赵秉钧、程经世住所密查，兹据复称，赵秉钧、程经世均系实在患病，并呈出近月以来赵秉钧赴医院诊断书一件，药方十一纸，及程经世诊断书一件，药方十四纸。除将诊断书及药方暂行存案外，为此函复查照。”[138]不几日，“二次革命”爆发，于是，赵、程赴沪候质事不了了之。
从赵秉钧拒绝上海检察厅票传的过程可以进一步看出他为自己辩护的情形，但拒绝出庭的态度却与他一开始便坚决要求辞职赴沪与凶手对质的态度大相径庭。《民权报》曾就其态度变化批评道：
综观宋案发现以来，赵秉钧之状态屡变。证据未宣布，则有解职备质之请，而袁世凯慰留之，盖以逆证未昭，而矫情自饰也。证据既宣布，则以一纸通电，强自辩论，盖以逆证既昭，罪名显著，而狡展不认也。及至传票北来，行将以狱吏之威，加诸总理，而法律上嫌疑犯之应讯问，又无可以解免，乃只得悍然不顾，以延不到案者与法庭死抗，与法律死抗。盖彼既敢于谋杀人，又何不敢于不到案。赵秉钧真目无法纪矣。[139]
然而，这不过是表象而已。赵在宋案证据宣布前屡屡要求辞职，均为袁所慰留，是因为袁世凯担心，“赵若辞职，恐将到申受审，故决意不准”，乃至有人以为，“大约宋案一日不了，则袁世凯将一日不准赵辞职”。[140]后来事实也证明了这一点。赵秉钧自辩“勘电”，虽以其个人名义发出，实则“稿出总统府秘书之手”，或者说“由总统府秘书做主”。[141]袁世凯是不可能任由赵秉钧自辩，而不顾及自己处境的。“勘电”底稿的发现也证实，其中一些关键地方并非真实反映赵秉钧之本意。对于赵出庭一事，袁世凯更是想方设法助其抵制。4月28日，于右任代表孙中山、黄兴谒见袁世凯，提出“宋教仁被刺案须赵总理秉钧到案对质”，袁世凯断然拒绝，称：“宋案未经证实主谋为谁以前，不能悬断与赵有无关系，此时更不能由私衷揣定。予为国家大局计，自应保全总理人格，断无即令其到案之理由。”[142]上海检察厅发出传票后，袁更设法助其应对，前述过程对此已有反映。尤其值得注意的是，赵5月11日所发拒绝赴沪出庭对质通电，就是由袁世凯亲笔改定的，现存北京大学历史学系的该电底稿清楚地证实了这一点。从中可以看出，为了不使赵秉钧出庭，袁世凯一方面不惜将黄兴牵入局中，另一方面尽量不使自己受到牵连。比如，原电底稿有句云：“查政府云者，乃大总统、国务总理及各国务员合同构成之有机体之谓也。此种有机体之政府，止负政治上之责任，不负刑事上之责任。若大总统则除《临时约法》第四十一条所规定之刑事责任外，其他刑事上及政治上均不负责任。”袁世凯亲笔将“乃”字后“大总统”三字删去，又将“若大总统则……”一句全行删去。[143]根据《临时约法》第30条规定：“临时大总统代表临时政府，总揽政务，公布法律”。第43条规定：“国务总理及各部总长，均称为国务员。”第44条规定：“国务员辅佐临时大总统，负其责任。”[144]因此，政府毫无疑问是由大总统、国务总理和各国务员构成的。岑春煊等人通电中有宋案证据“词连政府”之语，袁世凯偏偏对电文做如此修改，可知袁并不想让自己与宋案有任何牵连，为此甚至可以随意删改乃至无视《临时约法》之规定。赵秉钧对“政府”二字的理解并没有错，袁世凯的修改不可能不让赵秉钧产生某些想法。由袁世凯的这一修改，也可以看出袁、赵二人关系中袁世凯之强势。
不仅如此，为了抵制上海地方检察厅票传赵秉钧出庭，袁世凯方面制造了一个“血光党”事件。根据军政执法处的报告，称有一位叫周予儆的北洋女子师范学堂学生自首，说她由黄复生介绍到上海见了黄兴，黄兴交她4万元回京组织暗杀机关。她回津后，由黄复生、赵铁樵等创立“血光党”，“专以暗杀大总统及以次政界重要人，藉以引起暴动，颠覆政府”，公推黄复生为部长，黄复生南去，部长系赵铁樵，又财政长阮滢辞职，补推谢持为财政长。[145]据此，京师地方检察厅以该党牵涉黄兴，移请上海地方检察厅票传黄兴到案。上海地方检察厅转致通商交涉使陈贻范，饬令公共公廨正会审官商请领事签字往传。[146]然而，黄复生登报声明并无组织血光党事，各报载登黄为会长，赵铁樵为副会长，谢持为财政长，概为捏造。[147]报纸亦纷纷披露内幕，说政府早在伪造证据，通过贿买周予儆，诬陷黄兴，以抵制宋案。[148]黄兴应传到公廨接受预审，但由于“既无原告到堂，又无证据呈出”，公廨决定“候原告到案并呈出证据，再行传讯”。[149]政府方面诬栽黄兴阴谋就此破局。
总之，从赵秉钧要求辞职自证清白失败，到发表自辩“勘电”，再到拒绝出庭对质，背后其实都有袁世凯在发挥作用。