“对于君主来说，拥有友谊也是很重要的。否则的话，在逆境之中他将孤立无援。”
——马基雅维利《君主论》
玛格丽特是正确的：有关她的丑闻数日之后就传到内拉克，也正如她所担心的那样，她的丈夫马上意识到她给了他一个绝好的抛弃她的理由。他的态度是很坚决的。本来即便是没有这样的丑闻，他也不希望她回来。
但是纳瓦拉国王细细斟酌此事之时也看到了可以被他利用之处。法国国王如此地羞辱纳瓦拉王后并把她赶出皇宫是十分不明智的。他思忖着可以利用这件事情要求国王做出某些妥协。因而，他一方面严厉禁止玛格丽特返回内拉克，另外又派了一个胡格诺使臣到王宫中表达自己对于妻子遭遇的愤怒。这样，谈判就开始了。“这真是像她这个身份的人从没有受到过的奇耻大辱啊。”这个使臣后来在他的回忆录中记录道。“全欧洲的人都在讨论这个事情……想掩盖几乎是不可能的。纳瓦拉国王有理由担忧王后，他的妻子确实作出了什么罪恶的行为。要不然殿下您，众所周知是如此的善良，怎么会这样对待自己的妹妹呢。那么她到底是犯了什么大罪需要被这样地羞辱呢？……如果她确实罪恶至此，那么纳瓦拉的亨利也请求您作为一家之主，主持正义严惩不贷。但是，”这位大使说道（很明显他还是要留下讨价还价的余地的），“如果对她的指责是空穴来风无中生有，那么他也请求您公开严惩那些诽谤之徒。”纳瓦拉的亨利假装因妻子的名誉受到这样的恶毒侮辱而是如此不快，于是他率军攻占了一个重要的天主教要塞蒙·德·马桑（Mont-de-Marsan），此处正位于波城的北方。他美其名曰这是为了抚慰他受伤的感情。
纳瓦拉的亨利突然发动的军事行动使国王亨利三世意识到了，自己为了逞一时之快而给自己带来了相当大的政治弊端。亨利三世此时无力组建起一支军队荡平南方的叛乱。当意识到他自己有平息妹夫怒火的必要的时候，他终于妥协了。讨价还价的谈判持续了数月，而在此期间，被流放被羞辱的玛格丽特是无力影响自己的命运的。缺乏金钱以及供给，她不得不诉求她的丈夫以期得到一个安身之所。而纳瓦拉的亨利很明显也很享受这种处于道德上风的感觉，将她从一个临时居所换到另一个临时居所。他故意对她忽冷忽热，使她心中永远捉摸不透。他有的时候对她嗤之以鼻，而有的时候又写信给她说道：“如果不是那些闲人从中作梗，我们现在本应该还是很快乐的在一起的。”
玛格丽特十分苦恼，她害怕这个丑闻不是被丈夫作为借口离开她，就是被哥哥作为借口从而彻底摆脱她。玛格丽特无奈之下只能求助于她的母亲，她派去了一名十分信任的信使，至少使她的母亲知晓那些关于她生了一个孩子或者是正怀着一个孩子的流言都是虚假的。“母亲，我十分谦卑地恳求您，我愿用我的命来证明我的声誉……请您放心我所送去的信使是一个值得相信的女士，只要我还活着，她就能证明我的身体状况（即我没有怀孕）。而我死去以后，通过验尸也可证明我所言不虚。”她在一封给凯瑟琳的信中痛苦地写道。
