在宋案各环节当中，袁世凯不仅主导了收抚共进会和解散欢迎国会团两个环节，而且对洪、应收买报馆、议员操弄宪法起草，暗中予以支持。尤其值得注意的是，袁对洪、应以阴谋手段构陷“孙黄宋”也予以支持，实为幕后主使。
如前所述，应夔丞在2月2日给国务院“冬电”中提出构陷“孙黄宋”计划后，根据2月4日洪述祖给应夔丞回信中所描述，译电秘书程经世首先将该计划交到总理赵秉钧手中，赵随即交给洪述祖，洪面呈袁世凯，袁阅后“颇有喜色”，说应夔丞“颇有本事，既有把握，即望进行”，并要洪述祖请应夔丞“将‘宋骗案’情节及照出之提票式寄来以为征信”。[1]对于此函，徐血儿有如下解读：
按二月四日洪致应函谓“‘冬电’到赵处，即交兄手，面呈总统，阅后颇有喜色，说弟颇有本事，既有把握，即望进行”云云，此函实袁、赵主使诡谋之铁证。“冬电”即二月二日应寄国务院程经世之一电，此电乃应密陈倾陷国民党人之计画者。赵得此电，若当面将此电交袁相商，面子上未免觉得难看，故以此电交洪述祖，令洪述祖面呈总统，袁见应倾陷孙、黄、宋，深合己意，故为之色喜，并对洪述祖言应“颇有本事，既有把握，即望进行”等语，是袁令洪催促应进行倾陷之谋也。[2]
此段解读中，关于袁世凯之部分甚为准确，但关于赵秉钧之态度，尚可进一步分析。赵在自辩“勘电”中断然否认他曾看到过“冬电”，他说：
查原函所称“冬电”，是否明电，抑系“应密”，洪述祖均未译呈，不知原电所指何事。其“面呈总统”一节，尤为虚构。查各部员司谒见总统，向由该部长官带领，总统府门禁森严，一切来宾均先由传宣处登记。本总理既无带领洪述祖谒见总统之事，而查阅总统府门簿，亦无洪述祖之名。其为不根之谈，显而易见。[3]
赵秉钧此说若能成立，则洪述祖2月4日函中所谓“‘冬电’到赵处，即交兄手，面呈总统，阅后色颇喜”云云，就纯属杜撰，袁世凯主使构陷国民党领袖一事也就子虚乌有，赵秉钧当然也就与此事毫无干系。然而，诸多证据表明，赵秉钧的解释不能成立，他试图为自己并帮助袁世凯撇清构陷“孙黄宋”阴谋的努力并不成功。
首先，赵秉钧说“原函所称‘冬电’，是否明电，抑系‘应密’，洪述祖均未译呈，不知原电所指何事”。此句若是用以辩解2月22日以后洪、应往来电报洪述祖均未译呈赵秉钧，则甚为有力，因洪述祖在2月22日致应夔丞函中有“以后勿通电国务院（除巡缉长之公事不计），因智老已将应密电本交来，恐程君不机密，纯全归兄一手经理”等语。[4]但“冬电”系应夔丞2月2日发出，此时“应密”电本由国务院秘书程经世掌握，并未归内务部秘书洪述祖“一手经理”，谈何“洪述祖均未译呈”？事实上，该电收电人明确写明是“国务院程经世君转赵鉴”，洪谓“冬电到赵处，即交兄手”，说明程经世将“冬电”交给了赵，而后赵才又交给洪。洪在2月4日致应函中又有“望弟以后用‘川密’与兄，不必再用‘应密’，缘（经）程君之手，即多一人也，且智老处手续不甚机密”，[5]也说明此前“应密”电报包括“冬电”在内均已寄到程处，由程译呈赵秉钧。
其次，赵秉钧所说“各部员司谒见总统，向由该部长官带领”，确为事实。据《谒见总统之暂行礼则》第二条规定：“内外官吏及地方长官之代表，因公谒见者，由国务总理或该管总长请示，定期偕同进见”。第七条又规定：“凡进见者，除国务员及由国务员偕见外，均由秘书厅员接待，偕同进见”。[6]赵秉钧由此推出了“本总理既无带领洪述祖谒见总统之事，而查阅总统府门簿，亦无洪述祖之名，其为不根之谈，显而易见”的结论。此说若成立，则意味着并不存在洪述祖将“冬电”面呈总统之事，袁世凯主使构陷“孙黄宋”也就不是事实。然而，仔细分析《谒见总统之暂行礼则》的规定，其所指仅限于“因公谒见”，以阴谋手段构陷“孙黄宋”显然不属于公事，因此，赵秉钧的解释并不具有说服力。
