赵秉钧再次被误解，是因为1913年1月14日他在应夔丞离京前，曾送其“应密电本”一册，并写过如下一封短函：
密码送请检收，以后有电直寄国务院赵可也。桂馨兄鉴。钧手启。一月十四日。[108]
对于此事，赵秉钧在刺宋案发生后共进行过三次解释。第一次是4月12日，赵秉钧在接受北京《民立报》记者采访时曾谈到过，当时宋案证据尚未公开宣布，赵秉钧对记者言：
（应夔丞）初八来见余，余以事冗，未之见。见大总统一次。十二日复来，余不获已，延之入。综计前后，余识应只此一面。及其出京，请给一秘电本，余许之。及今思之，此事殊为失计，然当日固一极寻常事也。十四日，余着人送秘电本至金台旅馆，并媵以一笺，系余手笔，此外更不曾与应通一字。暨后，应来报甚稀。洪一日来，谓得应秘电，请假秘电本一用，此后竟未缴还。[109]
第二次是在4月25日宋案证据正式宣布后，赵秉钧于4月28日发出自辩“勘电”，其中专门就此函来龙去脉进行了解释：
查上年十二月中，应夔丞北上，循例谒见大总统及本总理，力言共进会党均系青红两帮，抚无可抚，诛不胜诛，惟宜设法解散，以杀其势。曾经开具条款，领洋五万元，以为解散该会费用。政府允许款由内务部发给，档案可查。至本年一月，应将南归，濒行求见，面请发给国务院密码电本。本总理当以奉差各省特派人员，向用密电报告，以防漏泄，应夔丞请发密码，理无固拒，因即许可。又恐其借事招摇，别生枝节，因函嘱其“以后有电直寄国务院”，藉示在官言官、语不及私之义，而别嫌明微之隐衷，亦可于兹揭示。斯则本年一月十四日之函所由来也。[110]
第三次则是在“勘电”发出后，赵秉钧紧接着又于4月29日接受《新纪元报》记者访谈，其中有如下问答：
问：君与应夔丞关系如何？
答：余不识应，应之为稽查长，均外间保荐，到京请见，见后请发密电本，均职务上循例应有之事。余忝为总理，于外差人员官阶稍高者，均发密电，以便通信，总其数目，奚啻百数。[111]
以上三次都是赵秉钧亲自解释。除此外，《大共和日报》曾刊登过一篇文字，更为详细地解释了1月14日赵致应函的来历，从内容看应出赵秉钧之授意，其言曰：
应夔丞系青红帮头目，徒党众多，驰骋长江一带，历有年所。上年武昌之事，黎副总统拟将其惩办，程都督因青红帮人数太多，须设法解散，惟应夔丞办理此事，极为相宜，因电告中央政府，委任应夔丞为江苏巡查长。上年十二月间赴京，寓金台旅馆。曾以洪述祖之介绍，于本年一月八日谒见赵总理，时赵总理适以他事，未允接见。复于一月十二日谒见赵总理，备述解散青红帮之法，改为共进会，以消隐患，并称会中人类不齐，深恐乘间窃发，以后报告，似宜秘密，请发给密电一本。赵总理以应夔丞系程都督委任之人，既为长江一带巡查长，当然有侦探报告之责，阅其履历，曾为孙中山先生卫队管带官，非漫无根底者可比；且各省官员来京者，或因路途遥远，或因要政所关，临行时往往索一密电本，政府无不发给，何独于应而靳之。因于一月十四日作一便函，将密电本送交应夔丞收执，此外绝未通信。以后接过两三次报告，无关紧要，概未答复。嗣洪述祖声称接有应夔丞由沪发来致伊密电一通，借用此本，去后并未缴还。外间所传赵总理致应夔丞亲笔函件，当即指送电本时之信而言也。[112]
对于赵秉钧的解释，当时不少人表示认同，认为“应曾受有巡查差使，发给密电本在事实上亦寻常事”。[113]又认为“应既任为巡查长，而又以解散会党自任，敢为大言以欺中央，赵秉钧予以密码通信，亦属于常事，不能谓即为宋案之主谋”。[114]特别是“超然百姓姚之鹤”的解释，最具说服力，认为赵秉钧函送应夔丞密码电本并没有不可告人之处。他说：
