“但是，屠杀市民，出卖朋友，缺乏信用，毫无恻隐之心，没有宗教信仰，是不能够称作有能力的。”
——马基雅维利《君主论》
对玛格丽特而言，婚礼前最后数周一定是不小的折磨。她必须保持微笑，并且在太后忙里忙外时搭把手。太后正在准备婚礼。凯瑟琳极力彰显玛戈作为法国公主的崇高地位，似乎她的女儿要嫁给神圣罗马帝国的皇帝，而非一个小王国的新教领袖。玛格丽特的嫁妆定价550,000里弗（不幸的是，王室因最近的内战已经破产，拿不出这笔钱），此外，她还将得到新郎纳瓦拉领地收入。新娘显然对这桩婚事不太积极，为了激起新娘的热情，玛戈还得到了价值约30,000里弗的珠宝，其中包括一只华丽的钻石订婚戒指。太后对玛格丽特的嫁妆感到满意，“雷兹公爵（Comte de Retz）和我下了很大精力，你会发现，她和她姐姐一样尊荣。”她想起国库所剩不多，于是像有道明君那样加上一句：“并且，花费还没那么多。”
新郎于1572年7月8日到达巴黎，使新娘更添惆怅。纳瓦拉国王在800名胡格诺派随从的陪同下进入巴黎，他们人人都为亨利的母亲让娜·达尔布雷戴着孝；看起来就像是一大群侵害巴黎的黑色甲虫一样。在当时那种偏激的环境下，对新郎外表的描述自然会受到观察者宗教倾向影响。对新教徒来说，亨利“如同廷臣一般优雅……女人们为他如痴如醉”（虽然就连他母亲都承认他是个矮子，大概只有玛格丽特的弟弟弗朗索瓦那么高——弗朗索瓦常被说成是发育不良），而天主教徒们的评价则有所不同。一位参与了婚约交涉的高级政府官员直白地说，纳瓦拉国王“比木桩子还粗野”。
亨利很可能和玛格丽特一样害怕即将到来的婚礼。他从13岁起就没再在宫中待过。离开宫廷的最初五年，亨利在纳瓦拉度过，成日在户外游荡，享受着传统的农村生活，这种生活与举止优雅、衣着华丽和彬彬有礼毫无关系（更不必说讲究卫生了）。更令他感到不安的是，从小将他带大、颇受他信任的母亲刚刚病故，他不得不依赖其他人——比如科利尼——使自己相信，这桩婚事对他有利。
虽然亨利喜欢美女，玛格丽特并不太对亨利口味，正如亨利也不对玛格丽特的口味。玛格丽特的美貌、学识和地位令人望而生畏。虽然玛格丽特热情洋溢，但她希望求爱的过程更加传奇。而新郎的品味更倾向于成功唾手可得。（或者，像后来一位学者所说那样，“亨利需要对方表现主动性”。）玛戈成长中深受“小可爱”们矫情的影响，自己也变得与众不同，她好比温室中的兰花，只在浪漫的条件下才会盛开，而亨利却不会为浪漫操心。亨利是那种干脆利落的男人。
不过，科利尼打消了纳瓦拉国王的一切疑虑。提督让亨利相信，只要婚礼举行，他就能在谈判桌上占据更有利的位置，而且王室也就无法反悔地和胡格诺派结盟了。亨利的到来和他那群黑衣随从令科利尼感到安心，并重新鼓起信心。他高兴地写信给伊丽莎白一世说，他相信，婚礼之后，每天都会有源源不断的宾客来到首都，他将“可以说服（查理）答应任何事情。”
现在唯一还能阻止这场婚事的，就只剩教皇不予豁免了，因为这对新人属于血亲。但玛戈的兄长查理宣布，无论教皇同意与否，婚礼将于8月18日如期举行，就这样，玛戈失去了罗马这根最后的救命稻草。
玛戈突然意识到，自己落入陷阱了，她将被迫和一位胡格诺派首领永远在一起，这位新郎在她看来就是异端，是法国的叛徒；她被迫发誓，这些誓言对她而言实在可憎，但打破誓言却要冒着下地狱的风险。她感到绝望，于是孤注一掷。这位美丽的公主，欧洲最可爱的一位女性，在婚礼前那个闷热的夜晚，通宵地跪在国王和太后面前，痛哭流涕，乞求他们把自己从这样一个邪恶的婚约中解救出来。
虽然凯瑟琳常常使用哭泣的手段，但她对女儿的眼泪无动于衷。太后的女仆看见了这一幕，并在后来写道，凯瑟琳恶狠狠地威胁说，如果玛戈不完婚，她将“成为法国最悲惨的女人”。玛戈的兄长查理也同样冷酷。众所周知，国王和纳瓦拉结有盟约。这也正是他最初签订婚约的目的，撕毁婚约的代价太大。更何况国王需要这么一场婚姻——这才能使查理发兵尼德兰，他对此事念念不忘。
