在特拉法尔加海战之后，“象与鲸”的对峙局面还在持续。英国海军照旧一往无前，而拿破仑将奥地利打得落花流水，成了欧洲大陆的霸主。这种情形下，重拾之前未能如愿的和谈似乎是不二之选。因此，拿破仑只得另辟蹊径破坏英国（他称为“零售商之国”）的贸易。1806年的《柏林敕令》（BerlinDecrees）建立了针对英国的大陆封锁体系，所有拿破仑能施加影响的港口都被禁止与英国有贸易往来。这一次，拿破仑试图不费海军一兵一卒就与英国进行海战，并对其进行封锁。作为回应，英国也通过一系列的枢密院法令（OrdersofCouncil）停止了与那些遵循《柏林敕令》的港口的贸易往来。这一政策需要皇家海军进行职责转型。直到此时，英国海军的任务还是以护航舰保护船运，以及以战列舰封锁一些重要的海军港口，这两项任务海军都还能够胜任。而现在，所要封锁的港口范围扩展到所有遵循《柏林敕令》的贸易港，无论大小远近。为了完成这一任务，造船厂开始大量生产小型船只。早在18世纪90年代，英国就建造了如“库鲁兹”号（Cruizer）这样的18门火炮双桅帆船，但是19世纪早期，英国又定制了90艘类似级别的小战舰。海军的规模也在扩大，到1812年时，英国海军的船只规模已经过千。这样的扩建催生了世界上第一次机械化大生产。维多利亚时期伟大的工程师之父马克·伊萨姆巴德·布鲁内尔（MarcIsambardBrunel）就为朴次茅斯的皇家造船厂设计了一系列用于生产索具的机器。
海军的军官队伍中依然有暴虐者。由于被人举报，“涅瑞伊德”号（Nereide）的罗伯特·科比特（RobertCorbet）上校就因为曾经未经授权惩罚船员而受到军事法庭的审判：
然后，他派人去找摩西·威尔（MosesVeale），水手长的副手来打我。他抽了我6下还是8下，我根本站不住了，科比特上校却告诫我，如果我不好好站着，他就把我绑在雅各布的梯子上。后来，我被绑在梯子上，一直被打到上校满意为止。
后来，在任“非洲”号（Africaine）舰长的时候，科比特上校在某次行动中遇害身亡，据说，这致命一击就是他自己手下放的冷枪。好在当时，残暴如科比特者毕竟寥寥。绝大多数军官都开始学会尊重水手，也都认可安塞姆·格里菲斯（AnselmGriffiths）上校所言：“如今的水手都不再是不愿思考的无知莽夫，他们中有很多都精于常识……”32
传统上，殖民地战争多是欧洲大冲突中的边角。1806年，霍姆·波帕姆（HomePopham）上校从荷兰人手里夺取好望角的时候就不费周章。占领了好望角之后，英国能更好地保护通往印度的海路，也在之后的年月中吸引了大量的英国人来此安家立业；当然，后到的英国人与先来的荷兰人之间不可避免地产生冲突。在好望角，波帕姆得知西班牙在普拉特河（RiverPlate）地区的戍卫羸弱，当地居民又渴望解放的自由。波帕姆遂即自己动身前往，本欲探查，结果顺手拿下了布宜诺斯艾利斯（BuenosAires）。但是西班牙人很快也发现了英军的软肋，起而攻之，英军大败，损失惨重。
法国海军的复兴可能本不应该被忽视，但法军还是得以在自己所占领的地中海主要港口营建了规模可观的战列舰队，至于法军从哪儿找来了那么多经验老到的水手，就无从得知了。
与此同时，真正让英国人不安的是，法国可能通过联盟和征战来获取船只。1807年签订的《蒂尔西特条约》（TreatyofTilsit）就让丹麦成了法国的傀儡，而波罗的海由此向法国人敞开大门，对英国人来说，这也非好事。与今天的海湾不同，波罗的海是很多战略物资的主要来源地，其中就包括波兰和俄国顺流而下运送的木材以及斯德哥尔摩的焦油。为了保住英国在波罗的海地区的地位，詹姆斯·甘比尔（JamesGambier）招兵远征。在哥本哈根岸边，甘比尔一边用炮船猛轰城内，一边派遣军队上岸占领该城。最终，根据投降协议，丹麦人同意英军占领船坞6周，运走其中所有船只和储备物资。英军俘获70艘船，其中包括18艘战列舰。之后的4年里，詹姆斯·萨玛瑞斯（JamesSaumerez）上将（在尼罗河地区时，曾是纳尔逊的副将）率军进驻波罗的海，与瑞典结盟。这一战略物资的供给线由此得以维系，甚至还在日后与俄国人建立了联系。