在国王之后与纳瓦拉的亨利对质的时候，他宣称流放他的妹妹是按照母亲的意思做的。而此时，凯瑟琳也没有否认他的说法。但是，毫无疑问的是他所采取的惩罚措施使得王室备受指责，更不要说还有可能与纳瓦拉的国王缓和关系了。凯瑟琳现在只能迅速采取措施，将对王室的损害降到最低。她开始劝说国王亨利三世放了玛格丽特的两名侍女，杜拉斯夫人和贝蒂纳小姐。接着她将她的一名得力干将蓬波纳·德·贝利埃弗尔（Pomponne de Bellièvre）派到纳瓦拉与亨利商谈玛格丽特重返内克拉的事情。贝利埃弗尔曾是法国三级会议的主席。“我求你不要抛弃我的女儿，也不要送回她。如果可能的话，请再次尝试与她好好相处吧。因为，我还担心如果你这样做的话，我们将会重蹈以往不愉快的覆辙，会毁了这个可怜的国家也会给我们双方的家族带来巨大的耻辱。”她教导她的信使这样说。在凯瑟琳的催促下，亨利三世也有所退步。“国王是很容易被一些虚假的信息所欺骗的。”他在一封信中高傲地写道。这封信也将由贝利埃弗尔带给他的妹夫。“谗言并不会因为你是最善良的公主、言行道德都是无可挑剔，就不落在你头上的。举例来说，你的母亲就是这样。你不应该对那些有关她的风言风语毫不知情吧。”据说纳瓦拉的亨利看到这点而放声大笑。“陛下真的是太给我赏光了，”他对太后的信使说道，“他先是骂我的妻子是一个妓女，然后又告诉我我也是一个妓女的儿子！”
和谈最终进行了八个月之久，但是贝利埃弗尔最终还是想出了一个挽回双方（也许并不包括玛格丽特）面子的办法。那就是将所有这些事情的过错完全归于两个可怜的替罪羊杜拉斯夫人和贝蒂纳小姐的身上。而玛格丽特则应该因自己手下人的不光彩事件和过错而向她的哥哥赔罪。而对于纳瓦利的亨利来说，他可以继续保有蒙德马桑以及其他的几个小镇，作为因他妻子女仆的卑劣行为而受到的名誉损失的一种补偿。然而，即便如此，纳瓦利的亨利已经有了新欢，并不想再接回自己的妻子。但在他的谋士们的建议下，他还是多少有点被迫地将玛格丽特带回了。他的一名谋士对他这样说道：“你曾为之付出了太多时间的，那些公开进行的情事，已经不再适宜了。殿下，眼下是时候爱整个基督教王国，尤其是法国的时候了。”
于是在1584年4月13日，也就是距离三十一岁生日还有一个月的时候，玛格丽特与她那十分不情愿的丈夫最终还是在加斯科尼重聚了。即便是最愚笨的旁观者也可以一眼看出，他们的重新结合只是名义上的。这对夫妻往往言语不和，在屋子里来来回回地踱步。很明显亨利这时候是在摆架子。“国王和王后差不多是四点到的，然后就一直在那里，在内拉克城堡的画廊里来回踱步直到晚上。”孔代亲王的一名胡格诺外交官写道。孔代亲王当晚也在场。“当他们吃饭的时候（那时一定很晚了，蜡烛都点上了），我看到公主一直在啜泣，我从来没有见过一张像那样满是泪水的脸，而她的脸也因为哭泣变得涨红。我十分可怜她，尤其是看到她的丈夫就坐在她的身边，但是却与他的绅士们交谈甚欢，但是却不与自己的妻子说一句话。其他的人也没有跟她说一句话。”
在接下里的几周里，她的丈夫对他们婚姻的态度已经显而易见了。因为有她母亲的例子在前，她打算保着王后的位子，但是并不去插手朝政。很快亨利就有了新的情妇，黛安·丹杜瓦因（Diane d'Andoins）——基什伯爵夫人（countess of Guiche）。[6]且黛安能左右亨利的所做作为，影响他的决策。她在他的王国是最重要的人，国王在加斯科尼不论去哪也总是将她带在身边。而玛格丽特则被纳瓦拉的国王——她的丈夫告知，从此以后他们要分居：他与黛安一起居住在波城；而玛格丽特则住在内拉克——或者其他任何国王与黛安不在的地方。