就这样，时间一点点过去，到了8月18日下午。玛格丽特在炙热的天气中脸色苍白，她戴上闪闪发亮的钻石，点缀珠玉的冠冕，披上长可及地的貂皮镶边长袍——这是王室的象征——然后一步步木然地走向她的命运。她不再流泪。她的尊严使她在公众场合必须保持风度，她在整个婚礼过程中都没有失态。不过她并未掩盖自己对这场婚事的厌恶。就连远远观看仪式的观众们也能感觉到，公主是被迫结婚的。主持婚礼的枢机主教是新郎的叔叔，对这场婚礼非常热心，没看出新娘的痛苦。玛戈和亨利成了夫妻。
接下来四天用于庆祝这场婚礼。查理喜欢娱乐活动，全身心地策划这宴会。这也许是对玛格丽特的另一种安慰，因为她也喜欢舞会和宴会；这或许也是为了使这场婚事合法化，因为许多天主教徒和外国使节都拒绝参加婚礼仪式。但更大的可能性是，国王利用玛戈婚礼的时机自己玩乐一番。他母亲鼓励查理充分发挥创造力，查理于是精心策划宴会的每个细节，以至于没有时间干别的。一位新教徒后来写道：“宴会和表演非常壮观华丽，国王策划得很用心，甚至没有闲暇……睡觉。”
圣母院的婚礼结束后，紧接着就是宴会和舞会，为了向提督致敬，这场宴会采用了航海主题，装饰着许多美人鱼、海豚和其他海洋生物，他们都在海神的管辖之下；宴会时间很长，结束后，宫中上下都睡到了次日下午，差点儿错过第二天的宴会的头餐。
第三天晚上，国王举行了一场精心筹备的舞会，地点设在卢浮宫的大厅中，这座大厅被装点成“一座长满绿草和各种花卉的花园，穹顶是蓝色的天堂，天上十二星座、七大行星和无数小星闪闪发亮”。这代表着天堂。下面则是一条人工河流，将宾客带到另一间房间，那里责备装修成地狱的样子。这间房的装修很差，而且挤满了戴着尖角和尾巴的讨厌魔鬼，他们正在没完没了地聊天。作为虔诚的天主教徒，查理和两个兄弟：亨利和弗朗索瓦身披铠甲，勇敢地护送宾客前往天堂。纳瓦拉的亨利和他的随从本来是被安排在地狱的，明白地提醒着亨利，王室不喜欢他们的宗教信仰，不许他们前往花园，不过查理最终心软了，让新郎和随从们加入宴会。这场精心准备的道德戏剧之后，就是盛大的比武大会，这之后又是一场热闹的舞会，一直持续到次日清晨。
连续几天的舞会、宴会和玩乐，并没有使这对新婚夫妇关系密切。他们反而以狂欢为借口互不理睬。儿时如果受到严格管束，显然会对长大后产生影响。这对新人显然是认为对方自从13岁分开之后再没有长进。他们共住一间房，甚至同榻而眠，但玛格丽特后来说，他们当时并未行夫妻之事。无论如何，他们回到房间时往往不止他们两人——亨利通常会带上自己的心腹顾问。他的卧室是宫中为数不多可供胡格诺派密谈定计的场所，就算在那里他们也得轻声，防止天主教间谍。纳瓦拉国王也不需要玛戈解决性需求，凯瑟琳的宫中不缺女人。上述那位新教徒讽刺地写道：“太后手下的男男女女之间的亲密程度……令人吃惊，一切正直的人都会觉得，年轻的贵族女性在这里很难保住贞操。”
婚礼之后就是玩乐、酒宴、彻夜狂欢、打情骂俏和性，这些内容多少让王室——尤其是国王忽略了婚礼的另一个黑暗目的。凯瑟琳和她的爱子亨利，定下一条险计，准备一劳永逸地除掉他们共同的敌人科利尼，而喧嚣的婚宴将是他们绝佳的掩护。太后就等着婚礼完毕，好发动攻势。玛戈婚礼后第四天，8月22日，礼拜五，太后在当天上午发难。
计划相当简单明了：她准备雇佣一名狙击手刺杀提督。她让刺客藏在科利尼的必经之路，朝科利尼的要害开火，使胡格诺派猝不及防。这次行动的优势在于，它不过是对多年前吉斯公爵遇刺的模仿。因此，刺杀行动看上去就是一次个人行为，而没有政治背景。最终，吉斯公爵将遭到怀疑，因为他曾公开宣誓要惩罚提督，为父亲报仇，而他当时正在城中参加婚礼，这样，真正的犯人——凯瑟琳和亨利就不会受到怀疑了。
太后明白，查理很可能会对科利尼之死大发雷霆，彻查每一个凶手，不仅会严惩拿钱的杀手，也会清查背后的主谋。所以，必须要找到一个地位很高的替罪羊。凯瑟琳已非摄政；查理早已到了即位的年纪。这种谋杀是对国王意志和权威的公开嘲讽，对犯人的惩罚自然会无所不用其极地残忍。显然，绝不能让国王发现是自己的母亲和弟弟联手发动政变，杀死了他称为父亲的人。那样的话，就算凭一己之力，他也会对两人严惩不贷。
