在1673年的危机中，佩皮斯被升职为海军大臣，直接对亲督海务的国王负责。在1674年的安定休整之后，他瞅准了机会，着手改良海军，而这正是英格兰海军所亟须得到的。其实，任何年龄段的军官都需要技术和领导力双管齐下，但是复辟政权的海军军官离这样的标准相差甚远。此时，军中的官员要么是“防水布”（tarpaulins）：出身卑微，供职于商船，后在共和国时期由于工作杰出方得重用；要么是“绅士”：在复辟后，由查理亲自任命，存在的理由与技术无关，只因皇恩浩荡。1666年，佩皮斯在日记中这样写道：
……论及纪律，舰队仿若由恶魔统领；邪恶之事不胜枚举……引航员倒是实话实说，他们确实无胆作恶，但是上校之命他们更无胆抵抗，稍有异议妄举，后果将不堪设想……迪戈比上校（CaptainDigby），布里斯托尔勋爵（LordofBristol）之子，不过是来此一年的毛头小伙子，就明确表示不希望看见“防水布”指挥船只。43
佩皮斯也赞同道：“……海军应该多用绅士，他们要比出身卑微者更有荣誉感……”但是这些绅士也应该“按出海次数擢升官衔”44。这就意味着在升为上尉之前，他们要以准尉的身份受训，并接受严格考核。1677年，佩皮斯起草、国王下达规定，要求每一个候选人都应证明自己至少20周岁，并且：
跟随皇家海军执行过至少一次出海任务……时间累计最少3年整，且至少有1年是以准尉之资质在船上服役……
候选人要接受由各位上校组成的评审组的审核，若他们承认“候选人具备一个合格的水手和准尉的眼界与表现，具有足够的航海理论知识”方能适合45。在规定下达后的一个半世纪中，违规之事不在少数，服役的年份也从3年调整到6年之多。但这并不妨碍此项命令成为建设职业军官队伍的基础。在一个出身决定一切、以官衔拉帮结派的年代，这一步改良即便不是革命性的，也颇为激进，跨出了“英才治国”（meritocracy）的第一步。而这一步自海军部门跨出也意义非凡，毕竟，海军的缺陷更难掩盖。贵族军官不能够再像中世纪时那样，对下级官员颐指气使，因为现在战船本身就是武器，而不再仅仅是运输武器的设备。若分开行动，“防水布”和“绅士”都不是理想的军官选择，但是两者结合——也就是绅士接受海员训练——倒能出人头地。
“大不列颠”号（Britannia）,1677年船建项目中最大的船，此图由小凡·德·费尔德绘制。其船首装饰上特有的骑士雕像都是头等船所特有的。（国家海事博物馆，PZ7581）
荷兰和法国的战争还在继续，双方都大建海事，极大威胁着查理海军在欧洲的军备地位。正是佩皮斯，作为哈里奇（Harwich）地区的议会代表，竭力说服众议院拨款造船，以做补救。当议会提议建造20艘船时，佩皮斯嗤之以鼻：“你对外宣称‘你要造船20艘’，会被笑掉大牙的！”最后，议会同意拨款60万英镑，建造百门火炮大船1艘，90门火炮大船9艘，70门火炮大船20艘。议会仍然不信任国王，最后的条款中甚至包含有“国王若违背……则做如下惩罚”的字句，这样的无礼肯定会激怒查理。在国王和议会的斗争史上，此举无非就是议会维权的一次尝试，只是方式笨拙，易入绝境。他们不去给国王的行为划定一个自己能接受的底线，倒是对自己完全不懂之事，例如船的吨位大小，随意指手画脚。
当造船一事提交海军部时，是国王自己要求不计开支，增加船只吨位，“虽然料想议会会反对，但陛下仍乐意增加吨位……陛下宁可自掏钱包，也不愿冒缺少战船所带来的风险”。但凡与国王钱囊相关的部门，听到这番言论后都应该有所警觉。不管怎样，战船是得以建造了。
这是迄今为止最为庞大的造船计划，有无数机会可以从设计、配给以及武器装备等各方面来提升标准化的水平，正如佩皮斯所言，“原先每天都要面对因为旧舰队的比例失衡和规模不均带来的诸多不便”将得以解决。每一种船的尺寸规模都将被固定，从而可以使用同一型号的船桅和其他配件。每艘战船的武器装备也将根据“整个舰队的武力和人力的综合水平来严格配给”。这一要求在当时尚属合理。事实上1677年的规范并没有被非常严格地执行过，但是在其后的一个世纪中，规范却被过度僵化，而害人不浅。
然而，船还没有建完，斯图亚特的政权就岌岌可危了。提多·奥茨（TitusOates）声称发现了旨在推翻查理统治的“教皇阴谋”，还暗指有多位官员涉案，他们因此被免职，甚至有人遭遇残忍不公的处决。佩皮斯也被迫离职，并被囚禁于伦敦塔近一年之久。接管海军的人毫无能力可言。查理也被迫任用反对派官员为大臣，对此，佩皮斯强烈反对。