这一情形着实讽刺，而最让人感觉不协调的是黛安与亨利之前的情妇是如此不同，而另一方面又在教养、文化背景以及脾气上与他的妻子玛格丽特又有那么多的相似点。黛安夫人那么会卖弄风情，也不像福瑟斯那般的年轻单纯。她年龄上只比玛格丽特小了五岁，并且出身于一个十分光荣的贵族家庭——当然绝对没有玛格丽特家世显赫，但是也是一个很有声望历史悠久的家族。而她也是一个成熟而对政治感兴趣的女人，并经常影响亨利做出决策。黛安夫人甚至还附庸风雅爱好古典文学，甚至将自己命名为科莉桑德（Corisande），这是一著名的骑士文学中的一个人物。另外，她还很有野心，妄图成为纳瓦拉王后。
玛格丽特有别的地方可去，她虽然不快但也只能无奈地接受眼前的一切。正当她认为事情不可能会更糟了的时候，噩耗传来了——他的弟弟安茹和布拉班特公爵、法国王位的继承人，死了。此时她也才刚回来两个月而已。
据官方说法，弗朗索瓦是死于肺结核的，时间是1584年6月10日，享年29岁。他是凯瑟琳的第二个死于此病的孩子了。自他小时候就有此病的潜伏症状，在过去六个月的戎马生活中这些症状被迅速激化了。玛格丽特以前也知道他生病了，但是她可能并不知道他病得这么严重。直到五月份的时候，凯瑟琳还是很相信医生的话，认为他是可以康复的。
纳瓦拉的王后处于极大的悲伤之中。她的弟弟一死，她就失去了一个盟友和保护者，她希望挽回自己从前的地位和尊严的唯一希望也泡汤了。当他还活着的时候，她还可以说服自己耐心等待，相信一旦弟弟继承了王位一切都会好起来的。而现在，即使是这一微弱的希望也熄灭了。葬礼在巴黎举行，她难以亲临。但是她将内拉克的寝宫用白色的丝绸铺满了，悲伤地怀念他。
失去弗朗索瓦的那种迷茫和痛苦，不只是玛格丽特体验到了，整个国家也体验到了。因为，伴随着弗朗索瓦的去世，人们突然意识到，于理于情法国王位的继承人的位子将最终落到胡格诺教徒纳瓦拉的亨利头上。
让一个新教谱系的家族来继承法国的王位（因为很明显到那个时候亨利三世也是不会有孩子的），对天主教派别是难以想象的。而同时法国国民的大多数也是信仰天主教的。抱着期望，国王亨利三世将他的亲信埃佩尔农公爵派到了纳瓦拉，试图说服亨利放弃新教而改宗天主教正统。玛格丽特一直认为埃佩尔农公爵应当对她在皇宫中受辱一事负有责任，因而对于亨利国王派遣他做为信使的行为非常不满。纳瓦拉王后一开始拒绝接见这位大使，但是纳瓦拉的亨利一心想要被公开地确立为王位继承人，所以自然不能容忍妻子羞辱国王的特使，于是接见了他。
“我看的很清楚我是无法逃避这次会面的。”她在一封给贝利埃弗尔的信中沮丧地写道，后者一直做着内拉克和巴黎之间联络人的角色，“这不是我第一次受辱也不会是最后一次。但是我的生活已下降到了奴隶般的地位，我不得不屈从于一个我难以抗拒的强力。”即便在她最不开心最抑郁之时，我们依然可以看到她以往不屈不挠精神的一些闪现，这表明了她还没有被完全打败。“从埃佩尔农到来的那天起，以及只要他在的日子里，我都会穿上那些虚伪与掩饰的装扮，而这些是我以后都不会再穿的了。”她干脆地说道。亨利最近也可能多多少少绕过了她，并且他本无改宗的打算。“一个人的宗教信仰不能像件衣服一样脱脱穿穿。”他对埃佩尔农说道。