不行，必须让事情看起来像是吉斯家族的作为。幸运的是，吉斯公爵曾向国王坦白自己爱上了玛格丽特，因此查理可能对他抱有恶感。并且，凯瑟琳和亨利都觉得吉斯公爵死不足惜；对他们而言，公爵就像提督一样令人讨厌。事实上，他们计划的精妙之处正在于此：幸运的话，他们将一箭双雕地摆脱两个政敌（一个是天主教徒、一个是胡格诺派）。
自然，这次冒险行动的难点在于计划，尤其是找到合适的刺客。不过非常凑巧，凯瑟琳和亨利认识的一名杀手符合各项要求。三年前，亨利在蒙孔图大获全胜的时候，莫尔维（Maurevert），一位天主教下等贵族，突然出现在太后面前，声称自己刺杀了科利尼的副官，此前他受命作为卧底潜入胡格诺派军营执行任务。他本想刺杀提督，但时机不对，只好刺杀了科利尼的手下。
凯瑟琳在确认了这条情报之后，把这则令人愉悦的消息也告诉了查理，查理向亨利写信，专门表扬了莫尔维的作为。亨利时任中将，大大夸赞了莫尔维为国为君所做的贡献，封他为圣米歇尔骑士团（Order of Saint-Michel）的荣誉骑士。更妙的是，吉斯家族听说了莫尔维的作为之后非常感激，又将洛林公国的一处修院赏给了这位贡献良多的刺客，这样，大家都知道莫尔维和吉斯家族关系密切。凯瑟琳和亨利找不到更适合这项任务的刺客了，就算刺客就擒，所有人都会认为他是受吉斯家族指使的。
凯瑟琳和亨利首先试探刺客的态度，刺客表示同意，接下来就是找到合适的行刺地点待命了。巴黎城中少有树丛可以藏身，他们决定让杀手藏在吉斯家族常住的地方中（真是一步好棋），此地位于卢浮宫旁边的主干道上。科利尼住处离王宫不远，出入王宫肯定会走这边。
当时的情况是这样的：8月22日，礼拜五，那天早上，婚宴基本结束，科利尼前去参加枢密院。中午，会议中途休息，提督在胡格诺派护卫陪同下回家用餐。一群人走出卢浮宫，上了主干道，提督边走边读着信件。杀手在临近的房中藏身，可以看见他们接近自己。他走向窗边，用长筒火绳枪（即文艺复兴时代的霰弹枪）对准提督，开火。
就在他扣动扳机的时候，发生了意外。提督习惯穿马靴，但出席会议必须穿上华丽的官靴。整个早上他都穿着官靴：官靴较紧，不便走路，他不想再穿了。于是他突然放下信件弯腰脱靴子。结果，本来应该直接射入提督身体的子弹，却打中了提督的左手和右臂。威尼斯大使当时在巴黎参加婚礼，他向威尼斯政府详细报告了此次枪击事件和后续结果：“如果他接着向前走，他将被子弹打中胸膛丧命。”
科利尼久经沙场，他没有管自己的伤势，而是立刻确定攻击来源。他指示手下前去查看：“子弹是从那扇冒烟的窗户射出来的。”
一名胡格诺派信使飞奔到查理那里告知此事。国王当时正好在和吉斯公爵打网球。新教徒和天主教徒对此时国王暴跳如雷的反应作出了一致的记录。一位胡格诺派官员写道：“国王骂道：‘该死！我就不能清净一会儿吗？每天都有没完没了的麻烦事！’”威尼斯大使写道：“他（国王）的脸发白，似乎非常震惊。他不再出声，回到了自己的房间里。”尽管他后来被控参与了这桩密谋，但从查理一向的表现来看，他并非那种善于伪装的人。显然，查理对此事并不知情。
正如凯瑟琳预料的那样，吉斯家族首先受到怀疑。威尼斯使节在报告中认为，“所有人都觉得是吉斯公爵下的令，他想为家族复仇，因为刺客开枪的地方正是他母亲的房子，她事先有意搬走，以便给刺客腾出地方。”不过，威尼斯大使从政多年，探究更加深入。他在咨询过众多身居高位的熟人之后，发现“这件事从头到尾都是太后干的。她提出构思，缜密计划，并付诸实施，除了其子安茹公爵（亨利）之外，并无他人参与”。大使进而透露，“我悄悄地告诉您（这事情我们知道就好）……这件事他们不放心让法国人办，所以他们找到一位名叫皮耶罗·保罗·托辛基（Piero Paolo Tosinghi）的佛罗伦萨官员”。对外，王室仍坚称行凶者是莫尔维。“不过并无证据，他看起来也不像是杀手。”[10]