英国人还想借由自己强大的海军优势，插足欧洲大陆。1809年，英军在荷兰小岛瓦尔赫伦（Walcheren）登陆，减轻了英国盟友奥地利的压力，却也关闭了前往斯凯尔特河（RiverScheldt）和安特卫普的通道。英军的毛病重犯，两大指挥——海军的理查德·斯特罗恩（RichardStrachan）爵士和陆军的查塔姆伯爵——又没能相互协调、合作，4000名士兵死于瘴气中毒，任务告终。
海军的运气一直尚佳，这一次，他们又意外发现了另一条通往大陆的海道。1808年，葡萄牙作为长期以来英国忠实的盟友和贸易伙伴，拒绝接受法国的大陆封锁体系。法军要求派遣军队穿越西班牙境内，前往教训葡萄牙，当时，西班牙国王被推翻，拿破仑胞弟僭政，西班牙人对此本就不满，起义之火四起，画家戈雅（Goya）就用画笔记录下了法军占领的残暴场景。英国也派遣亚瑟·威尔斯利（ArthurWellesley）率军前往，零星的冲突发展成为半岛战争（PeninsularWar），很快，海军也加入了战斗。原本在里斯本执行封锁任务的74门火炮船“阿尔弗雷德”号（Alfred）被派出，负责运输数百名海军陆战队员去支持葡萄牙的小镇菲盖拉达福什（FigueiradaFoz）的地方起义。与此同时，一大队运输船在威尔斯利的率领下载着9000名士兵从科克郡（Cork）启程。当他们到达科伦纳（Corunna）时，当地的西班牙起义军拒绝让他们登陆，威尔斯利一队人只好向南，在菲盖拉的小港口登陆，并与一支4000人的军队会师。军队向南部的里斯本行进，“阿尔弗雷德”号以及其他船只保持与地面部队的联络，并为其提供补给。之后又有军队抵岸，从海滩登陆，足见拥有港口的优势，即便它小如菲盖拉。士兵中有人记录了登陆的场景：
岸上有二三十名英国水手，近于赤身裸体，当时，他们中冲在最前面的冲锋队已经散开，犹如闪电击向海面，几次尝试之后……最终成功地将长绳抛给了我们，我们得以抓住长绳。之后，伴随一阵高声欢呼，他们调头全速穿过岸上的人，拖拽我们，直到船被牢牢卡住……他们每人背着一名士兵，将他放到干燥的岸边。33
在罗丽卡（Rolica）和维梅罗（Vimeiro）两地打败法军后，威尔斯利的部队占领了里斯本，给留下来作战的士兵作为基地。但是他新上任的上司与法国达成协议，让英军在非常有利的情况下撤离了里斯本。
无独有偶，邓唐纳德伯爵（EarlofDundonald），托马斯·科克伦上校当时正在地中海袭击敌军商船，却听闻西班牙人倒戈的消息。科克伦上校曾因单船出击，俘获了4倍于自己船只的西班牙护航舰而闻名于世，同时，他还是一位激进的议会成员。现在，他打起法国来更是干劲十足，妙计迭出：袭击信号台、攻击据点、焚毁发射器，无所不用其极。当英军大半都放弃战斗的时候，科克伦依然守卫着罗萨斯湾（RosasBay）的特立尼达堡（FortTrinidad）。科克伦试图从法国沿海小岛和梅诺卡岛（现在在相对友好的西班牙人手里）两地发动攻击，以此来击退位于西班牙的法国军队。两地的船只和海军陆战队能够切断法军沿海的联络线，迫使他们去翻越艰险的比利牛斯山，而在那里，西班牙和葡萄牙的游击队只需些许正规军的帮助就能歼灭法军。后来，科克伦确实受命率领远征军前往法国西海岸的巴斯克公路（BasqueRoads），去摧毁停靠在岸边的船只，但是启程后不久，他就与甘比尔勋爵发生口角，计划也就因此不了了之。
