1651年10月，英格兰议会通过了《航海条例》（NavigationActs），“为了促进这个国家的船运和航海事业，在神意和神佑之下，这个国家的财富和安定皆源于此”。条例规定，外国商品出入英格兰或其殖民地时，必须经由英格兰人自己的船只或殖民地船只运送。这对于荷兰是一直接打击，因为荷兰正是靠远航运输才得以发家致富的。在主要由天主教君主统辖的欧洲，英格兰和荷兰同为例外，都是新教共和国。即便如此，这一条例的出台也足以让两国心生嫌隙，矛盾骤升，并最终于1652年诉诸战争。这可能是海战史上最为重要的战争。双方均未曾考虑要去占领对方的陆地领土。这一场英荷战争，一如之后的两场，对双方来说都是惨烈硬仗。无论处于何种劣势，双方都未尝撤逃。战斗多在北海南端的狭窄水域或沙洲地带进行，因而双方不可避免地只能正面攻击和迎战。由于荷兰过度依赖海上贸易，所以它无法像数十年后的法国或德国那样坐守港湾，它只能靠强行突破英格兰的口岸封锁来寻求生机。
1652年夏，海军司令罗伯特·布雷克（RobertBlake）分别在多佛海峡和泰晤士河口两次战胜荷军。12月初，他又在邓杰内斯角（Dungeness）附近遭遇荷兰舰队。这支舰队由著名的海军上将马顿·特伦普（MartenTromp）率领，约有战船80艘，并由一支强大的护航舰队护送。而此时布雷克麾下只有战船42艘，勉强在吨位庞大上取胜。正因为此，双方从火力上看算是势均力敌。布雷克船队中的战船多数缺乏人手，所以在战时屡屡畏缩不前。战斗中，布雷克自己所在的“凯旋”号（Triumph）被击毁，2艘战船被俘，而“先锋”号（Vanguard）和“胜利”号勉强逃过厄运。这一场战败将海军所有的缺陷暴露无遗。其中最为严重的当属军官的违规反纪——42艘战舰中“竟有多达20艘谎称人手不足，拒绝参战”。布雷克写道：“思想上的怯懦卑劣不单是商人特质，国家的队伍中也有蛀虫。”28
为了整饬军纪，议会通过法令强制规范海军。3日后，议会起草《战争条例》（TheArticlesofWar），并于1652年圣诞节开始实施（因为清教徒并不庆祝这类节日）。这一条例足以威慑逃兵，因为在总共39条法令中，有13条明文规定违者唯有“以死处之”，又有12条声明军事法庭有权宣判死刑，或视案件轻重酌情处置。在随后的年月中，这份条例逐渐成为压迫普通海员的巨石，虽然其初衷是为了整顿上校一类的军官。对于当时上校容易触犯的违纪、叛国、怯逃、顶撞上司等罪行，条例中所规定的刑罚分外严格。
同年12月，海军还实施了其他改革以正军心。伤员的境况得到很大改善。为了鼓励民众入伍，议会再次同意提高海军的薪金。结果据多佛港口所报：“……自议会允付薪饷，并征民入伍上船，前来响应之青壮络绎不绝。”29
自12月起，乔治·孟克（GeorgeMonck）和理查德·迪恩（RichardDeane）与布雷克一道成为海军指挥。但是英格兰海军在战场上仍无作为：2月在波特兰的战斗中，荷兰发现并利用了英军小分队独立行动时的漏洞，抢获先机，足见英军指挥失当。英军士兵眼看战斗中众船四处流窜，内心也颇为恐慌。迪恩精于炮术，洞悉船只作为发射平台的价值；孟克长于陆战，对一字列队的阵形情有独钟；布雷克则海战经验丰富。他们三人齐力，于1653年3月底为海军制定了新的《战争指南》（FightInstructions）。其中最为重要的一条便是要求“各小分队的每艘船只都要尽力与自己的主舰队保持同一直线。船队以一字排开的阵形向前进击”。这一战术首次试用于6月初的一场战斗中。两军于泰晤士河口岸的加伯德（Gabbard）滩上相遇，