这正是凯瑟琳最为担心的。如果威尼斯使节都能轻易地发现自己的秘密，其他人必然也行。查理已经对这场伏击展开了全面调查，当天下午，他史无前例地前往伤者住处探望。凯瑟琳和亨利急忙陪同查理；他们可不能让科利尼和国王独处。因此，当查理得知伤者情况稳定，将会得到妥善照顾，并且坚决彻查此事的时候，他们两人一直不离国王左右。查理愤怒地说：“受伤的虽然是你，但受到侮辱的却是我，我发誓要血债血偿，绝不姑息。”
凯瑟琳和亨利的第一反应是装作和国王一样震惊。毕竟，提督已经身受两处重伤，并且少了一只手指。他年纪较大；伤口有感染风险。他可能会因伤口感染而死，这样一来，胡格诺派将会陷入一片混乱，局势又将改写了。所以，亨利为了讨好查理，立刻命令国王卫队成员驻守在科利尼床边，防止邪恶的叛徒再次袭击。他甚至建议那些住得远的胡格诺派（巴黎城因婚礼庆典人满为患，一些新教徒宾客只能在郊区租房）进入巴黎，保护伤者的安全。
但是第二天，提督换绷带的时候发现伤口正在愈合，伤势预后乐观。王室刚开始着手调查，吉斯家族仍被认为有最大嫌疑。公爵害怕胡格诺派报复，集结自己的手下，囤积武器防备可能的袭击。
此时，凯瑟琳也许已经明白，自己搞砸了，她最好有所补救，否则她和亨利将会暴露。情况对她越来越不利，而对科利尼越来越有利。她准备向查理坦白，让他相信，自己和亨利这么做是为了他好，她准备立即行动。
她首先委婉地告诉查理，虽然人人都认为吉斯公爵就是主谋，应当逮捕，但他或许并非真正黑手。因为这则情报太过爆炸性，凯瑟琳没有勇气亲自告诉查理，而委托她的亲信，同时也是查理的首席顾问，意大利人雷兹公爵代为转告。玛格丽特当时对此事毫不知情，但事后她曾亲自进行调查，她写道，雷兹公爵“在（礼拜六晚上）9、10点间进入国王的房间，他作为一位忠诚的侍从，不得不辞去职务，他告诉国王，如果国王还要惩罚吉斯公爵，他就是置自己于险境：要知道，企图刺杀提督的并非吉斯公爵一人，他（国王）的兄弟和……太后也有份。”（虽然这也并非完全属实，因为吉斯公爵可能根本没参与暗杀计划。因为凯瑟琳和亨利都仇视公爵，不可能和他商量此事。[11]）雷兹公爵进而表示，太后和亨利介入此事完全是为了国王的利益，因为“提督必然是法国的威胁，无论他对国王个人是多么爱戴，无论他对尼德兰的战争是多么热衷，必须记住这都是表象，他一贯利用这种表象掩饰自己唯恐天下不乱的野心”。
查理无疑对这一离奇的事实感到震惊，与此同时，雷兹圆滑地谈到了此次会见的真正目的：他将凯瑟琳和亨利的阴谋美化成是对国王的无私保护，从而保证他们的安全。玛格丽特写道（玛格丽特在记录时已对此时有所了解），雷兹公爵“最后说，除掉提督的计划……不幸失败……失望的胡格诺派将会拿起武器，不仅会袭击吉斯公爵，也会袭击太后和其子（亨利），胡格诺派认为，这些人——也包括国王——指使莫尔维下手，雷兹公爵认为，国王需要提防自己的安全”。换言之，邪恶而不知感激的胡格诺派已经调转矛头对准国王，查理的生命和王位都危在旦夕，一切都正如太后和弟弟所预料的那样。
自然，雷斯公爵不过是个铺垫。正当查理试图理清这次暴行的时候，太后出现在他面前，苦苦求饶。
太后和国王之间的谈话未留下记录，但凯瑟琳很可能又发挥了令人内疚的演技。在过去，她这招屡试不爽。她提醒儿子，当他兄长死后，他还是一个十岁的孩童。她克服种种困难，仅凭一人之力保他即位。她曾十余年为他的荣誉和福祉任劳任怨，为他的利益兢兢业业。她历数自己面临的各种险阻，不曾考虑过自己的心情，为他的安全殚精竭虑。
之后，她谈到胡格诺派。查理以为自己了解科利尼，但凯瑟琳的了解更深。她说，提督并非查理心中的英雄人物。比如，数年之前，当凯瑟琳还是摄政的时候，他曾如懦夫一般暗杀了自己的一名家族成员，一位非常忠诚而诚恳的侍从。当时“她发誓要报仇”；这次暗杀就是为了复仇，“科利尼罪有应得。”现在她有确凿证据证明，胡格诺派意欲起事，杀死国王和王室成员，以颠覆法国。国王必须相信她，听从她的建议，否则他们都将面临灭顶之灾。