按赵将密码电本送应，此必应假解散共进会以哄赵，故赵有此举。以巡查长资格领取国务院之密电本无足异，若据此即谓赵于此案不无关系，则凡职官之犯有私罪者，其在职时不得与上级官厅通信矣。又，赵与应之交通，由洪为之介绍，此两派人（指周内派与辩护派——引者）所公认也。今观赵函云“有电直寄国务院”，国务院为众目昭彰之地，赵交电本与应而果有暧昧意思，何不嘱寄别处秘密之所；且由洪介绍而识应，则直接寄洪乃为正当办法，而举不然者，可见赵之将电本交应，纯为职务上之关系；而洪之不为赵所信任，不使与闻此后之交往，亦于言外见之矣。[115]
赵秉钧时任国务总理兼内务总长，其在国务院的秘书为程经世等，在内务部的秘书为洪述祖等。解散共进会属于内务部管辖之事，应夔丞又系洪述祖介绍至中央，照理，应夔丞若有电至中央，由洪述祖译呈赵秉钧更合乎情理，但赵致应亲笔函却要求其“有电直寄国务院赵可也”（实际由秘书程经世译呈，详下文）。因此，“超然百姓姚之鹤”所谓“洪之不为赵所信任，不使与闻此后之交往，亦于言外见之矣”的说法，是很有道理的。《神州日报》亦有相同看法，谓：“证据中赵总理之与应书亲署姓者，只有致其电码一本，谓如发电则径寄国务院赵云，盖赵固知洪之招摇，故不欲其转手。”[116]当然，这当中可能还有一个原因，就是“洪既新进，且嫌位卑，仅领干修，不常视事”，[117]赵秉钧若让洪经手“应密”来电，难免会担心误事。但国民党人却不这样认为，戴季陶把赵秉钧函送应夔丞密码电本看作赵秉钧“阴谋破坏民党、谋杀民党中人”的“第一证据”。他分析道：
一月十四日致应犯信并送密码一册，此为密谋开始之第一证据。赵与应以“应密电本”，苟为国务院之公事，当然以公文附送，而乃以亲笔密函送之，是赵送“应密电”与应，并非公事，实别有密谋，可不必论而自明。且赵氏身为总理，必有亲信之人为之译电，“应密电本”又系赵亲笔私函送交，则一切阴谋破坏民党、谋杀民党中人之电，无论直接间接，赵皆为造意，而一月十四日之函，实以其根据焉。[118]
戴季陶所说看似有理，其实并无说服力。其一，倘若赵秉钧函送应夔丞密码电本如戴所言不是为了国务院公事，何以函云“以后有电直寄国务院赵可也”，而不云直寄赵之私宅或别处？可见并非为了不可告人之事。还是《时事新报》所言更有道理：“如发电则径寄国务院赵云云，则知赵亦防洪之招摇，故不欲其转手；曰寄国务院赵而不欲其寄私宅，可见赵之与应，似并无秘谋，其所以与密电本者，仍为共进会与欢迎团等事耳。”[119]“则知赵亦防洪之招摇”云云，与《神州日报》所言意思相同。其二，赵秉钧、应夔丞之间既无密谋，何以赵送应密码电本，不以公文附送，而以亲笔密函送之？则其中必有隐情。盖赵之所以送应夔丞密码电本，系因应夔丞为江苏驻沪巡查长，负有解散共进会之责，而解散共进会主要为袁、洪、应所密谋，赵不过为边缘之人，因此他并不适合声张，也不愿声张，乃至于还要防其秘书洪述祖借此招摇。何况既系密码电本，当然需要秘密送达，而不适于公文附送。其三，赵送应夔丞密码电本时间为1913年1月14日，当时并无所谓“阴谋破坏民党、谋杀民党中人”之事，戴季陶将后来应、洪利用“应密电本”所谋划之“阴谋破坏民党、谋杀民党中人”之事，不问青红皂白，不察具体情形，皆归咎于赵，认为“无论直接间接，赵皆为造意”，未免过于武断。除非可以证明赵秉钧的确是后来应、洪所为各事（包括杀宋）主谋，否则难以得出这一结论，而恰恰是这一关键问题，目前看来并无确实证据，具体论证详见下文。