即使是亨利同意该宗天主教，法国人民也不一定能够完全肯定他的这种姿态的诚意。但是，亨利拒绝了改宗，这对于他的敌人来说倒变得简单了，于是一系列的危机开始了。吉斯公爵代表天主教阵营开始了叛乱。在1584年11月的31日的时候，在他的家人和众多支持者的陪同下，他与西班牙签署了《茹安维尔条约（Trea-ty of Joinville）》。通过这个条约他与菲利普二世正式结盟，菲利普也保证每年给其提供高达60万克朗的年金以帮助他打败胡格诺教徒们并使纳瓦拉的亨利远离王位。有了这些钱，吉斯公爵就立即组建了一支军队开始攻城略地。到二月份的时候，他几乎控制了整个法国的东北部。到1585年3月31日的时候他进一步扩大了势力并发表了《佩罗讷宣言》（Declaration of Péronne）。这个宣言的主要内容就是对于亨利三世朝政的激烈的控诉，尤其是强调了国王的奢侈浪费、任用奸佞，以及他对胡格诺教徒的姑息养奸。吉斯公爵用这篇檄文来鼓励他的信众揭竿而起反对国王和新教徒们。到三月的时候，整个王国又再次陷入了内战之中。
这一次，玛格丽特也加入了战争。
因为埃佩尔农的到访，玛格丽特与国王又发生了冲突，在此之后她与丈夫以及丈夫情人的关系继续恶化。三个人的婚姻绝对不可能是和睦的，但是到1584年冬天的时候纳瓦拉王后发现她与黛安之间的关系已经不是以往简单的嫉妒和敌意那么简单了。弗朗索瓦去世以后，纳瓦拉的亨利就有可能成为法国王室的继承人，尽管这点还有争执，但是这也仍旧大大地提高了她的丈夫在国际范围内的重要性。新教徒们仰仗着他。在十二月份的时候，伊丽莎白一世还有几名瑞士和德意志的领主们一起签署了一个合约，宣言支持纳瓦拉的亨利对于法国王位的权利。尽管还没有正式地宣布，但国王亨利三世已经很明显地暗示过要将王位传给纳瓦拉国王并使他成为自己合法的继承人。我们也知道，国王亨利与吉斯公爵的关系一直不太好。如果天下有变，纳瓦拉的亨利确实成功地继承了王位，那么他的妻子自然也跟他一起高升。能成为法国的王后确实是一个不小的诱惑，而有证据表明黛安确实是怀有这样的野心的。
但现在的问题是如何处置现在的纳瓦拉王后，在这个问题上她并没有多少选择。按照惯例是可以宣布婚姻无效，但是这个方法已经行不通了。因为教皇因担心一个胡格诺教徒将获得法国的王位，已经宣布纳瓦拉的亨利为异端了。那些已经被绝罚[7]的人的请求是不可能被通过的。当然也有可能玛格丽特因自然原因而死亡，但是她才31岁，并且看起来还是十分健康有活力的。最后就只剩下谋杀了。玛格丽特很清楚自己的处境并且知道有人在谋算着自己的性命。她曾在一封信里写道她的一个侍女“病倒了”——她的实际意思是她是被下毒了——而她正是因为喝了一碗为她熬的肉汤。当时宫中还有传言说她将会被拐走，然后就那样消失，以及“其他很多种类似自然死亡的说法”，她冷冷地说道。
即便亨利确实没有同意暗杀妻子的计谋，他也确实抓住一切机会去骚扰她。在二月份的时候他拦下了妻子写给自己母亲的信，宣称她将机密情报泄露给了巴黎。这很明显就是一个诡计，因为自埃佩尔农到访的八月以来，她只见过一次她的丈夫。到三月份的时候，纳瓦拉的亨利一直疑心有人将要毒害自己，他公开指责玛格丽特并且命令审判她，玛格丽特最终被判有罪的话就执行死刑。这一切都是多么的可笑啊，他的一个朝臣这样说道。“一个恶人已经试图毒害纳瓦拉的国王。但是也许是因为毒药的药效不够，或者是因为国王本人身体强壮，总之最后毒药并没有起作用。”一位来自奥地利的胡格诺使臣说道，时间是1585年3月6号。“那个罪犯还试图用手枪自杀。”他补充道。