……英军在敦刻尔克上游发现荷兰船队，当英军靠近荷军时，恰顺风，遂疾行，不到半小时便只离荷军两倍炮程。随后，英军在距荷军半炮程处呈两列横队排开，这便是他们的新阵形。以此队形，英军于当日尽显威风，猛轰荷军。击沉荷军战船两艘，堪称全胜。傍晚时分，“特伦普”号（Tromp）本欲乘风反击，但无奈风向转变，未遂。之后整整两日的风向都不利于荷军。荷军只得掉头缓慢归去。第二日，英军仍采用相同阵形，并拒绝与荷军平等较量，将荷军困在海湾内，围攻之，直至自己船队出现无序和违规，才开始使用护卫舰作战……30
此次战役成为英荷海战的转折点。荷军于6月在自家斯海弗宁恩（Scheveningen）海岸又与英军一较高下，却损失了伟大的领头舰“特伦普”号。10月，和谈开始。
“一字阵形”同时还是战术史和造船史上的转折点。该阵形要求所有主战船在应对最强大的敌军时，都当足够牢固以排成一字。这就要求战船最少也得有两层甲板，结构坚实、武装完整，且在体形上要比绝大多数商船庞大许多。自此往后，海军的实力就以战列舰数量来衡量了。甲板不再是战时重地，此时的战船开始充分利用船舷两侧的火炮，而不再使用位于船头、舰尾的舰炮。由此，舰炮也开始退出战场。恰好，大部分英军战舰已经习惯于一字阵形，查理一世时期建造的巨轮，如“海上霸主”号等，此时也都武装到位。一如塞缪尔·佩皮斯所言：“所有那些我们用以抵御荷兰的舰船都是由圣上（查理二世）之父查理一世所建。”31与此同时，护航舰也更具战斗力。新型的战斗机器不断被生产出来并投入战斗，却仍是供不应求。1649年建造完成的“演讲者”号（Speaker）武装有50门火炮，就是一字阵形中典型的双甲板船。
对荷战争的胜利并没有给共和国带来安宁。普莱德（Pride）上校清洗了议会；奥利弗·克伦威尔也在1653年夺了大权，一跃成为尊贵的护国公。保王派的私掠活动依旧频繁，苏格兰的叛乱又揭竿而起。与西班牙一战后，共和国攫取了牙买加，而不是克伦威尔原先属意的更为富庶的伊斯帕尼奥拉（Hispaniola）。由于战事连连，政府与海员的关系又开始恶化。除了涨薪诱引，似乎只有强制一法来征召船员。而这种强征在伊普斯威奇（Ipswich）地区遭遇了严重反抗。当地镇长告诉征兵官埃德蒙德·柯蒂斯（EdmundCurtis）上校说，港口除了有免役资格的船主及其雇员外，水手人数寥寥，实难寻觅。柯蒂斯并不相信镇长的说法，因为就他所见，河上有船至少百艘。第二日，在未通知镇长的情况下，柯蒂斯带领一队武装士兵强征海军：“但是当我们逮住了一两个水手，强迫他们入伍时，小镇居民愤而反抗，扑倒了我们的士兵，救下水手。这就意味着武力冲突下，文明不再。”诸如此类的事件在其他港口不断发生。很明显，共和政府不再享有水手们的拥戴了。
克伦威尔死后，其子难堪大任。孟克回归旧职，重掌军队以支持王权复辟。爱德华·蒙太古（EdwardMontagu）曾是克伦威尔在亨廷顿郡的邻居，1656年被安插入海军，用以制衡共和党人。1659年，蒙太古在一起保王党阴谋案中与保王派勾结。次年，他被任命执掌海军，以确保海军部的归顺。对于共和党派的官员，蒙太古采取驱散或下放远调的措施以绝后患。
1660年5月，蒙太古亲自率队，驾“内兹比”号（Naseby）旗舰前往荷兰，恭迎王子查理回国，复辟王位，称查理二世。蒙太古的远房穷侄塞缪尔·佩皮斯作为秘书随队出航。爱德华·巴洛（EdwardBarlow）也在船上，有幸目睹了迎接国王的盛况，
