伊丽莎白女王于1603年去世，苏格兰的詹姆斯六世继承了英格兰的王位，成为詹姆斯一世。虽然苏格兰仍然是一个独立的国家，拥有自己的议会和海军，但是可以说它已与英格兰联合成一个岛上王国。在接下来的一个半世纪中，苏格兰频繁起义，却并不影响两个王国间越发紧密的联合，而这种联合也增加了英格兰海军作为主要防御手段的重要性。然而，新登基的国王却是个和平爱好者，很快便结束了与西班牙的战争。在詹姆斯一世在位期间，他小心翼翼地避开所有对外冲突，并任由海军在他在位的前15年间无人问津、逐渐衰落，尽管他于1610年间也建造了“皇家亲王”号（thePrinceRoyal），这艘当时最大的船只，甚至可能是最早的三层船。1618年，某委员会报道国家海军，“发现之前的23艘战船，两艘驳船均有多处缺陷，甚至朽烂”。报告建议修整一支由4艘包括“皇家亲王”号在内的“皇家战船”组成的战队，战队支柱是14艘大型船，6艘中型船，2艘小型船和4艘小艇。14这一计划在之后的几年中被逐渐完成。
虽然这段时间并不是海军的辉煌时期，但是17世纪确实见证了英格兰海外帝国的诞生。催生海外帝国的多是私人冒险家，而他们的动机又各有不同。东印度公司于1601年首航，主要目标是打破荷兰在印度尼西亚对香料贸易的垄断，而不是为了占领日后成为其根据地的次大陆。1607年，一小队冒险者在约翰·史密斯上校（JohnSmith）的带领下，在弗吉尼亚的詹姆斯敦建立了殖民地，他们几经交困后才迎来了昌盛繁荣。而远至美洲东海岸，有一支后来被称为“移民先父”的清教徒长期与宗教迫害做斗争，建立了新英格兰（NewEngland）殖民地。圣基茨（St.Kitts）是不列颠在西印度群岛上众多殖民地中的第一个，建于1624年，同年，英格兰人还占领了具有重要战略意义的巴巴多斯岛（Barbados）。自莎士比亚的《暴风雨》（TheTempest）在1610年首演后，人们开始正视这个不断成长的帝国。1616年，一位强大的原住民首领的女儿——宝嘉公主（PrincessPocahontas）——与其丈夫约翰·拉尔夫（JohnRalfe）一同来到伦敦，并觐见了国王，参加了众多聚会。她死于泰晤士河畔的格雷夫森德（Gravesend）。
詹姆斯国王本计划让其子查理与西班牙公主联姻，年轻的王子与詹姆斯的宠臣白金汉公爵（DukeofBuckingham）一同前往西班牙。当他们被羞辱性地拒绝后，两国间关系骤紧，国王也开始屈从民意，准备与西班牙开战。备战的准备工作一直持续到1625年3月詹姆斯去世、其子继位为查理一世之时。是年秋天，无视于季节的不适、财政的紧缺，一支英格兰远征队动身前往西班牙。
远征军的惨淡境况并非由敌军造成，而多半是被自己的疾病、无能和供应不足等问题拖累。军事决策的失误确实是一方面，而疾病却给好几艘船上的士兵几乎毁灭性的打击。仅“皇家安妮”号（RoyalAnne）一艘船上的800名士兵中，就有130人死于疾病，此外还有160人卧床不起。其中一名将领曾写道：“水手们非死即病，因而都没有足够的人来料理船务”，还说“可怕的疾病在人群中传播，一旦感染，命不久矣”15。军队归航后，爆发了一系列的叛乱事件。报道称：
水手在为攻打加的斯做准备，其他人留守在皇家战船上，由于从未获得饷银，他们多次上岸前往伦敦声讨、威胁白金汉公爵，甚至一度曾意欲卸下公爵宅门、硬闯宅院。最后，国王用自己的补助金清算了他们的薪水，骚动才得以平息，集结的士兵才散去。
这发生在1627年初，远征一年多以后。16政府的信用严重下降，而水手服役皇家的意愿也跌落谷底。
1627年英格兰又一次远征拉罗谢特（LaRochelle），旨在支持那里的新教徒反抗法国国王。军队来不及整装便动身出发，结果与之前一样凄惨。这次远征共召集3800名船员，其中多数死于战场。所有船员的薪饷不是拖欠就是未至，数百人忍饥挨饿。一位船长在远征归来后写道：“战士们境况凄惨，他们没有鞋袜，连遮身蔽体的破布也没有……船上染病者众多，再待上一个月的话，那幸存者之势单力薄都不足以让船靠岸停泊。”17