再次，关于洪述祖有无“面呈总统”一节，查北京大学历史学系所藏赵秉钧“勘电”底稿，“本总理既无带领洪述祖谒见总统之事”一句中，“既无”一词底稿为“向无”，“而查阅总统府门簿，亦无洪述祖之名”一句，底稿为“而查阅总统府门簿，自正月杪以至二月初，亦无洪述祖之名”。[7]这当然会让人理解为，2月初至4月28日发出“勘电”前，总统府门簿是有洪述祖名字的，这样一来，就与“向无”二字发生矛盾。因此，“勘电”正式发出时，删除了“自正月杪以至二月初”九字，并将“向无”二字改为“既无”。这一改动反而暴露了“勘电”试图掩盖洪述祖1月底2月初曾见过袁世凯的事实。
第四，宋教仁被刺后，国民党本部于3月30日在湖广会馆举行追悼大会，京师警察厅总监王治馨代表赵秉钧出席，其演说词有云：“自宋被刺后，上海拿获凶犯为应夔丞，应与内务部秘书洪述祖又有密切关系，不仅外间报纸啧啧，即总统亦不免疑赵，而赵则以洪述祖时往总统府，又不免疑总统授意。”[8]这就说明，洪述祖虽然只是个小小的内务部秘书，但由于与袁世凯关系密切，可以“时往总统府”，根本无须赵秉钧带领谒见。而新闻报道亦有“洪述祖在京出入总统之门，声势炫耀，各部司员同为侧目”之说。[9]
因此，赵秉钧所谓各部员司面见总统的程序，只是通常情况，对洪述祖而言并不适用。戴季陶对赵秉钧所言有一段极有力的反驳，他说：
以号簿无洪之名、总理未带领谒见为狡辩词，适足以证明洪犯与袁异常密切，自由出入总统府，不由带领，不用门簿登记，且更足证明洪犯非以公事原因、秘书长资格见总统，实私人间之阴谋关系见袁犯世凯也。欲辩愈明，欲盖弥张，铁证如山，乌能抹杀。[10]
当然，还有更为重要的证据，即应、洪二人提出构陷“孙黄宋”计划，目的是要乘机向中央“索一数目”，[11]倘若真如赵秉钧所说不曾接到过“冬电”，也不曾有洪述祖谒见袁世凯面呈“冬电”之事，则洪、应二人骗钱计划已经流产，后续也就不会再有相关动作。可事实却是，洪述祖继2月4日函后，又于2月5日、8日、11日、22日及3月6日接连五次致函应夔丞，催促其尽快提供“宋犯骗案刑事提票”等印件，以便索款。[12]因此，袁世凯看到了“冬电”，确定无疑。另外，洪述祖2月22日致应夔丞函中有“来函已面陈总理、总统阅过”一项内容，[13]虽未写应夔丞来函内容为何，但当时应夔丞正与洪述祖谋划解散欢迎国会团及构陷“孙黄宋”，其来函内容极有可能就是有关这方面的事情。洪述祖“面陈总理、总统阅过”，也证明袁、赵的确知道构陷阴谋。构陷“孙黄宋”的计划虽然由洪、应提出，但袁世凯若不同意，则计划将无由实施。而袁不但见猎心喜，而且指示二人行动，则袁为构陷阴谋主使，亦确定无疑。
顺带提及，廖大伟曾以赵秉钧的解释为据，认为洪述祖2月4日函中所云“‘冬电’到赵处，即交兄手，面呈总统”，“属虚构，纯粹假言”。又认为，“‘冬电’致总理，可直接呈交总统，何必转手小小内务部秘书面呈，‘即交兄手，面呈总统’，明显大言”。[14]显然，廖大伟轻信了赵秉钧所言，没有注意到赵秉钧实际上言不由衷，也没有注意到赵秉钧对构陷“孙黄宋”态度并不积极（关于此点将在下文详述），更没有注意到洪述祖不但是构陷阴谋的主要策划者，而且其人与袁世凯有特殊关系，因此他难以理解赵秉钧收到“冬电”后，何以不直接交给总统，而是经由洪述祖面呈。