当陛下甫及船边，船上众人便欢呼雀跃。人们挥舞礼帽、掷入海中，都难表再见陛下之激动。随后，陛下登船，70多座礼炮鸣响三巡……旗舰鸣炮仪式后，随从船队开始鸣炮。一时间，空中炮声轰隆，仿若暴风骤雨突然到来。32
思及查理二世统治时期未曾停歇的战火，这一火热的欢迎似恰如其分。“内兹比”号这艘以克伦威尔的伟大战役所命名的战船很快被更名为“皇家查理”号（RoyalCharles）。而佩皮斯将这一举措解读为共和国的落幕雪藏。曾与克伦威尔一道征战披靡的共和军领袖，此时被缚绞架，惨遭火刑。蒙太古获恩受封为三明治伯爵（EarlofSandwich），而佩皮斯也升任高级高军军官——海军部书记官。
查理二世接手的海军规模几乎是其父统治时期的3倍，拥有更为先进的船只，更为严明的纪律，更具策略的战术。1652年以来的战术指导思想还在，但是共和国议会所颁布的法律条例却不再有效。为此，复辟后的议会颁布了新的《战争条例》，以做补救。新的条例与1652年的相比可以说并无差别。更为严苛的航海条例也随即生效，将原先只针对进口商品运输的限制推广至出口商品。在接下来的两百年中，航海条例几乎就是英格兰商业政策中的重中之重，其主要目的便在于以运输业的强盛来给养国王的海军。
佩皮斯是海军部中的一员，负责船队的物资收支。他所从属的海军元帅或是海军委员会则担当战略决策之责。很快，佩皮斯就为查理二世的人格魅力所倾倒，他曾在下议院发言：“自国王亲督船造以来，船业技艺精益之速远超往昔，领先之姿跃然，码头港口新兴。有史以来，航海之业从未如此蓬勃。”33欢欣之余，佩皮斯也看到了国王的享乐无度。1662年10月，他听闻国王与其情妇卡斯特尔梅恩夫人（LadyCastelmaine）相处的时间远胜于王后；数月之后，他又听闻“国王只道寻欢作乐，憎恶所有正经之事、严肃之思”——可能航海事务是个例外。英格兰于1667年遭遇了严重的海上危机，国王却传出与其情妇彻夜玩闹的丑闻，他们“疯狂地追扑一只可怜的蛾子”34。
塞缪尔·佩皮斯（1633~1703）
从表面上看，佩皮斯出身卑微。1633年佩皮斯出生时，父亲是个裁缝，母亲是屠夫的女儿。由于姨妈嫁入豪门，其表兄爱德华·蒙太古方能升任共和国海军军官。佩皮斯凭借奖学金进入剑桥大学莫德林学院（MagdaleneCollege）学习，并自1654起，在蒙太古手下做事。后娶贫苦的法国天主教移民后裔之女伊丽莎白·米歇尔为妻。著名的佩皮斯日记开始于1660年1月1日，这一年也果真值得铭记。5月，他跟着蒙太古的船队将流亡在外的查理二世接回国，并当上了海军部的书记官。
就像日记所展现的那样，佩皮斯在生活、工作两方面都能顺心遂意，即便在最险恶的政治环境中也能游刃有余。很快，他开始鄙夷希兴里（SeethingLane）海军办公室里的那些同事，他们多是水手出身，对陆地上的事务一知半解。佩皮斯煞费苦心学习，各个领域都有所涉猎。佩皮斯的挚友，造船工程师安东尼·迪恩（AnthonyDeane）给了他一份造船学手稿，并赠言：“不掩藏任何可以壮大实力的东西。”在成功避开第二次英荷战争中的事故责任后，佩皮斯的官位更加牢固了。
佩皮斯发现周遭腐败之风盛行，自己也难以明哲保身；但好在他能分清何事会对海军造成实际损害，从而不去触碰底线。
佩皮斯不但做事高效，也注重细节。他开始思考海军改制的一系列问题，并富有远见卓识，其中包括：官员的职业化、先进技术在舰船制造中的应用、修船厂的服务能力以及支持全部工作的财政运作。尽管世事不尽如人意，他的性格也并非完美，但他确实为了改革海军鞠躬尽瘁。