1628年，英格兰曾试图再次组织远征，据说“海军在普利茅斯几乎已经准备停当，但由于欠饷9个月之久，又亲眼看见自己最好的口粮被贱价出售，士兵哗然反抗。暴动中有3人丧生。骚乱过后，肇事者逃窜”18。远征军中的一名生还者由于不满，刺杀了白金汉公爵。公爵死后，激进的对外政策方得终结。
早在远征西班牙这一悲剧以前，海盗问题就已经让人焦头烂额。西班牙北部的比斯开湾人（Biscayers）和海峡对岸的敦刻尔克人（Dunkirkers）长期以海盗为生，但至少他们都是天主教徒，目的也只在于劫掠船只。更可怕的是来自北非港口塞拉（Salé）和阿尔及尔（Algier）的巴巴里（Barbary）海盗，他们在残害天主教徒一事上不受道德约束，他们的“高效”也让人恐慌。巴巴里人在自己的海域里劫掠船只、奴役船员已让人怨声载道，更糟糕的是他们开始出没于英格兰海岸——1625年，有30艘巴巴里船出现在圣艾夫斯（St.Ives），普利茅斯、普尔（Poole）以及其他很多港口的居民开始为自己的安危担忧。海军巡逻未见成效，雪上加霜的是赎救的程序又遭到破坏。原本教会负责募集赎金以解救人质，但这些赎金却上交至王室掌控的中央基金，用以解救宫廷红人。到1631年6月，事情变得更糟了，阿尔及尔的海盗洗劫了爱尔兰海岸巴尔的摩（Baltimore），带走了120名妇孺予以囚禁，可怕的虐囚传闻在坊间流传。1632年2月，国王收到“来自众多可怜女人的”请愿书，“哭诉她们的丈夫、孩子、朋友，总计500多人被阿尔及尔和突尼斯的摩尔人掠为苦役”19。
对政府指责最为激烈的当属约翰·艾略特爵士（JohnEliot）。艾略特是议会成员，德雷克老家德文郡的海军副将，远征加的斯的溃败和治理海盗的失当激怒了艾略特。由于本性保守，艾略特并未将矛头指向国王，而只是起草文书抨击相关大臣的玩忽职守。他同样利用拒付补助金的方式来逼迫国王妥协，以期调整行政模式。在1629年的议会上，艾略特的两名同僚押下议会发言人，让他得以宣读自己的讲稿，演讲中，他鼓动人民拒绝支付非法税费。
事后，国王查理一世决定解散议会，独自掌政。在缺乏议会补助金的情况下，查理决定重申他的封建特权，以此来招兵备战。1634年，他颁布“船令”（shipwrits），要求所有的大港口提供相应的船只并配齐船员。令状言明：伦敦要提供900吨位大船1艘，“配备至少350名船员，并提供专家和经验丰富的水手数名”；800吨位船1艘，船员260名；500吨位船4艘，船员各200人；300吨位船1艘，船员150名。20国王下达此令的权力似乎毋庸置疑，就在不久前的1591年，伊丽莎白女王也做了同样的事。人们虽有怨言，但海军仍计划在1636年配备完全，等待起航。
然而，这道命令的执行还是遇到不少困难的。士兵和商人之间的差距越来越大，查理一世已经建造了名为“海上霸主”号（SovereignoftheSeas）的大船，在船上安装火炮100座。战船的规模成长速度远远超过商船。因此，各大港口一时间很难找到合适的船只来应对国王的征召——到1635年，只有伦敦一处确实交付了所要求的船只和船员，其他城市都同意付钱了事。
1636年，查理将“船令”的政策推广至内陆城镇。考虑到很多乡镇的规模过小，不足以独自承担提供船只的任务，而内陆又确实没有船只资源，查理同意各地以钱代船。例如在白金汉郡，本应提供450吨位船一艘，船员180名，或者缴纳4500英镑以代替之。更小的乡镇无须提供船只，只需缴纳船费：德比（Derby）175英镑，赫里福德（Hereford）220英镑，切斯特菲尔德（Chesterfield）50英镑，亨廷顿（Huntingdon）40英镑。21与船税不同，这一以钱代船的政策就没有宪政先例支撑了。白金汉郡的一位绅士约翰·汉普顿（JohnHampden）拒缴船费，将官司诉诸法庭。最终，他以极微弱的劣势败诉，却一举成名，并引起了数世纪来未曾见闻的反抗国王的浪潮。