至于袁世凯同意并催促洪、应实施构陷“孙黄宋”计划的原因，除了第三章已经述及的宋教仁、黄兴在1913年1月间运动黎元洪出任总统，招致袁世凯不满外，应当还因为宋教仁恰在此时抬高了批评政府的调门。参议院议长吴景濂曾有如下一段回忆，他说：
赵智庵一日来访，谈及宋遯初被害事。智庵说：“宋遯初养病农事实验场，我屡去慰问，并代项城致意。遯初表示国民党及个人愿以在野地位帮助项城把国家事办好。项城闻之很满意。遯初将南下，项城属我壮其形色，赠以交通银行可以随地支取的若干万元存折一扣（详数余回忆不清），遯初受了，珍重道别。[15]讵到南方，处处演说，号召国民党必争政权，并对项城种种诋毁。其尾随谍者悉录以报项城。项城屡诘问：‘你说宋教仁拥护中央，何反复乃尔？’我窘极，无以对。老弟（指吴景濂——引者），你说叫我怎么办，怎么交待项城云云。”[16]
由此可知，袁世凯对于宋教仁南下后到处演说批评政府是很不满意的。值得注意的是，宋教仁以激烈措辞抬高对政府批评调门，始于1月31日在武汉的演说，宋教仁讲道：
民国虽然成立，而阻碍我们进步的一切恶势力还是整个存在……在国会里，占得大多数议席的党，才是有政治权威的党，所以我们此时要致力于选举运动。我们要停止一切运动，来专注于选举运动……现在接得各地的报告，我们的选举运动，是极其顺利的。袁世凯看此情形，一定忌克得很，一定要钩心斗角，设法来破坏我们，陷害我们。我们要警惕，但是我们也不必惧怯。他不久的将来，容或有撕毁《约法》背叛民国的时候，我认为那个时候，正是他自掘坟墓、自取灭亡的时候。到了那个地步，我们再起来革命不迟。[17]
据时任国务院秘书长张国淦讲，袁世凯对选举人在各处发表的言论很注意，在看到秘书呈递的宋教仁演说剪报后谓：“其口锋何必如此尖刻？”[18]不满之意，表露无遗。而袁世凯看到洪、应构陷“孙黄宋”计划并敦促进行是2月4日，两者之间似有某种关联。换言之，袁世凯之所以同意并敦促洪、应实施构陷计划，与他对宋教仁在外发表攻击政府的演说不满有关。2月8日洪述祖致应夔丞函又有“日内宋（案）有无觅处，中央对此似颇注意也”之语，[19]与张国淦所记隐相呼应，证实宋教仁演说的确刺激了袁世凯，致使其对洪、应构陷“孙黄宋”计划发生兴趣，并催促二人尽快实施。此后半月，宋教仁又先后在国民党鄂省交通部、沪交通部及浙江支部发表演说，批评政府内政、外交之失败，主张建立政党内阁及省长民选。[20]而这势必又引起袁世凯注意，并增强其借洪、应之手构陷“孙黄宋”之心理。
另据何遂回忆：“袁世凯登上大总统的座位后，就开始向南方伸张他的势力……袁世凯表面上对孙、黄推崇备至，暗中却到处派人收集孙、黄的所谓‘阴私’，编成许多小册子分发各军，诬蔑黄兴‘与孀妇姘居’，孙中山‘在海外到处骗钱’等等，以破坏孙、黄的声誉。另方面他又派人直接打入南方军队内部进行拉拢、收买和分化。”[21]此处所讲似与宋案证据中之构陷“孙黄宋”阴谋并非一事，但可以帮助我们理解，袁世凯支持洪、应构陷“孙黄宋”并不让人感到意外，这实际上是他对付政敌惯用的手法。