塞缪尔·佩皮斯，根据戈弗雷·内勒（GodfreyKneller）爵士1689年的绘画雕刻而成。1689年，佩皮斯离开他的书记官职位，进入了海军部委员会。（康威）
佩皮斯害怕记日记影响视力，便在1669年停止写任何东西。次年，妻子伊丽莎白去世。他继而与玛丽·斯金纳（MarySkinner）私通，她哥哥曾为清教徒约翰·弥尔顿（JohnMilton）效力。因此他生命中两个重要的女人，一个信奉天主教，一个又为清教徒，是当时截然相反的两个极端。然而佩皮斯的女人又何止两位，他一生风流韵事无数，甚至与女仆都曾有染。除此之外，他还热爱戏剧、音乐和美食，总能在繁忙的工作之余，尽享生活。
1673年，约克公爵下台，英王接管海军大部分工作，佩皮斯升任海军大臣，并通过竞选成为下议院议员，以此来扩大影响力。他资助了英国皇家学会（RoyalSociety）、三一学院（TrinityHouse）和皇家数学学校（RoyalMathematicalSchool），但佩皮斯最卓越的贡献还在于1677年建立起了官员结构规范，并且影响议会通过法案又新造了30艘舰船。
1679年，在“教皇阴谋”的可怕迷雾中，佩皮斯和迪恩因被指控向法国泄露军事机密而锒铛入狱，被关押在伦敦塔内整整一年，直至罪名得以澄清。
1683年，佩皮斯将转移到丹吉尔（Tangier）的移民事务料理妥帖后回到政府岗位上。虽然一如既往地夸大自己的成就，佩皮斯还是于1684年被重新任命为海军大臣，并且建立了特别委员会，整修近几年来疏于维护的海军舰船。当约克公爵继位，成为詹姆斯二世时，佩皮斯仍留任原职。虽然他驳回了詹姆斯亲天主教的多项政策，但其权势在新政权下仍日渐壮大。
在格林尼治俯瞰德特福德（Deptford）的照片，由老简·格蕾菲尔（JanGriffier）画于17世纪末。自左向右分别是：英国皇家天文台、圣阿尔菲奇大教堂、英女王官邸和海军医院第一街区。（国家海事博物馆，BHC1817）
但是在威廉和玛丽上台执政后，佩皮斯被迫卸任，此后的14年间都过着退休生活，曾经规划要撰写的海军史也不了了之。1825年首次出版的佩皮斯日记，倒是堪称海军史中最为详尽的作品。日记中，佩皮斯分明是一位追求享乐、风流多情的男子，断然看不出曾位高权重，甚至为18世纪英国海军的发展定下了基调。
国王胞弟约克公爵詹姆斯被任命为海军大臣，全权统领英格兰海军。
在随后几年中，佩皮斯得以近身了解詹姆斯。虽然詹姆斯的个人魅力和才智不及其兄，但他对海军的一片赤诚及其兢兢业业的态度也让佩皮斯诚服。由此看来，兄弟二人对船业的兴致倒是一致。在回国时，荷兰曾赠予查理一艘名为“玛丽”号（Mary）的帆船，由此英语中引入了一个新词“yacht”（游艇）。此后，国王建造了更多的皇家游艇（多以其情妇之名命名）。佩皮斯手下约翰·伊夫林（JohnEvelyn）在1661年10月的某篇日记中写道，
今晨与陛下同乘帆船（或称游艇），这是陛下众多游艇之一。游艇本是荷兰之物，用于游玩赏景甚佳；在荷属东印度公司赠予殿下之前，英人未曾见闻。今日，此艇将与陛下另一艘新建的护航艇以及约克公爵的船竞航，赌注为100英镑，航程从格林尼治到格雷夫森德（Gravesend）一个来回。陛下的游艇在去航时由于风向作弄，稍显落后；但在返程时顺风得胜。35
很多有钱人都仿效国王建造游艇。其中莫当特勋爵（LordMordaunt）便是一例，勋爵在1681年建造了一艘排水量超过500吨的游艇。