与此同时，约翰·摩尔（JohnMoore）将军也开始率军从里斯本向西班牙内陆地区行进，这一次前来阻挠的是拿破仑本人，虽然在战场上双方并未谋面。摩尔撤离到科伦纳，准备在此全面撤军，却不幸被敌军击中，战死沙场，战后就被埋在镇子的郊外。“丧钟未鸣，讣告未公，只因我们匆匆将他葬于城外。”当部队逃至港口，发现没有运输船在等候，运输船此时已经前往维哥，士兵们惊慌失措。几个士兵在慌乱中点燃了一个火药库，不料这火药库与一个更大的火药库相连，一时间火势冲天。更可怕的是骑兵奉命宰杀他们的爱驹——“受伤的马因为疼痛而发狂，四处乱窜，放眼望去，都是这些高贵的动物们被砍得血肉模糊的尸体。”34最后，运输船终于来了。本来英国海军将撤离队伍的装载安排得很好，却被大雾扰乱了计划，致使有些船近乎空载，有些船却超载严重。很多被征用为运输船的商船船长毫无战事经验，或只熟悉自己的航线，所以当法军从港口的小山上向他们开火时，慌张逃窜，却连回英格兰南部的航线都找不到。虽然一阵手忙脚乱，好在撤离还算是成功的。
威尔斯利回到里斯本，战场骁勇，战绩辉煌，被授予威灵顿公爵头衔。他一直仰赖海军给自己的陆军提供供给，同时切断法军的供给，以此来报特拉法尔加海战之仇。1812年，公爵向内陆行军，准将霍姆·波帕姆也奉命前往北海岸，并与当地游击队合作，以策应公爵。波帕姆沿着曲折多山的海岸线行进，一路攻下了数个据点，牵制了不少法军。波帕姆夺下桑坦德（Santander）港口的时候，威灵顿公爵在南边70英里处，久攻布尔戈斯（Burgos）不下。波帕姆向威灵顿派送援军，也未能成功。军队最后还是被迫撤回了葡萄牙。波帕姆的行动确实有效，但也没能占领诸如圣塞巴斯蒂安（SanSebastian）这样重要的据点，没能切断法国和西班牙之间的联络。次年，由于拿破仑进军俄国战败，其庞大的帝国也因此摇摇欲坠，威灵顿公爵得以穿过西班牙，进入法国境内。大多数时候威灵顿对于海军的合作苛责不少，但他最后的评价还算中肯：“倘若有人想要了解这场战争，我会告诉他，正是有了我们伟大的海军的支持，我才得以维系陆军，而敌人正是欠缺了这一点。”35
与此同时，在大西洋彼岸，英国皇家海军深陷另一场战斗中。很多英国水手包括海军逃兵，都加入了美国商船，而在缺乏基本文件记录的年代，想要辨清他们的国籍难如登天。美国人对于英军上船搜寻叛逃英籍水手的行径深恶痛绝，抗拒很容易升级成为暴力事件，1812年6月18日，战争爆发。英国可用的战术依然是封锁。美国人非常依赖沿海贸易，所以倘若能够封锁他们的主要港口，议和就指日可待。而美国也可以攻打英属加拿大牵制英军，或者他们也可以用自己的海军打破英军的封锁。
约翰·保罗·琼斯时代的大陆海军在美国独立之后几乎就不复存在了，而后又组建了一支新的海军用以保护美国的船运不受巴巴多斯海盗的侵扰。这支队伍拥有3艘巨大而且性能良好的护航舰，分别是：“美利坚合众国”号（UnitedStates）、“宪法”号（Constitution）以及“总统”号（President），还有不少吨位较小的护航舰、单桅帆船以及双桅帆船。总的来说，美国的海军规模依然很小，战争开始的时候，能够运作的战船只有14艘，海军人数将达到5000人，其中还有不少从港口和船坞征召而来。身为海军部长的琼斯（Jones）如此评价：
我们的海军实力确实处于劣势，若硬着头皮迎战，定将有辱于我们好不容易建立起来的那点儿民族荣誉——但是我们有的是转移敌军注意力的法子，烦扰敌军自然不成问题。36
美军也建造了新的战舰，包括74门火炮的战列舰，这就使得美国海军在火力上能稍占优势，但是在数量上，美军始终无法媲美英军。