1627年在雷岛（IledeRhé）的英国舰队，图中清楚地描绘了那个时代船只特有的高耸、狭窄的船尾，船尾还拖有长船。
16世纪晚期的大炮装弹上膛很慢。通常情况下，船员会一次性将炮弹打光，然后掉转船身重新上弹。约翰·史密斯船长（JohnSmith）曾如此描述一次攻击：
再次与敌舷切相对，船头处的火炮首先开火，侧舷处紧跟其后，火弹随风炸开，弹片散落，舷炮迎风齐发，掉转船头，让船尾继续开炮，大帆的角索再次靠近对方船只。22
之后，船会回撤，重新上弹后再继续攻击，直到埋葬敌军或火药用尽。
到17世纪早期，负责火炮的人员有所增加，这就加速了装弹的速度。一小截麻绳，一组固定器就能固定住火炮，以防装弹时火炮打滑。不断增大的船体使得掉转船身成为一件难事，所以他们不得不在船舷处全面开火。
那个年代的所有欧洲王权都岌岌可危，查理一世和其他国王一样，妄图靠建造雄伟战舰来彰显权威。1634年，他参观了位于伍利奇（Woolwich）的造船厂，在这儿，国王最青睐的船匠菲尼亚斯·佩特（PhineasPett）正在建造一艘名为“美洲豹”号（Leopard）的巨轮，“在船内，尊敬的国王陛下将我传唤至身侧，带着他高贵的决心，亲自询问我再建一艘新巨轮的事宜”23。这艘巨轮将比其他任何船只来得更为雄伟，“海上霸主”号成为了史上第一艘装载火炮超过百尊的战舰。它的设计在很多方面都显示出超越时人的领先意识。要装载如此之多的火炮，就必须充分利用船侧位置，因此不得不摒弃过去船头和船尾开火的模式。这就增加了船舷两侧的活动，从而取代了老式的转身上膛模式。但是最打动民心的还是船只本身精致的装饰。
小凡·德·威尔德（VandeVeldetheYounger）的一幅画作，描绘了水手跨坐在火炮上清理或装填弹药。很明显，这幅画作是在港口绘制而成。可能在17世纪早期的海战中，火炮是从舷外装填火药的。（国家海事博物馆，PW6464）
并不是所有英格兰臣民都能有幸一睹巨轮雄姿，所幸托马斯·莱利（ThomasLely）为其建造者绘制了一幅图像，图中菲尼亚斯·佩特与其子一起站在船尾。更直观的作品来自约翰·佩恩（JohnPayne），他就住在靠近塔丘（TowerHill）的边门处，在佩特的帮助下，他雕刻出了细节逼真的船体。托马斯·海伍德（ThomasHeywood）也出版了《圣上的皇家战舰实况》（TrueDescriptionofHisMajesty’sRoyallShip），书中为整艘船的精美装饰洋洒千言。“船首之上，国王埃德加于马背之上践踏七王……我烦请你留意船尾顶端上的丘比特，或是神似丘比特的孩子，他跨坐并驾驭雄狮，意为宽容约束无礼，无邪限制暴力；这正是国王的大爱啊。”船尾处是胜利女神的雕像，“她一手拿着皇冠，另一手捧着桂冠，分别象征财富和荣耀”24。
炮术（1620~1850）
火炮不过是一头封闭的管子而已。若炮管内出现爆炸，力量会从一个方向涌出，就能将炮弹推出炮口。炮弹既可以从炮口填装，也可以从后膛装填。如果从炮口装填，火药和炮弹将会从敞开的一端塞进去。从后膛上药的火炮需要通过某种方式打开封闭的一端。在都铎王朝时期，这一过程是由可拆卸的隔离箱完成的，人们打开隔离箱后用火药填满弹仓，再将隔离箱装回炮身。这样的火炮体形要小，对敌时能适用于对人的瞄准和射击。由于机械精密水平不高，后膛装弹对开炮者也会造成生命威胁。由于火药技术的进步，后膛上弹的火炮逐渐被淘汰。
火药由硝石、硫黄和木炭混合制成。早期的蛇纹石粉是一种简单混合物，其成分会在震动中相互分离，吸收潮气，内部的空气无法自由循环。17世纪早期，粒状火药粉很常见，它由大小适中的颗粒制成，但是火炮必须做得很结实才可以容纳这样的火药粉。到19世纪，在圆筒或烤箱里制火药成为常事，这样可以让火药烧得更为均匀，同时也可以提高火药效能。