虽然常有资金缺口，约克公爵的海军管理还是为办公行政设立了新标杆。下达给海军部和其他部门的指令都有严格的标准，堪称近代职业分工的先驱。海军部任命造船专家为海军技术监察员，还有专门的会计担任司库，部门成员也更为专业。值得注意的例外反倒是佩皮斯本人，他既非水手，又不懂造船——他可以被视为早期公务员传统的典型：是个局外人，但有其特殊才智能贡献局中。佩皮斯的会议记录往往能够触及谈判转承精要，因而有别于人。他更是海军账簿的发明人，其表格体系能将纷繁复杂的海军物资流动清晰明确地记录在册。
查理二世治下的海域也不得安宁。1664年，查理并不想与荷兰开战，但是议会的好战之徒却窥测到了建立帝国、扩展贸易后的美好前景。在殖民地方面，罗伯特·福尔摩斯上尉（RobertHolmes）占领了非洲西海岸的戈里（Goree）；在北美，理查德·尼科尔斯（RichardNichols）到达了一处狭小偏远的荷兰殖民地，当地人口约1500人，据说每4座房屋中就有1座是小旅馆，但恰恰是此地坐拥了世界上最为优良的自然港口之一，与内陆也能方便交流。
据塞缪尔·德里苏斯牧师（SamuelDrisus）回忆：
8月26日，4艘满载船员的护航舰到达诺斯河（NorthRiver）湾，靠近斯塔滕岛（StatenIsland）的地方。他们手握大不列颠国王颁发的特许证或委任状，遂得以凭借尊贵的陛下之名占领此地……如果遇到抵抗，他们会炮轰、血洗，以掠夺和流血的暴力方式硬夺。36
荷兰人并没有试图包围新阿姆斯特丹。事后，为彰海军元帅之功，此地更名为新约克（纽约）。纽约曾在1673年的海战中被荷兰人夺回，但英格兰以苏里南（Surinam）为筹码换回了纽约。时至当时，纽约已经成了大英帝国在北美的中心，而不再是荷兰帝国的一处边角。新建的码头鳞次栉比，贸易兴隆。到17世纪末，纽约人口已然翻了3倍，而这仅仅是这座城市崛起为世界都市的前奏。
回到英格兰国内，议会通过议案，筹集250万英镑战款，意与荷兰一决高下。战争从1665年2月正式开始。虽然对强征入伍是否合法仍存争议，但战火一旦燃起，政府只可能竭力征兵。1666年7月，佩皮斯在伦敦塔亲眼看到人们如下的表现：
但是主啊，那些泣不成声的妇女们，是我从未见过的自然表达的悲怆——她们痛哭着、奔走着，逐列逐队找寻她们的丈夫；每一次帆起舟行都能让她们惊慌失措，就怕自己的爱人也在其中；船终要驶远，那就目送至日落月升，再也不见。这样的场景，谁能无动于衷，谁不肝肠寸断。
撇开心中凄凉，佩皮斯对征兵的合法性也心存疑虑：“但见那些穷苦、伤病的劳动者和房主被陌生人强行带走，远离同样穷苦的妻儿老小，确实让人泣然；没有资金补助的强征显然于理不顺，于法不合，这是真正的暴政。”37
1665年6月，英荷在洛斯托夫特（Lowestoft）首次交锋。从上一次的失败中，荷军吸取了颇多教训：他们也建造了吨位巨大的战船，也学会了一字阵形的战术。如今，双方都是巨轮相向。6月3日，约克公爵及其叔父鲁伯特亲王率领了109艘战舰，在距离洛斯托夫特40英里处与荷军舰队相遇。此时，荷军亦有战船103艘。这场战役英格兰完胜：荷兰旗舰毁于英军炮火之下，另有7艘被焚、9艘被俘。英军本欲乘胜追击，但是夜间，公爵的一位近身随从前来下令，命众将领停止追击，但是命令下达的理由却从未公之于众。人们内心疑窦骤起，都怀疑起公爵对国家的忠诚度，毕竟公爵之妻就是个天主教徒。