查理并非蠢材，他明白太后所说的最后一部分相当荒谬。科利尼并未密谋颠覆法国、杀死王室成员。恰恰相反，在查理所认识的人当中，科利尼是最高尚、最值得信赖的。玛格丽特写道：“国王因为提督……和特立尼（Teligny）（胡格诺派另一位领袖）武勇可嘉，非常尊敬他们两人，因为国王自己也是一位英勇而高贵的人，对具备相似品德的人心存敬意。”但国王现在身处困境，无法妥协。他意识到，如果要保持高尚品质，严守誓言和原则，为了捍卫真相而维护科利尼，他就必须谴责母亲，永远不和她来往，这令他感到害怕。
看得出来，国王很明白自己的抉择，知道他的决定会产生深远影响，因为他花了数小时苦苦思索。如果是过去，太后只要出面，查理立刻就会乞求太后原谅，保证以后全听太后的。在一系列令人费解的事件之后，查理被后人认为患有心理疾病，容易突然变得暴躁，几世纪以来，查理都带着这一标签。但值得注意的是，心理疾病并非个人可以控制的，当科利尼在场时，国王从未有过失常或破坏性举动。
查理不是疯子，他思维敏锐，不会歇斯底里得失控。不然的话，他就不会因为道德负担而如此痛苦了——他完全可以不管此事。遍览莎士比亚的巨著，也找不到比当晚的查理九世更悲剧的人物，也找不到更令人心碎的人物。似乎他的身体和精神都已背叛了他；国王突然感到，连夜的欢庆使他筋疲力尽。凯瑟琳明白，他已身心俱疲。她和亨利以及一小群顾问轮番上阵，直到天明。可怜的查理就像在牢房中接受无情审讯的政治犯。凯瑟琳有一份名单，记录了科利尼身边的主要胡格诺派。她决心，王室要先发制人。
她的儿子最终还是败下阵来。国王精神和感情都不够强大，没有太后的支持无法掌权。查理不必感到羞耻，就连法国13世纪的国王，伟大的圣路易（Saint Louis）在敢于违抗强势的母后卡斯蒂尔的布兰奇（Blanche of Castile）时，也已经年届三十。凯瑟琳的儿子才刚刚22岁。[12]如果科利尼还在宫中，事情可能大大不同，但此刻科利尼正在养伤，他在几个街区以外安睡。
突然，国王像被车轮碾过一样发出喊声。查理指着名单对太后高叫：“杀了他们，把他们全杀光！”
据玛格丽特自己承认，她对密谈的内容并不知情。这位纳瓦拉新任王后当然知道宫中剑拔弩张的态势，但她并不知道国王已决议进行一场大屠杀。她和所有人一样认为对科利尼的暗杀是吉斯公爵为父报仇。玛戈表示：“我完全不知道出什么事了，我发现所有人都有所行动：胡格诺派因提督遇刺感到失望，而吉斯家族担心被人冤枉，互相之间悄悄耳语。”不过，新娘很了解，因为这场婚姻，自己地位十分不利。玛戈明确表示：“胡格诺派怀疑我，因为我是天主教徒；而天主教徒也怀疑我，因为我嫁给了纳瓦拉国王。情况就是这样，没人告诉我事情的进展如何。”
当天午夜，几乎所有的身居高位的天主教徒都聚集到宫中，玛格丽特的姐姐克劳德（她当时在巴黎参加婚礼）清楚国王已经秘密下令，拂晓时对科利尼及其下属展开屠杀。由于陪同纳瓦拉的亨利来到巴黎的胡格诺派为数众多，单凭王家卫队不足以发动进攻，所以凯瑟琳被迫和吉斯公爵接触，他的随从人数众多，装备精良，随时可以一战。威尼斯大使写道：“他们（太后和雷斯公爵）把吉斯公爵喊来，命令他和……国王胞弟（亨利）杀掉提督及其女婿特立尼，以及他的手下。”大使又讽刺道：“您可以想象吉斯公爵在得到任务时是多么的高兴，动手时是多么积极。”不仅如此，其他重要的胡格诺派（包括宫中的胡格诺派）也将由加斯帕·德·塔瓦纳指挥的王室军队全部剿灭。值得注意的是，查理虽然一直渴望在战场上获胜，但此时并未参与战斗，这也说明他的决定受到了太后的压力。