早期的火炮，特别是那种后膛装填的火炮，都是分块组建，然后用铁环将这些部件绑在一起的，因此“炮筒”（barrel）这个词到现在都还在用。体积稍大的火炮，用模具制造产量更高，火炮制造最初用黄铜（事实上是一种更像青铜的合金），后来用价格低廉很多的铁。铸炮仍然保留着古代火炮的特点，包括加固的环状物和双弯曲线，从这些可以想到炮筒构造。每一座火炮后膛那头都有一个球或尾钮，可以更好地固定系留索。17世纪之后，英格兰舰队使用的大多是铁质炮，青铜用来建造战舰。在接下来几十年中，炮兵委员会的炮队巡视员托马斯·布罗姆菲尔德（ThomasBlomefield）使用扩展钢铁工厂的新技术来提高铸炮技术。布罗姆菲尔德通过在尾钮上面增加了一个环帮助固定后膛绳索，简化了火炮的设计，提高了效能。正是这种火炮，帮助纳尔逊上将在拿破仑战争中赢得了胜利。
大约1800年，炮手发动暴乱。此事刚好发生在船舰的后甲板上，有一个人已经倒下了，另外一个人受伤了。（国家海事博物馆，PU8487）
炮架的设计对英军战胜西班牙无敌舰队至关重要，因为西班牙人使用的炮架更适用于陆地，却并不适用于海战。
英格兰人采用的是可运输（以其小木轮命名）炮架，在船上只占很小空间。大约在1620年往后，火炮可以由后膛绳索控制，移位到可以重新上膛的位置。一卷旧绳捆住火药和炮弹塞入炮筒后，炮尾的绳索控制它们无法发射出来。当准备就绪时，需要炮架两边拖动滑轮的士兵负责把炮弹从炮口发射出去。直到大约1780年时，引爆火炮还需要将点燃的火柴扔进点火孔。大约1780年之后，用于步枪的燧发装置开始应用在火炮上，让火炮得以同时开火，这让英军在瞄准目标方面享有战略优势。
国王建造巨型战舰的政治意图显然被民众忽视了，民众的躁动开始呈现出起义的态势。查理对苏格兰的长老会主教征税却遭到反抗。为平息叛乱，查理从东海岸起航向福斯湾（FirthofForth）发动进攻，国王握有天时，却不具地利、人和。相较于查理军中练得半吊子的强征军，苏格兰训练有素的职业军在质量上要优越得多，且在人数上也远超查理军。与此同时，荷兰和西班牙相继进犯海域，在肯特岸边的唐斯（Downs）与英军纠缠。被迫无奈下，国王只能于1640年再次召开议会，筹集再次征战苏格兰的军费。末了，征战仍以失败告终。
直至1641年春，议会都是这个国度内颇具效率的机构。它意图将国王特权限定在一定范围之内。议会取消了许多陈旧的封建特权，这么做部分出于捍卫公民自由，更多的是为了凸显议会自身的重要性。船费被判为非法，所有以船费为财源的基金都被勒令归还。毋庸置疑，1642年内战将至时，皇家海军的海员们肯定是支持议会的。一月，来自查塔姆的2000名士兵进入伦敦，相信“伟大的舰船之母——议会，其完美之可贵可匹敌整个王国，而此时却摇摇欲坠、岌岌可危。”25随后，议会任命沃里克（Warwick）伯爵执掌军队。当他到达查塔姆的时候，除了5艘战船拒绝听命于他，其他舰船均表示归顺。据一位保王派领袖说：“船员对国王的忠诚被严重扭曲，他们非但没有掉转船头远离是非，反而将他们的船长逮捕，移交给伯爵；伯爵命船员拘捕船长，船长们被当作罪犯一样被遣送至议会。”这位保王派还说，这使得国王“在所辖三国之内，无船可用”，这“对于国王来说，后果不堪设想，致使他的同盟军和大陆领国的君主们选择袖手旁观，因为在他们看来，这个国家的统治权已经旁落别家了”26。
之后的内战主要在陆地之上进行，但议会仍需要海军。一来防范外国干涉；二来阻止保王党人私运军火，用以围攻诸如莱姆（Lyme）和普利茅斯这样的港口城镇；三来保卫他们的贸易和供给，以防备私掠船和海盗的袭击。议会软硬兼施，招募了新的海军。到1643年初，海军的月薪从原来的15先令上涨至19先令。与此同时，1642年一道法令将强征兵役的政策延续了一年，而之后又数度顺延，直至1660年。在1643年4月的一纸令状中，酒馆和旅店被迫“接纳并招待所有被强征入伍的海军、水手、船员，无论他们是服役于议会军船还是充作战船的商船。军鼓擂击、令状宣读之后，号令即时生效，船员就应登船备航”27。即便我们假设船员强制服役的薪饷早已付清，那在鼓鸣令宣后就要入伍，这仍然昭示了强征之野蛮，难免让人忆及亨利八世的时代。