玛格丽特很快就意识到，只要还在势力范围之内，他就难逃丈夫和他情妇的敌意。但是又该去哪呢，又该相信谁呢？弗朗索瓦已经死去了，国王亨利三世又一直是她的仇敌。她想到了她的母亲，但是老人家肯定不希望再有丑闻了。所以她应该不会容忍自己的女儿再次离开她的丈夫了，即便将自己的女儿留在内拉克，就是拿她的生命来冒险她也不在意。凯瑟琳一点也不掩饰她对女儿的不悦，并认为玛格丽特导致了自己的婚姻问题。“我求你，在你离开之前那些需要由她这样身份的人自己考虑和解决的事一件件地摊开来……”太后在贝利埃弗尔还在内拉克任职的时候对他这样说道。“因为无论是我们自己也好或者是我们身边的人也好，他们都与我们自己的行为荣辱相关。尤其是对于一个这么年轻，自认为这没什么的公主来说更是这样。”她继续轻蔑地说道，“也许她可能会对你说，正如她以往一直说的那样，我周围有各种各样的人围着，并且当我年轻的时候我可以把各种各样的人围聚在我的身边……我请你一定要告诉她别这么做了，她已对亨利的伴侣造成了巨大的伤害，因为她可能还会认为有人爱她而感到高兴。不要使她一直借口我也做过这样的事而为自己的行为开脱，因为如果我与瓦伦蒂诺夫人（Madame de Valentinois）和平相处的话，如果我没有与国王闹得如此不可开交的话，我不会这么后悔。”绝对不行，玛格丽特绝对不能向她的母亲寻求帮助。
但她毕竟还是一个王后、法国的公主，她拥有地位、胆识和影响力，这些特征特质不能被低估。她已经被逼到了极点并且有足够的理由相信有性命之忧，于是最终决定放手一搏。到了三月中旬的时候，她请求他的丈夫允许她到亚仁一个天主教小镇去过复活节。这个小镇他很了解，也是她的嫁妆的一个组成部分。纳瓦拉的亨利巴不得她离开更久一些呢，于是就同意了。王后离开了宫廷，并在1585年3月19日到达了目的地。为了避嫌，她很低调地出行，只随身带了几名侄女和仆人。然后到了晚上她的其他随从跟来了，并被安置在了城中。小镇中的人民都非常地欢迎她。玛格丽特以前也经常访问这个小镇，并给他们留下了虔诚而慷慨的好印象。他们很高兴看到她在这里。
只是随后，越来越多的朝臣和仆人来到这里，最后甚至还涌入了很多的骑士和士兵，此时纳瓦拉王后的计划才慢慢清晰起来。在纳瓦拉的亨利还毫不知情的情况下，玛格丽特已经通过她的耳目与吉斯公爵开始了秘密通讯。纳瓦拉王后也加入了天主教联盟。
很明显玛格丽特会选择吉斯公爵作为盟友。这不仅是因为他们曾经有过一段浪漫的往事，也是因为他们有一个共同的敌人，埃佩尔农公爵。如果有什么不同的话，那也是吉斯公爵比玛格丽特更加的厌恶这个国王的宠臣，而这也并不仅仅是因为他总是影响自己的网球派对的参与人数那么简单。数年以来，吉斯公爵看着埃佩尔农仗着国王亨利三世对他的恩宠日盛，头衔越来越多、地位越来越高、财富越来越多。而他所获得的所有财富和特权都是靠他自己的服务和能力得来的。吉斯公爵举兵起义就是为了为国家除尽这样的奸佞之臣和胡格诺异端。