另一国民党人徐血儿则认为，该密码电本是赵秉钧交给应夔丞报告南方国民党人举动用的，解散共进会不过是幌子。他就此解析道：
夫奉差各省特派人员，与以密码电本，固属寻常，并无特异之处。不过赵、应之授受密电，则与寻常有异，盖赵、应必密议妥善，然后再授以密电本，使报告机密。此非故意周纳也，赵之用应，实使之以侦察南方举动，报告政府，为其一大任务，而解散青、红会匪，特假以为名，彼视之固甚小耳。于何证之？应是后致赵之密电，多皆不关于其巡查长分内之事。即姑以袁言观之，袁谓三月十三日以前，皆关于取消欢迎国会团之事，试问欢迎国会团非政治上关系乎？该团本与共进会性质不同，何劳应之解散，即此已可见应所负者，另有一种特别任务矣。[120]
蔡世襄亦提出类似看法，他根据应夔丞取得密电本后于2月初发给国务院的密电内容分析说：
观二月一、二两日“东”“冬”两电，明言“总理投票”“解散国会”，及对待何海鸣、戴天仇之法，与购“孙黄宋劣史”“宋骗案”，“选举扰攘”，“国随以之”等语，为政府作走狗密探，承政府意旨以倾害正人，阴贼良善，初无一语及欢迎国会团，更无一字及共进会，而俱用“应密”，赵虽百喙，其何以解？[121]
不能不承认，徐血儿和蔡世襄的分析，或结合当时政情变化，或依据“应密”电报内容，很有几分道理，但事实却比他们的分析复杂得多。他们根据后来应夔丞所发密电内容，推断前此赵发“应密电本”时之动机，却不知赵秉钧发给应夔丞密码电本之前，应夔丞与政府之间的联系，除了关于解散共进会，以及赴京领取解散费和江苏驻沪巡查长津贴外，并无其他与国民党相关联之事，透过宋案证据很容易就可以看出这一点。但事情就巧在，赵秉钧于1913年1月14日函送应夔丞密码电本之时，恰逢尹仲材、何海鸣等部分激进国民党人发起的欢迎国会团在沪上出现不久。此后，由于洪、应奉袁世凯之命，南下秘密调查欢迎国会团真相，这才在应夔丞后来致国务院“应密”电文中出现了关于欢迎国会团和构陷“孙黄宋”等内容。但要注意的是，“应密电本”是应夔丞1月12日谒见赵秉钧时要求给的，理由是办理解散会党之事须防“漏泄”，[122]而袁世凯和赵秉钧最早到1月13日才开始商量如何应对欢迎国会团，[123]袁决定“特委”洪述祖南下调查欢迎国会团则已到1月20日。[124]赵秉钧1月14日函送应夔丞密码电本实际上是回复其1月12日的要求，不可能有要应夔丞“侦察南方举动”之目的。再说，赵、应仅见过一面，赵并不了解其人，加之赵对于对付国民党人态度并不积极，因此不可能赋予其“侦察南方举动”之任务。赵本人甚至连洪、应南下秘密调查欢迎国会团，都是在报纸刊登消息后才知道（详下文）。
综上可以肯定，赵秉钧1913年1月14日函送应夔丞密码电本，纯属其作为国务总理兼内务总长的寻常公事行为，并无阴谋对付国民党人之目的。至于应夔丞、洪述祖后来利用“应密电本”策划对付国民党人，以至酿成杀宋惨剧，与赵秉钧究竟有何关系，属于另外需要研究的问题，下文再做详论。
顺带提及，近人陶菊隐对于赵秉钧函送应夔丞密码电本，还曾有过如下解释，他说：“袁、赵二人商定了暗杀宋教仁的秘密计划，就通过洪述祖物色到应桂馨这个流氓头子，于一月十四日发下‘应密电码’一本，吩咐应直接与国务院联系。”[125]“应密电本”从发给应夔丞之始，就被陶菊隐明确视为暗杀宋教仁的工具，离事实真是相差了十万八千里。