在内战期间，海军在夏季约有6000名士兵，冬季则维持在2000名左右。虽也有新造船只入列，但多是小型快速的护航艇。因此，海军所需的海员数量与征收船费时期相差无几。议会的组织更有效率，财源较国王来说也更为宽广，因此能够给海军士兵们高薪良饷。第一次内战于1646年告一段落，国王查理对苏格兰投降，被移交给议会，惨遭囚禁。直到此时，议会仍坚信其初衷是从佞臣手中拯救国王。但是由于革命派内部就如何处置国王一事争执不下，而对胜利之后的革命深度和广度也意见不一，这一初衷越发难以维系。内部的分化给了王党可乘之机，1648年，他们再次举旗反击。这一次，相当一部分海军投向保王党，其原因并不在于他们如1642时那般缺衣少食，而只是对议会妄图撇国王而专统的行径感到不齿。虽然也有船员的支持，但是叛投保王党的带头人主要还是军官。国王年轻而勇猛的侄子鲁伯特亲王（PrinceRupert）发号施令，带领着他的部下前往荷兰。此时的议会军满是政官将帅之才，轻易俘获大部分叛军。当败势昭然时，绝大多数船员与其叛船一道重归议会军营。来年年初，查理一世被处以极刑。
虽然获得了内战的胜利，但议会远未能安歇。苏格兰议会仍怀有二心，而保王派也大量零散在边区村落，诸如锡利群岛（ScillyIsles）等地；爱尔兰的反英起义还未平息，国际的舆论却因诛君一事甚嚣尘上。可以说，这一新政权在其有生之年从未得片刻安宁。海军比陆军更为必需，毕竟最危险的敌人都在海峡彼岸。在处决国王后不久，议会就着手于建造新的战舰，而这一安排影响深远。
“坚决革新”号（ConstantReformation），詹姆斯一世时期的巨轮，后来被加建了两层，又装载了更多的火炮。此图由老凡·德·威尔德所绘。这艘船在1648年保王派的起义后被带到了尼德兰。（国家海事博物馆，PZ7253）
从某种意义上说，这才是英格兰海军腾飞的起点。在过去的两个半世纪中，英格兰海军的发展起落不定。它曾在亨利五世、亨利八世、伊丽莎白和查理一世时期暂获辉煌，也自从亨利七世起便维持着相当规模，但它从不曾有时机获得实质性的成长。查理一世的舰队并不比亨利八世来得可观，甚至相较于亨利五世，都难称壮大。
但这一切在17世纪中叶都将彻底改变。1642年，议会接管了35艘状况尚佳的战船。这些战船若在满载状态，船员数将达到7300人。到1652年，这一数据翻了一番，达到102艘战船，12500名船员之多。而到1660年查理二世复辟之时，海军已拥有战船157艘、士兵21900人。在短短的18年间，海军规模几乎扩大了2倍。而在此后的两个世纪中，虽然每一次战斗都为海军提供了成长的契机，但短期内如此快速的扩张却再未得见。其实，只要财政状况良好、政府得民心、战争不旷日持久，那对于英格兰来说要维持一支6000名士兵左右的军队并非难事。但是自1649年以降，上述条件往往难以全部满足，而军队所需的人数也远远不止6000。
在1649至1660年间，共和军需要与外逃的保王党作战，需要降伏苏格兰、爱尔兰的反抗，还要应对法国、荷兰和西班牙名目繁多的滋扰。战场上的不断胜利为不列颠增加了海外领地，扩展了帝国的疆域。战争的技艺也得到了彻底革新，因为在1653年，海军首次使用一字排开的阵形。自此往后，战船和商船的区别越发显著，因为只有专门设计的战船才能在对敌时以相近马力一字排开。也正是从此时起，国家的海军实力开始完全仰仗于专门设计的战船。人们再难看到改宗换信的商人凭一己之力抵挡海军主力舰队的场景。由于海军分队被派往地中海和西印度群岛（虽然主力仍留在祖国周边海域），战争的规模也因此扩大了。英格兰在此之前就已经占领了巴巴多斯岛、弗吉尼亚、新英格兰等殖民地，但这些都是私人探险的产物。1656年，英格兰海军、陆军联手，占领了牙买加，这是英格兰第一次以国家的名义开始在欧洲之外争夺殖民地。从此，海上帝国对于海外资源的掠夺竞争更趋白热化。