在她到亚仁不久之后，玛格丽特就秘密表示她自愿支持天主教联盟在加斯科尼重要地区的活动，于是联盟就建立了。作为回报，吉斯公爵答应给纳瓦拉王后再添50,000克朗并且写信给菲利普二世请求他再加钱“以确保对她的丈夫来说已经是个累赘的玛格丽特，将不再被她的人民抛弃”。
有了这一承诺，玛格丽特开始行动了。她整个四月都在小心翼翼紧锣密鼓地组建军队。她大有与丈夫和国王亨利三世为敌的意思，并且重新接受杜拉斯夫人和贝蒂纳小姐作为自己的侍女。杜拉斯夫人的丈夫被任命为纳瓦拉王后的军队长官。当她与天主教同盟结盟的消息传出之后，那些天主教贵族蜂拥而至亚仁，当然其中的一些也是吉斯公爵派去的。在与当地议会的一次正式会见上，玛格丽特告诉这些地方长官们说她需要这些士兵作为保镖。“因为都知道她与纳瓦拉国王和他的廷臣关系不好。”没有人怀疑她的这一说法。亚仁是一个天主教小镇。城中居民对纳瓦拉的亨利和他的胡格诺教徒们既害怕又痛恨，正如玛格丽特那样。在谋害玛格丽特的阴谋中，亨利和黛安是同谋这点被贝利埃弗尔确认，他在4月18号给凯瑟琳的信中说道：“我必须强调……纳瓦拉国王所犯的错误，相较他的妻子，他更珍爱与女公爵（黛安）之间的友谊。而他的妻子为了保护自己不得不躲在亚仁，而要陷害她的性命的正是这位女公爵。”
但是直到五月份，一切越来越清晰，玛格丽特在亚仁组建的兵团并不只是为了安全，更是为占领这个地区并在加斯科尼扩大联盟。为了助她一臂之力，吉斯公爵给她派来了弗朗索瓦·德·菱格尼斯（François de Lignerac），普洛领主（Seigneur de Pleaux）。他是一名经验丰富的将军，同时也是中部法国的天主教阵营里地位较高的一名贵族。陪同菱格尼斯来的还有一队骑兵，其中包括一名红发队长，他的名字叫做让·道比阿克（Jean d'Aubiac）。而他对于会见纳瓦拉的王后则显得十分激动。“她是个怎样的尤物啊！如果我能与她共度春宵，把我吊一个小时都没关系。”如果放在过去的话，道比阿克正是玛格丽特以往喜欢的那种有勇气又十分自信的情人，并且他毫不掩饰的赞美一定会被她的丈夫冷漠地回绝。
玛格丽特叛乱的主要对象就是他的丈夫。但是通过与吉斯公爵结盟，她也是在反抗他的哥哥，法国国王。亨利三世严厉斥责天主教联盟的建立，认为是对国王的一种背叛。国王被激怒了，他派出了一名皇家将领马提翁将军（Maréchal de Matignon）到加斯科尼去从他的妹妹手中夺回亚仁。吉斯公爵此时攻占的区域已经包括了诺曼底的大部分，普瓦图、香槟地区、勃艮第和皮卡第等。这个时候，凯瑟琳被派去与吉斯公爵商谈休战事宜，结果却发现她的女儿已经离开了她的丈夫并且是加斯科尼地区的联盟活动的中心人物。此时她十分震惊而暴怒，她在给贝利埃弗尔的信中写道：“她感到如此烦扰而痛苦，以致于认为自己快要死。因为她从没有被之前的任何挫折压倒过……我明白了上帝将这个受造物（玛格丽特）丢给我就是为了惩罚我的罪，她的方式就是不断地给我找麻烦。在世间，她就是我的诅咒。”此时，玛格丽特要么造反，要么面对暗杀，只有这两条路。不论是凯瑟琳、国王亨利三世还是纳瓦拉国王以及情妇把她逼到这个地步已经不重要了，事情已经如此了。