次年，已受封为阿尔巴马尔勋爵（LordAlbemarle）的蒙克与鲁伯特亲王一道统领舰队。1666年1月，法国也对英宣战，这让查理相当煎熬，他亲爱的姐姐安妮公主嫁的正是法王路易十四的胞弟。在腹背受敌的情况下，国王非常不明智地将舰队一分为二，由蒙克统率2/3的船只对抗荷兰；而鲁伯特指挥剩下的1/3提防法国。1666年6月1日，荷兰再度来犯。据杰里米·罗克上校（JeremyRock）称，这次战斗“是海战史上最为可怕、顽固、血腥的一场……在烈日炎炎下，在焚船的星火内，在炮火轰鸣中，灼热远胜于普通的酷暑之燥。我们仿佛置身炼狱”38。而在蒙克的船上，爱德华·巴洛也受了伤：
参战不过一小时，荷军炮弹便击中了船侧，我右腿腿窝处也被弹片殃及。我当时便站立不住了，但是谢天谢地，击中我的还只是碎片，若是炮弹，恐怕整条腿就废了，也幸好没有更多的伤害……右腿的肿胀让我无法继续作战，只得下船舱与其他伤员待在一起。他们或缺胳膊少腿，或奄奄一息，或疼痛呻吟，惨不忍睹……39
3日后，鲁伯特亲王率军支援蒙克，但两队人马此时都已筋疲力尽。这场战役史称“四日战”（FourDaysFight），原因大概是这泰晤士河口的弹丸之地都没有一个响亮的名字能用以命名。
7月25日，圣詹姆斯节当天，英荷两军在原地再次交火，此时的英军已经整装完毕。罗克上校对于有幸参加此役深感荣幸：“两军此次海战之盛况当荣耀史册。一对一的战法前所未有，战斗之英勇不受抑制，逃遁之懦弱却不得机会。”40英军出动战舰89艘，荷军的船只虽然体形略小，但数量也达到了88艘。激战后，英军以损失40艘战舰的巨大代价险胜。荷兰在船只方面的损失要少得多，但是将领伤亡惨重。无论如何，经此一战，英国人民心大振，真的开始相信自己确实就是海上霸主了。
罗伯特·福尔摩斯爵士袭击了荷兰位于弗里西亚群岛（FrisianIslands）的船运所，又焚毁了泰尔斯海灵岛上（Terschelling）的小镇。之后不到一个月，伦敦遭遇巨大火灾，荷兰人视之为天谴，拍手称快。加上前一年的瘟疫，查理政府在国内已受到两次危机考验。而即将到来的第三次，将与海军息息相关。1666~1667年的冬季，大部分船只都照常闲置休整，之前议会准备的250万英镑战款用到此时，已经捉襟见肘，再要筹集，似乎又难如登天。开春后，政府屈服于财政困难，停止了海战，转而向荷兰寻求和谈。荷兰对此的回应直接而强硬：袭击了希尔内斯（Sheerness）建了一半的边卡堡垒，进入了梅德韦河。他们穿过河链，摧毁了停靠在查塔姆码头的船只。荷军这次行动的最大目标是俘获当年迎接查理归国的“皇家查理”号，据说，当时船尾的火炮还身披着带有皇家徽章的华盖，象征着复辟的王权。到今天，这艘船还在阿姆斯特丹的皇家博物馆（Rijksmuseum）展出。佩皮斯于事发两个月后巡视此处：
我们乘坐驳船，于大雨倾盆中到达河链处。一路上，目之所及都是船体残骸，“皇家橡木”号（RoyalOake）、“詹姆斯”号（James）、“伦敦”号（London）依稀可辨；周边还有其他沉船，荷兰3艘战船由于未能及时逃脱，也被焚毁其中；岸边还有浮尸数具。而河链的一端尚紧系上游，其余部分已漂散于河面——究竟毁于何处，无人知晓。41
查塔姆码头的总督彼得·皮特（PeterPett）遭到责罚，理由是他没能及时将船移至上游，以免遭敌军袭击。在枢密院的审问中，佩皮斯应对轻佻，“穿着老旧，举止可笑”。对于人们举报他曾擅用码头船只去保护自己的私人财产一说，佩皮斯称之为“无稽”，那些“私人财产”都是他的船模，事关设计机密——“而他真的觉得荷兰人会为了他的船模更费周章”——引得枢密大臣一阵耻笑。