法国王室通常很晚才睡觉。礼拜六夜里（更准确地说是礼拜天凌晨），玛格丽特去看姐姐，走进了太后的卧室。此刻她才发现山雨欲来腥风满楼。玛戈回忆道：“我紧挨着姐姐洛林夫人（克劳德）坐在一个箱子上，我发现姐姐神情黯淡。母后正在和别人说话，她一看到我，就让我回去睡觉。我告辞的时候，姐姐抓住我的手不让我走，而且还流泪叫道：‘看在上帝的份上，不要走！’我被她的哭喊吓到了；这时太后把姐姐叫到身边，严厉地责备她。姐姐说，要是把我打发走，会害了我的性命；如果事情败露，我将是第一个受害者。母后回答说，如果上帝允许这样的事情，我应当接受命运，但是，如果我留下不走，反而会引起敌人怀疑。”
凯瑟琳的命令不可违抗。克劳德还在哭泣，但无力拯救妹妹。玛格丽特当时战战兢兢地（用她自己的话说，“形如死人”一般）回到自己的房间，猜不透这巨大的危险究竟是什么。克劳德知道些什么？显然，危险的确存在——而且还是致命危险——否则姐姐不会这样哭泣。玛戈写道：“我一回到房间，就跪在地上乞求上帝的保护和拯救；却不知道是谁在威胁我。这时我的丈夫已经上床，他叫我过去。我走到床边，发现床边有三、四十名胡格诺派，我一个也不认识；因为我们当时新婚不久。他们当晚在谈提督遭受的枪击，决定次日向国王讨要公道，惩罚吉斯公爵；如果不行，他们就要亲手伸张正义。”
事情已经过去了几世纪，今人无法体会玛格丽特在那个漫长而可怕的夜里遭受的痛苦，她什么也不能做，只能等待危险自己露出狰狞面目。她承认：“我彻夜难眠，我在想姐姐的眼泪和悲伤，这使我整夜睡不着。”不过，尽管她彻夜清醒，却无法参透自己面临的危险。眼下看不出任何危险，也没有人作出警告。她的丈夫及其手下层层将房间围住，非常安静，亨利当然也睡不着，但却不觉得危险迫在眉睫，玛格丽特后来证明：“天一亮，我的丈夫就说，他要起床去打网球，一直打到查理国王起床，然后就去找国王讨回公道。他在一群人的护卫下离开了卧室。”
但危险的确存在。清晨，当纳瓦拉的亨利和手下离开卧室前往网球场时，吉斯公爵和手下已经占领了科利尼下榻的各个出口。提督在二楼卧室可以听见刀剑的碰撞和痛苦的呼叫：他的手下正奋力抵挡天主教徒的进攻，提督知道，自己死期将至。他在侍从的帮助下挣扎着站起，免得被人杀死在床上，然而，他还是无力挥动武器。吉斯公爵一方已有人（王家卫队队长也在其中，讽刺的是，他几天前还被亨利派来保护这位伤员）破门而入。士兵问道：“你不就是提督吗！”据说科利尼当时求饶说：“不错；但是，年轻人啊，念我一头灰发，有伤在身，你不该杀我。”
但求饶是无用的。这位无助的战士、久经沙场三十余年，为法国王室贡献一生的老将，被人用长剑大斧砍死，尸体被扔出窗外，落在院中督战的吉斯公爵面前。提督的面容在重创之下已被毁坏，据说吉斯公爵不得不将血污擦掉才能确定死者身份。公爵确定了脚下这具尸体便是自己要杀的人，恶狠狠地踢打尸体，以表示吉斯家族更胜一筹，他们才是贵族。
最高法院（Palais de Justice）钟声大作，宣布科利尼已死，全城突然陷入了令人恐怖的、不受控制的暴力之中。巴黎的天主教徒事先秘密得知此次行动，因此已经备好武装，巴黎市长从国王那里得到指示，在数小时之内将这些天主教徒动员起来，人数有20,000之多。吉斯公爵对军队训话说：“士兵们，干得好！我们开了个好头！国王下令——冲啊！”加斯帕·德·塔瓦纳在策马飞奔时大喊：“杀！杀！”他们展开了地毯式搜索，凡是怀疑胡格诺派在此藏身，暴徒们就一拥而上，时人写道，他们“不问男女老幼，见人就砍。大车上装满贵族小姐、妇女、女孩、男人和儿童的尸体，并将尸体倒在河中，河流满是尸体，河水也变得血红，这条河流流经城中各处——比如卢浮宫的庭院。”威尼斯大使称，住在王宫周围的胡格诺派重要贵族在拂晓时分已被暗杀，当时百姓还不知道出了什么事。“但之后……国王下令，要杀光、抢光巴黎城中所有胡格诺派，”他继续道，“事情便一发不可收了。”
玛格丽特在彻夜难眠之后正要睡着，突然，暴行降临在自己身上。玛戈回忆道：“天亮后，我觉得姐姐所说的危险已经过去，于是我准备睡觉，让保姆整理床榻。”但是，“约一小时后，我被敲门声惊醒，来人又捶又踢，大声喊道：‘纳瓦拉！纳瓦拉！’我的保姆认为是我的丈夫来了，赶紧去开门。”