按照她的丈夫、母亲和哥哥的观点来说，玛格丽特一个更大的罪就是，她所站在的那一方竟然是处于优势的。到了夏天的时候，66岁高龄的凯瑟琳看着联盟势如破竹的军事胜利，不禁担心如果冲突不马上停止的话，他的儿子有可能完全失去他的王位。于是她向吉斯公爵让步了，满足了他的要求。和平条约于6月7日在内穆尔（Nemours）签订。这一条约代表王室完全放弃了以前的宗教立场。它取消了《宽容法令》并宣布新教主义在法国是非法的。通过这个合约，纳瓦拉的亨利对于王位的诉求就被否决了。国王亨利三世也不得不宣布对纳瓦拉的亨利和他的胡格诺拥护者们开战。天主教联盟被允许保留他们所征服的地区。这些条款都如此有利，甚至是吉斯公爵也明白国王和太后是在拖延时间。吉斯公爵已经有着多年与凯瑟琳谈判的经验并且对她的话并不抱有太多的期望。“双方谋士提醒我们对方的目的是欺骗我们，而我们也都相信了。”他说道。尽管如此，这一条约还是代表了联盟的一个巨大的政治胜利。而另一方面，纳瓦拉的亨利则对此十分愤怒。“我听说我们的国王已经着手与天主教联盟谈和，谈和的条件是……你们臣民的一大部分应该被放逐……还有那些武装反抗国王和我的叛徒们。”他愤怒地说道。
玛格丽特没有签署这个合约，她一方面认为自己完全独立自主不需要被这些条约束缚。另一方面是她也意识到她的丈夫绝对不会支持一个如此有损于他利益的条约。她与纳瓦拉的亨利已经共同生活了这么多年了，早已熟知了亨利的军事策略。到六月份的时候这个“学生”通过效仿她丈夫的行为，给“老师”致了大大的一敬。她对附近的城镇展开了一系列闪电战，这些地区都是胡格诺教徒，并且将纳瓦拉的亨利视为他们的君王。通过这一行动她出奇制胜，成功占领了托南（Tonneins）周围的军事要塞。
然而可叹的是，她大可以学习纳瓦拉的亨利的战斗技巧，但却学不会他积累的战斗经验。[8]纳瓦拉国王与杜拉斯夫人的丈夫相比是一个好得太多的将领，他在加斯科尼已经与天主教徒展开了数十年的游击战。对他来说，攻占像托南这样的小镇和堡垒简直就是易如反掌小菜一碟。他立即开始了反击，他先是屠杀了他的妻子在此城留下来的戍守部队，然后开始围攻亚仁。
玛格丽特被步步紧逼，此时又不得不再次求助于吉斯公爵。西班牙许诺的财政支持还没有到位，但是她此时却急缺这笔钱。吉斯公爵授意菲利普二世，纳瓦拉王后急需这笔钱来对抗她的丈夫。但是这位西班牙国王还是没能把钱送来，很明显他认为他对于法国的天主教事业已经贡献够多了。玛格丽特日日都等着那笔钱的到来，但是希望都落空了，她最终不得不面对自己日渐艰难的处境。
正如之前她弟弟受到的教训一样，在没有足够的金钱做基础的情况下是很难进行一场战争的。纳瓦拉王后的那些士兵得不到军饷，又被困在亚仁，开始变得越不服管教甚至开始威胁城中市民。当时正值八月酷暑时节，天气闷热而潮湿。更糟糕的是瘟疫，这个战争难以逃避的附属物，又开始在城中蔓延。城中居民越来越失去了斗志。为了维持军费，玛格丽特不得不向当地居民开征新税，这一举动往往不会受到欢迎。无可奈何的玛格丽特最终接受了杜拉斯夫人的丈夫和其他骑士的意见，决定强制托管城中的50家最富裕的家庭。通过摧毁他们以达到在这里巩固新的王室堡垒的目的。她这样做的时候离毁灭也不远了。