7月中旬，美国海军“宪法”号在泽西海岸勉强逃过英国分舰队的围追，但是仅仅一个月之后，“宪法”号就凭借自己强大的火力击败了英国的护航舰“孤立”号（Guerriere）。由此往后，美军一路高唱凯歌：“嬉戏”号（Frolic）打败了“黄蜂”号（Wasp），“美利坚合众国”号俘获了“马其顿人”号（Macedonian），“宪法”号也俘获了“爪哇”号（Java）。英国数十年来在海上的战斗中所向披靡，让他们误以为自己能打败规模比自己大的任何敌人，而这几次在美军面前吃的败仗，让他们着实吃了一惊。当然，这些许损失不至于影响英法或者英美的战局，但却大大有损于英国的海上威名。1813年，海军部就已经颇为审慎，警告舰队若没有胜算，就不许出击。
……他们觉得任何英国皇家舰队的护航舰都不应与美军那庞大的舰船单打独斗；那些庞然大物虽然被称为护航舰，但其吨位、补给以及所用金属都远超护航舰这一船级，倒更像是战列舰。37
也有慧眼将领识得美军优势所在，“香农”号（Shannon）上的菲利普·布鲁克（PhilipBroke）上校就指出，美军只胜在火力。他不断训练自己的手下瞄准和快速射击，因为纳尔逊的战术精要在于近身攻击，却并不注重开火的准确度。1813年6月，在执行封锁波士顿的任务时，他得知詹姆斯·劳伦斯（JamesLawrence）上校的“切萨皮克”号停在港内，便直接写信向劳伦斯挑战。“只要‘切萨皮克’号准备出海，就请你们驾着‘香农’号迎头赶上，以船抗船，扬一扬国威，吐一吐晦气。”38布鲁克向劳伦斯保证，两艘战舰火力相当，交火对劳伦斯来说“更有优势”。但事实上，劳伦斯早就起航，并没有收到这份挑战书。两船短兵相接，很快便分出胜负，“香农”号仅用了短短6分钟，就凭借舷侧的火力击败了“切萨皮克”号。事后，“切萨皮克”号的木架在汉普郡（Hampshire）的一个磨坊被重新组装起来，至今仍保存完好。
如果当时美国人能攻击加拿大作为报复，定能够确保对五大湖区的控制。两军在此地都驻有重军，也不乏全副武装的战列舰。但是英国船上的多是些预备兵和陆军部队，1813年，在伊利湖（LakeErie）被美军的佩里（Perry）上将击败。1814年，准将詹姆斯·约（JamesYeo）奉命率领海军陆战队和900名水手前往支援，数次战役后，五大湖的归属问题依然没有得到解决。与此同时，美国护卫舰“埃塞克斯”号（Essex）将触角伸到了太平洋，以加拉帕戈斯群岛（GalapagosIslands）作为休养基地，劫掠英国的船运。1814年3月，皇家海军的“菲比”号（Phoebe）和“小天使”号（Cherub）才在瓦尔帕莱索（Valparaiso）俘获了“埃塞克斯”号。
在几次突袭小试后，英军发现了切萨皮克海湾的防守软肋，于是1814年夏，科伯恩（Cockburn）上将率军对切萨皮克发动总攻。当他们在美国的新首都华盛顿登陆的时候，想起美军两年前突袭加拿大当时的首都约克的场景，深有一种报仇雪恨的感觉。英军很小心地将攻击目标锁定为公共建筑，因而在焚烧被他们称作“总统宫殿”的时候，官兵们也未觉丝毫不妥。街头巷尾流传的版本是，由于英军，这座当今世界最为著名的总统寓所才有了新名字，因为正是为了遮掩英军焚烧的痕迹，整座建筑在重修时被漆成白色，这才成为了众所周知的“白宫”；实际上早在1789年白宫落成时就已经是白色的了。1815年，双方都未能取得明显的优势，只能通过和谈停战。