但来人并不是亨利，而是一个陌生人，他浑身是血，蹒跚地走进房间。他“倒在我的床上”，使玛戈大吃一惊。“他手臂有一处剑伤、一处枪伤，四名弓手穷追不舍，一直冲进我的卧室。看到这一幕，我跳下床，这位可怜的绅士紧紧地抱住我的腰。我当时还不认识他；我也不确定他会不会伤害我，也不知道那些弓手的目标是他还是我。我高声呼喊，他也高声呼喊，因为我们相互害怕对方，”玛戈回忆道，“最后，在上帝的眷顾下，卫队队长南赛（Nançay）走进房间，看见我被人团团围住，虽然很同情我，但还是忍不住笑出声来。不过，他还是严厉斥责了那些弓手的冒失，将他们赶出房间。在我的要求下，他放了那名绅士一条生路，我把他挪到床上，给他包扎伤口，直到他痊愈才让他离开。”当天玛格丽特救下不少她丈夫的胡格诺派手下，此人是最早得救的。
玛戈此时才明白数小时之前发生了什么，明白太后使自己身处极度的危险之中。她的姐姐克劳德是对的；如果胡格诺派发现天主教徒的阴谋，她丈夫的手下必然会觉得她是间谍，很可能对她下手。[13]玛戈说：“我换了件衣服，因为它已被此人的血污弄脏了，此时，南赛告诉我昨晚他们的商议，向我保证说我丈夫安然无恙，此时正在他的卧室休息。他给我披上一件斗篷，把我带到我姐姐的房间。”但即使在戒备森严的卢浮宫门厅中，玛戈也能感受到恐怖的气氛。“正当我们穿过门户大开的前厅时，一位名叫布尔斯（Bourse）的绅士冲了过来，他身后有弓手紧紧追赶，他身上扎着一支长矛，死在了我的面前。我感到像是自己也受了伤一样，倒在了地下，南赛赶紧搀住我。我恢复神智之后，走进了姐姐的房间，我丈夫的手下米奥弗莱诺（Mioflano）和他的阿马尼亚克（Armagnac）仆人此时也冲进房间，恳求我救他们一命。于是我跪在国王和太后面前，救了他们的性命。”几周前，玛戈还向查理和凯瑟琳哭诉，求他们不要把自己嫁给信奉新教的纳瓦拉国王。
但需要玛格丽特出手相救的不只有她丈夫的仆人。亨利本人也自身难保。当天上午并没有网球比赛，纳瓦拉国王也没有去王宫。他刚离开妻子的卧室，就被叫到查理的房间去了，他的随从不得陪同；这是查理态度转变的第一个线索，亨利立即明白了。大门在他身后关闭的那一刻，他对朋友富有远见地说：“只有上帝知道我们能否再见。”
亨利当时面临抉择。为了使这次暴行师出有名，查理——或曰太后——诬陷亨利、科利尼和其他胡格诺派有意谋反。亨利只得坐下聆听自己的教友被控密谋暗杀查理和王室成员。查理告诉亨利，对科利尼及其同党不必再采取行动：他们此刻已被处决。但对于这位妹夫，查理愿意饶恕亨利的叛乱行为，放他一条生路——前提是他放弃新教信仰，皈依天主教。这恰好是凯瑟琳和查理在亨利和玛格丽特成婚一事上答应教皇的条件。
亨利当时18岁，举目无亲，掌控着一个小国，重要的手下都被屠戮殆尽。他双亲离世，妻子既不熟悉又不信任，任凭反复而无情的王室摆布。他别无选择，只能答应。（他的表亲，孔代亲王在听到这个条件的时候还有所抵触，不愿皈依天主教，不过很快就改变主意了。）威尼斯大使再次直白地写道：“孔代亲王和纳瓦拉国王从出身和地位来说确实是（胡格诺派）的首领，但他们手下无人。另外，他们处于国王控制之下，还不如坐牢。”两天之后，亨利公开和其他王室成员参加弥撒。他们不得不绕过满地尸体前往教堂。太后在位子上站起来，以便清楚地看到纳瓦拉国王虔诚地接受圣体的样子，她大笑不止。
礼拜天发生的杀人事件，史称“圣巴托罗缪大屠杀”（因为此次屠杀发生于1572年8月24日，当天是圣巴托罗缪瞻礼日），事实上，接下来几天同样发生了不少屠杀事件，其他大城市——如奥尔良——也发生了相似的暴力事件。据估算，单巴黎一地就约有5000人到6000人死亡。受害者并非全都是胡格诺派。许多平民利用屠杀和法律失去约束的气氛，报复平日的仇人，甚至纯粹为了利益屠杀富人。比如凯瑟琳宠信的金匠就因此丧命，店铺被洗劫一空。而王室也并未成功地根除胡格诺派。某些参与婚礼的新教徒宾客——比如科利尼的亲信，地位崇高的蒙哥马利伯爵（Count of Montgomery），有远见地住在河对岸，因此保住了性命。这让他得以逃脱吉斯公爵的追杀——吉斯公爵一直追到乡下。