从未有国王会为了讨好自己的臣民，无缘无故地解散海军委员会。明明自己就熟稔海务，无人能及……偏偏又要将海务拱手让予无知之徒，还被他们的无知玩弄掌中……46
后世史家可能将这看作大胆的宪政实验。1679年的大选首次出现了党派的划分和斗争，而由选举产生的议会并不站在查理一边。通过接受反对派作为大臣，查理做了未来大多数国王都会做的事：议会代表政治国家之民意，而国王遵循之。但这并不意味着国王乐于永久性地接受现状，也不代表新的海军部更为完善且胜任此职。为避免管理陷入混乱，政府需要一个固定的行政官员。塞缪尔·佩皮斯无疑是当时的最佳人选，只可惜他已离职，还是个叛国疑犯。
查理到1684年时夺回了他的政治主动权，授命佩皮斯组织委员会调查海军现状。当看到自己挚爱的船只都被闲置在查塔姆的时候，佩皮斯惊呆了。
30艘船中的大部分（都无须查看港口外的其他船只）都几近沉没，境况凄惨。船首、船身、船尾竟无一处完好。厚重的甲板随处放置，炮台的甲板安躺于传递舱内；船尾用于支撑横梁的支架上，树钉不是被焚就是腐锈，因而支架摇摇欲坠……船的侧身被钉牢的射击板和帆布补丁所掩盖（以遮掩其残损），修补之处甚至多于刚刚从战场归来的船只；有几艘船的惨况海军部自己已有报告，不能理解它们停靠在自家港口内，竟然也会遭此厄运。47
查理于1685年去世，詹姆斯继承王位，重掌海务。佩皮斯也回归海军大臣的职位，新国王对海务的兴趣远胜历来所有君主，甚至多过其兄长。但其最大的兴趣尚不在此。一如同样注重细节的西班牙国王菲利普二世（PhilipⅡ），詹姆斯二世也立志于要在英格兰恢复天主教。但与菲利普不同的是，他是英格兰人，又是后来改换的信仰，他的举措更为极端。因此，詹姆斯的统治就是一段热爱天主教的国王只身挑战新教大多数的斗争危机史。危机开始于苏格兰和英格兰的起义，而结果是一支还算强大的海军也阻挡不住反叛者前往大陆寻求支援。阿盖尔伯爵（EarlofArgyll）从荷兰归国，却发现即便在自己的坎贝尔老乡中，也难寻支持。查理二世的私生子蒙茅斯公爵（DukeofMonmouth）在莱姆上岸，后战败于塞齐高沼战役（Sedgemoor）。事后，公爵的支持者受到冷酷的杰弗里大法官（JudgeJeffreys）残忍的责罚——其中800人被送往西印度群岛充作奴隶。
从某种程度上来说，詹姆斯二世的宗教政策堪称宽容，而并非对基督教中的某一支恩宠有加，他确实释放了教友会的成员，还重用威廉姆·佩恩——某位上将的教友会儿子——让他去宾夕法尼亚建立殖民地，让此处成为信仰自由的天堂。但是对其臣民来说，詹姆斯1687年颁布的《信仰自由宣言》（DeclarationofIndulgence）就太过激进了。1688年，7名主教因拒绝宣读宣言而被捕受审。法院并不在詹姆斯的控制范围之内，现在，他们被宣告无罪了。
在经历克伦威尔的统治后，无论是贵族还是平民，对共和国都不太感兴趣。海峡彼岸的荷兰着实给王权的形式提供了新的选择。奥兰治亲王威廉，作为查理一世的外孙，本来就在英格兰王位继承之列，其妻为詹姆斯长女，更是王位的直接继承人，因而，这个国家最后还是会重回新教徒的手中。唯一可能扰乱这一结果的就是詹姆斯的第二个妻子摩德纳的玛丽（MaryofModena）为其诞下子嗣，这个儿子的继承权要优于他的女儿玛丽和安妮，由于生长环境，这位王子无疑也会成为一名天主教徒。人们的担忧最终成为现实。1688年6月10日，玛丽产下一子，反对派却声称这婴儿是用热锅偷运进宫的。
海军管理
对于舰队遍布世界各海域的海军来说，强大的管理机制尤为重要。
中世纪后期，由国王任命的皇家舰队书记官成为最早的全职海军管理者。亨利八世在位期间，众所周知的海军委员会取代了书记官的职位。委员会主要有四大职务：审计、司库、海军监督和法案书记官，它们的权责既相互区别，又难免有交集。靠着他们的合作，海军得以管理财务，经营皇家造船厂以及建造、供应船只。