但是，美国战争依然没有终结，俄国、普鲁士、奥地利和瑞典的联军在莱比锡附近的莱比锡战役（BattleoftheNationsnearLeipzig）中击败拿破仑。次年，拿破仑被迫退位，被流放至意大利附近的厄尔巴岛（Elba）上。送他前往小岛的是英国的护航舰“无畏”号（Undaunted），10个月后，拿破仑从囚禁之处逃离，恢复了对法国的统治。在最后败北的滑铁卢战役中，让拿破仑缴械投降的是一支罗什福尔（Rochefort）的英国海军分舰队，由74门火炮船“柏勒洛丰”号上的托马斯·梅特兰（ThomasMaitland）指挥。
即便面对战败，拿破仑依然对周遭的事务充满了好奇，据梅特兰说，“他甚是健谈，丝毫看不见沮丧或消沉”39。但是当拿破仑知道自己将被流放到偏远荒凉的圣赫勒拿（St.Helena）时，他再难强撑笑颜，因为他知道，这一次想逃，可就难如登天了。1817年，查尔斯·艾伯特（CharlesAbbot）与一小队海军军官前往探视：
船帆的操作原理
船帆的操作原理和飞机机翼一样。虽然风会经过船帆两侧，但是因为弧度的关系，船帆的一侧会比另外一侧速度更快一些，因此所受压力也会小一些，从而就会把船帆吸引过来。如果风就在船帆的正后方，那么船帆操作起来更像降落伞，不过其中一侧的压力还是小于另外一侧。在这种情况下，帆船速度并没有达到最快，效率也会比较低。
船帆大概与风向呈15度角。船帆的一侧会推动帆船前进，而另一侧则会使船帆向侧面倾斜，也就是偏航。不过偏航在很大程度上可以为船体造型所平衡，因为设计船体时就是向前航行而不是倾斜前进。
帆船总是在一定航道上前行——如果风是从帆船的右舷过来的话，那么帆船就是在右舷抢风航行。如果风力很大，风速很快的话，每一面船帆都要设置成不同角度。值班驾驶员必须时时刻刻注意风的变化。如果风向变化不定的话，他就必须命令船员拉起转帆索以改变帆桁的角度。如果风速增大的话，他就必须让船员收帆，先收起最上面的船帆（如顶桅帆），然后收起下面的船帆（即下桁大横帆），最后再收起上桅帆，即让位于高处的船员按照要求把上部船帆收起来。只有在极端恶劣的条件下，值班驾驶员才会在海上收起全部船帆，让帆船在“无桅杆”的情况下航行。
横帆船最多也只能在两点之间（或成22.5度角）来回航行，这就意味着对它来说，罗盘上的135度角在任何时候都没有什么用处——尽管在偏向作用的影响下，帆船在大风中根本无法向前航行——因此海员必须万分小心，避免被困在海湾或者驶向背风岸。
帆船会经常受到海风影响，因此要尽可能地靠近风航行，并时不时地把风力转到另一侧，而这可以通过两种途径做到。帆船可以掉转船尾顶着风，移动225度或者更多，这就是掉转船向下风。在三桅帆船中，前桅大帆用来支撑帆船前行，而其他船帆靠近风时都会颤抖，也就是说这些船帆边缘会顶着风，不会起任何作用。调转船向下风比在恶劣环境中改变航向要容易许多，但是会花费大量时间，而且需要在大面积海域中进行。
在其他情况下，帆船转向可以把船首调整到顶着风的位置。把发挥主要作用的后桅帆转向相反的角度，让前桅帆保持在原来位置，帮助推动船首转向。当风吹在帆船另一边的时候，前桅帆会转向，帆船就准备驶入新航道。如果帆船太轻或者海浪太高，导致帆船可能会被卡在铁杆里，那么帆船就无法转向驶入新航道。
他并不像传说中那般肥胖笨重，相反，他身体状况很好，只是难以满足于现状，抱怨良多。哈德森·洛（HudsonLowe）爵士在看守他的期间，尽可能表现得文明有礼，拿破仑这些尖酸的抱怨就有失公允了。40
战争断断续续进行了22年，皇家海军迎来了自己最为辉煌的时代。
到此为止，英国几乎与世界上所有拥有近代海军的国家都有过较量，也几乎每次都能胜出。英国海军的行迹已经遍布全球各大洋，在非洲、亚洲、南美洲都有殖民地。它曾有效地支持了西班牙的陆军，如今，也负责看守被囚孤岛的拿破仑。在此后长久的和平中，它又将面临来自技术和社会的新的挑战。