从这次灾难中受益最大的要数菲利普二世，他不费一分钱，却使胡格诺派无力干预尼德兰战争，同时也使法国未来无力和西班牙争夺欧洲霸主地位。西班牙大使在礼拜天满心欢喜地向西班牙国王报告：“当我写此信时，他们正在消灭新教徒，他们剥去新教徒的衣服，在街上拖拽新教徒，洗劫新教徒的房屋，就连小孩也不放过。赞美天主！是他让法国的贵族回归正道！天主保佑，愿他们不变初心。”几天之后，这位大使祝贺太后取得大胜。屠杀已接近尾声；塞纳河已被尸体堵塞；水沟和大车里装满了血淋淋残肢断臂，甚至是头颅。和凯瑟琳会面之后，西班牙大使笑着说，“她看起来年轻了十岁！”罗马教皇也为西班牙国王感到高兴，让人唱起感恩赞歌。
但事实上，此事造成法国在欧洲地位的急剧下降。伊丽莎白一世未与法国断交，但凯瑟琳说此次屠杀是为了防止胡格诺派叛乱，她对此不予认同，并且从那以后，伊丽莎白一世再也没有认真考虑过和法国王室的合作。德意志也同样如此。此外，虽然菲利普二世对屠杀的结果感到满意，但他更加鄙视凯瑟琳——尤其是知道凯瑟琳的行动并非事先安排，而是因为暗杀失败临时起意。强大的法国曾在凯瑟琳崇拜的弗朗索瓦一世时代独步欧洲，仅仅几十年之后，从8月的那个礼拜天开始，法国就在凯瑟琳的手中一步步走向衰落，再也不复昔日荣光——直到下个世纪才有所改观。
但是，太后只关心自己和儿子亨利的地位是否稳固。为此，她对于是否要饶恕纳瓦拉亲王犹豫不决。凯瑟琳知道，不杀亨利会有风险，更何况蒙哥马利伯爵在新教的英格兰重整力量，而拉罗歇尔的胡格诺派据险不服从国王的命令。就算亨利皈依天主教（人人都知道他是被迫的），只要纳瓦拉国王一息尚在，胡格诺派就会师出有名。她已迫使亨利公开参加弥撒，成功地凸显了她的政治胜利，并极大地充实了自己的威信。现在，他已经没什么用处了，留着只会徒增风险。对安全的担心告诉自己，必须除掉他。
就这样，屠杀刚一结束，又出现了新的阴谋。而玛格丽特再次成为这场阴谋的工具。她回忆道：“五六天之后，策划阴谋的人觉得必须除掉我的丈夫和孔代亲王，因为他们的目的不仅是清除胡格诺派，也要清除胡格诺派诸侯；而因为我是纳瓦拉国王的妻子，他们不便下手，所以他们准备向太后提议，让我和纳瓦拉国王离婚。就这样，当我在礼拜堂等待母后的时候，她让我决定我的丈夫是否和别人一样。她说：‘如果不一样的话，我就能安排你们离婚了。’”
凯瑟琳其实是在问玛戈他们是否已行夫妻之事。如果没有的话——她对此表示怀疑，因为众人皆知，玛戈和亨利关系冷淡——那么她就能宣布女儿的婚礼无效。这个诱饵实在吸引人。玛戈从一开始就抵制这场婚事，而这样一来就能结束这场婚姻。这样，她就能摆脱她根本不爱的丈夫，或许就能找到一段真正的感情。
但玛戈生性聪颖，她知道，自由要以亨利的性命作为代价。既然纳瓦拉国王已经答应皈依天主教，灵魂也会下地狱了，玛戈也不想成为另一桩恶行的工具。尽管玛戈对婚姻阴谋一无所知，和她的丈夫同样是受害者，但她明白自己的婚姻引发了一系列暴行，自己为此感到良心不安。大批胡格诺派在她的婚礼上被杀。屠杀前夜，她还听到他们讨论提督遇刺的情况，她知道胡格诺派是无辜的，胡格诺派从未想要伤害国王。他们诚心诚意前来祝贺，庆祝自己成为他们的王后，却遭到自己家人的无情背叛。
历史上常有这样的人：他们虽然没有高尚的品质，却擢升高位，手握大权，甚至步步高升。玛格丽特对最近所见所闻感到震惊，她明白，作为纳瓦拉王后，丈夫的生死全看她的决定，她不愿参与这桩流血事件，她要保护亨利。
“她对太后说：‘夫人，既然你让我决定，我只能说我对现状感到满意。’我之所以这么说，是因为我觉得他们让我离婚是要对亨利不利。”
此刻，玛戈以勇气和慈悲证明了自己是一个真正的王后。但问题在于，她是谁的王后？