这些官员的统领上司是海军元帅。海军元帅一定出身显赫，负责战略的制定，以及官员的任命。自查理二世起，将领要在委员会中列席，且渐成定制。委员会由政客和军官组成，而不再仅由一位军官掌控。海军委员会的上司是第一海务大臣（FirstSeaLord），第一海务大臣可以是政治家，也可能是海军上将。到了19世纪，其他入部的海军官员，即海务大臣（SeaLords），开始有任务的分工。但是大多数具体、琐碎的工作还是由不同委员会分担，包括储粮委员会、交通委员会和死伤救援委员会。1832年，海军委员会并入海军部，这让委员会更加深陷琐碎工作，不可自拔。大约在20世纪之前，海军大臣（FirstLordoftheAdmiralty）一直由政治家担任，第一海务大臣是其军事顾问。其他海务大臣主要负责人事工作、供应各种材料（包括造船所需材料）和管理海军基地。
虽然海军部也会出现政治腐败、管理不善、能力不足，以及不能适时调整等问题，但是几个世纪以来，它不仅运转着世界上最成功的武装部队，并且能够妥善处理大规模预算，管理皇家造船厂旗下的大型工业。因而，海军部的行政程序也常常为其他部门机构所借鉴学习。
海峡对岸，威廉和玛丽听到了英国臣民的抱怨，也开始为自己的王位继承可能性担忧。威廉准备了一支50艘战船的舰队，并配备运输船200艘，士兵12000人。作为应对，詹姆斯任命达特茅斯伯爵（EarlofDartmouth）统率英国舰队。伯爵本身是绅士出身的上校，在出海一年后便破格擢升，曾于1667年的战斗中独领一船。数年来，虽职位有变，却一心跟随詹姆斯，但是他的船长和军官就没有那么忠诚了：
……支持（奥兰治）亲王的将领曾经开会碰头，商议开战后的行动方案。有人建议如果国王攻击他们，那出于荣誉，他们应当反击。但是更多的人认为，这种情况下应当离国王而去（投奔亲王的军队）。48
由于不知道威廉将从哪儿上岸，达特茅斯伯爵遂令舰队停靠在哈里奇的贡弗李特（Gunfleet），再视情况定夺向南还是向北行进。但当时的东北风却将英国舰队困在了港口，而威廉却顺风，得以轻松行船。正如一个世纪前伊丽莎白战胜无敌舰队一样，威廉的支持者声称正是这“新教之风”将威廉的舰队一路从北海护送到了英吉利海峡，使得篡夺王位易如反掌。11月5日，达特茅斯伯爵在比奇角（BeachyHead）召开战事会议，受到新教将领的影响，手下也力劝伯爵停战。威廉的军队从托贝的隐蔽水域布里克瑟姆（Brixham）登陆。国王亲信的潜逃引起了军队的恐慌，詹姆斯自己也试图逃跑。詹姆斯的船停靠在泰晤士河口的法弗舍姆（Faversham），在等待潮汐改向的时候被当地的渔民发现，遭到抢劫——这无疑是詹姆斯颠沛的一生中最为耻辱的时刻。威廉与玛丽共享王权——这是英格兰历史上唯一的联合统治。由于清楚囚禁或处决先王可能带来的危险，因而威廉默许了詹姆斯从罗切斯特的监狱逃走，去法国寻求庇护。詹姆斯这一窜逃带来的是海峡两岸漫长的战争。在之后的一个多世纪中，英法两国常常在战火弥漫中消磨对方。詹姆斯的逃亡同样意味着他的支持者——二世党人（Jacobites）在之后的半个世纪中，多次密谋、反抗，努力让詹姆斯以及其子重归王位。
由威廉继位带来的“光荣革命”立下的行政原则，构成了近一个世纪英格兰政府的核心。除却篡夺詹姆斯王位一事，威廉继位的整个过程都堪称保守，没有处决战犯，没有剥夺财产，也没有加强议会的权力。由于顺利登陆得益于海军的支持，威廉也屡次施恩作为回报，带来的结果就是海军在接下来的一个时代中，茁壮成长，越发重要。相隔整整一个世纪，皇家海军又一次拯救了不列颠的新教主义，而这一次，却是由于它的消极不作为。新教对于接下来的这个世纪极为重要。正如一位近代史学家所说：
新教教义对整个社会的意义绝不仅仅是高调夸张之姿、愚顽偏执之态、沙文爱国之情。它让绝大多数普通民众有了历史存在感和使命感。曾经欣然接受的教义，此时让他们倍感荣耀；而正是这些教义，让英国人在困境难关处、在强敌威胁下能够走过去、站起来。是新教给了他们一个身份象征！49
1688年的英格兰舰队共有战船173艘，吨位总数达到102000吨，战列舰恰达百艘。经历了三次大战、数次远征的锻造，加上战术教义上的协调、基础良好的船建政策，这支舰队变得越发坚韧。舰队现在的对手主要是法国，其绝对主义的王权、宗教以及对外扩张的策略都与英格兰格格不入。最为重要的是，海军现如今是巩固国家统一的重要力量。18世纪的英格兰国王并没有放弃手中的权力，只是学会了与议会合作而不是一味对抗。此时，强大海军的重要性得到了国王和议会的双重肯定，海军终于可以不用再惧怕船只破败、失修了。