诗人安德鲁·马维尔（AndrewMarvell）深感整件事疑云重重：
谁煽起战火？……谁纵虎归山？……谁养船于内？谁又空城无备？……到底是谁，让查塔姆的船只曝于敌下？42
马维尔每一问，答案似乎都昭昭然，直指皮特。但稍加推敲，便能理会马维尔的深意：一只羔羊替不了全部罪行，根源还在于不列颠的政治体制已病入膏肓。叛国者怕是国家栋梁。
1670年，查理秘密签下《多佛协定》（TreatyofDover），其中部分条款甚至欺瞒了他的亲信大臣。依据协定，他将得到路易十四的资助，条件是日后某时他要宣布皈依天主教——既然信仰一致，那路易自然有义务在英民反抗时协助镇压；查理也有责任帮助路易摧毁荷兰共和国。
1672年，英军先下黑手，掀起了第三次英荷战争的序幕：荷兰一舰队满载货物，从土耳其的士麦那（Smyrna）起航归国，途径英吉利海峡，遭到英军伏击。虽然荷兰在过去的几十年中几乎是英格兰的全民公敌，但自统一后不断扩张的法国，对英格兰来说才是更为可怕的威胁。
查理开战并没有取得民意的支持，所凭借的只是那个时代特有的自恃权威的狂妄。即便算上海军这一块，路易十四统治下的法兰西与英格兰也毫无共通之处。相较于伊丽莎白温和的新教主义，法国的天主教残暴固执。在伦敦等地的胡格诺难民紧密成团，时刻准备让英格兰人牢记一个世纪前的圣巴托洛缪大屠杀（MassacredelaSaintBarthélemy）。在这场人祸中，近3万新教徒不幸遇害，更多的人逃往了英格兰。法国的君权是绝对的，路易的政令不会受到议会的干预。在英格兰人看来，这就意味着法王可以任意征税。而英王若有意仿效，那定会重蹈40年前的覆辙，英格兰也将再次因为船费和其他税费深陷内战泥淖。即便在和平时代，路易的常备军规模也相当可观，但查理手下的常备军数量受限，只有禁卫军配备了数队人马。由于克伦威尔及其军中将领的统治施压，税收征集也无须议会同意。法国拥有高效的官僚机制，而英格兰还在仰赖佩皮斯等个人的聪明才智。路易竭尽所能地巩固其在法国的统治，律师、谱系学家、历史学家纷纷出动，否认、瓦解地方权贵和没落亲王的特权。而如今，法国更是着手军备，营建海军，但这也没能让英法两国有何相似之处。法国显然不需要海防来保家卫国，因为英格兰或是其他任何国家都不可能从海上入侵法兰西。法国海军的任务就在于耗损他国，以长法兰西帝国之威，控制欧洲，制衡英、荷。
查理寄希望于战场小胜来挽回颜面，却未能如愿。1672年5月，在萨福克（Suffolk）岸边的一场战斗中，佩皮斯的赞助人三明治伯爵（LordSandwich）遇害，法国允诺的支援又不知所踪。英荷在荷兰海岸边交战三回合，仍不见高低。荷兰自淹领土，以防法国由内陆偷袭。在《宣誓法案》（TestAct）颁布后，英格兰对天主教徒的禁令更为严苛，英格兰国内也不安稳。法案对天主教徒决绝以待，约克公爵被迫辞去海军元帅的职位。国王将海军大权握在自己手中，此中受益最大的是佩皮斯，他被升任海军部大臣，成为事实上的海军元帅。最终查理还是退出了战争，他的政权到此时已不堪一击。除却宗教问题，海军活动和财政资金，准确来说应是这两方面的运作不善，使得国王站在了议会和民意的对立面，矛盾也越来越深。英荷战争对英格兰海军的影响很复杂，虽然早先的胜利很快被政策上的失误所取代，但是相较于上一场海战中德雷克率领的半海盗式的武装组织来说，此时经历过战事洗礼的英格兰海军确实更为先进团结、守纪高效。