城中居民叫苦连天，尤其是那50户富裕的家庭，他们被从自己的家中赶出来并且眼睁睁地看着他们的东西被扔到街上，他们的家宅被摧毁。此时他们难以想象这个女王还是不是他们在不到六个月之前十分拥护而欢迎其进城的那位。纳瓦拉王后曾十分慷慨而有责任感；而此时的这个王后则贪婪而蛮横。玛格丽特可能本不想如此无情。这些措施也被她描述为是保护自己安全的必要的战时措施。她本不想毁坏别人的生活，她甚至提出西班牙所允诺的资金一到位就偿还这些她所挪用的钱财。但是在这个时候已经没有人相信她了，并且不论多少钱也难以补偿那些珍贵的祖上留下的房屋。
如果纳瓦拉国王是他们另外一个唯一选择的话，他们早就背叛他们的女王了。因为亚仁城中大多数还是天主教徒。众所周知，国王亨利三世派去了马提翁将军以国王的名义从他的妹妹手中收回这座城市。归降这位将军意味着亚仁的天主教正统还是可以被保留的。因此一个代表团伪装逃离了玛格丽特的守卫。他们找到了马提翁和王军，解释了事情的原委，并许诺如果王军能够帮助他们的话他们就造反。尽管有国王亨利三世的命令，但是马提翁一直较为犹豫，迟迟不敢公然进攻这个城市，因为玛格丽特毕竟是国王的妹妹。而公开羞辱一个王室成员也绝对不是明智的举措。此时能有人代他承担这样的罪责，他是再欣喜不过的了。一个各方都满意的计划很快就被设计出来了。随后，城市代表团又秘密地溜回了亚仁，他们还带来了马提翁将军的声明。他正式批准了这次叛乱，并保证出兵帮助他们，但是前提是城镇中人“能对纳瓦拉王后，和她的心腹及侍女以礼相待，并保证她们得到与自己身份相符的服务”。这是马提翁想出的防止未来任何来自玛格丽特本人和她的王族的任何人指责的万全之策。将军认为，瓦卢瓦家族亲疏联盟关系往往瞬息万变，再怎么小心也不足为过。
可悲的事实是，城中官员仓皇之间组建的市民武装竟然比玛格丽特的职业军队更加地纪律严明而训练有素。他们充分利用了深夜和黎明的时间，选择在破晓之时发动突击，而此时大部分的守军还在床上睡觉。市民武装击败了驻守在一个城门的守军并打开了城门。这是对于马提翁和他的军团的一个信号，他们一直潜伏在城外，此时瞬间蜂拥而至冲向城门开始战斗。惊讶万分的玛格丽特的守军在中午之前就被完全降服了。
这一天正是1585年9月25日。玛格丽特听到了打斗的骚乱，但是可能认为并没有多严重。直到弗朗索瓦·德·菱格尼斯，这位由吉斯公爵送来的中间人，在那位红发骑兵长让·道比阿克和另外四五十个骑兵的陪同下同时出现在她的寝宫外面的时候，她才认识到问题的严重性。布朗托姆和道比阿克的兄弟事后都曾写信叙述过此事。根据他们得到的说法，菱格尼斯突然向王后报告了城里的叛乱并建议她立即同自己一起逃亡。否则，她将难逃被法国国王俘虏的厄运。她是绝对不愿意再次将自己置于她哥哥的控制之下的。时间紧急，她甚至没有来得及找来自己的坐骑，于是她只能与菱格尼斯同乘一骑。而可能比玛格丽特更害怕国王亨利三世的杜拉斯夫人则同样与一位绅士同乘一骑。就这样，一行人快马扬鞭迅速离开了这里。
他们一行逃跑很及时，以至于可以逃出亚仁到安全的地方。一旦到了开阔地，他们就转头北上去往菱格尼斯在法国中部的的领地。而马提翁和他的人马则在后面穷追不舍。