一
1948年9月，“国立中央研究院”（以下简称“中研院”）代院长朱家骅邀请新当选的首届院士到南京参加第一次院士会议。此时，辽沈战役已经打响，有的当选院士是在炮火纷飞中从东北、华北坐船到的南京。尽管一路上担惊受怕，但多数人的情绪未受大挫。
中研院是民国“最高学术研究机关”，1928年6月9日在上海成立，隶属国民政府，首任院长蔡元培。总办事处在南京；设在南京的还有天文研究所、气象研究所、 自然历史博物馆、社会科学研究所（以下简称“社会所”）、历史语言研究所（以下简称“史语所”）；设在上海的有物理研究所、化学研究所、工程研究所、地质研究所；设在北平的有心理研究所。
1930年7月1日，中研院首届院务年会。
截至1948年9月，中研院共召开了三届评议会，遴选了第二任院长人选，设立了自然科学与社会科学奖。1948年春，本着公平、公开的原则，经过评议员几轮投票，选出了中研院首届院士，完成了以院士为主体的国家科学院体制建设。4月1日，中研院正式公布首届八十一位院士名单，皆为国中望重之士。数理学组有微分几何的开拓者苏步青，微分几何的奠基人陈省身，国际公认的数论权威华罗庚，在临床生化、免疫化学、营养学以及氨基酸等方面有重要贡献的吴宪，有机化学的微分析奠基人庄长恭，对于地质学和古生物学贡献卓越的李四光、翁文灏、杨钟健、章鸿钊等，中国气象学与气候学的创始人竺可桢，中国最有名的桥梁专家茅以升，研究制碱堪称世界一流的化学工程师侯德榜等；生物学组有我国药理学研究的创始人、以研究麻黄素闻名的陈克恢、体质人类学家吴定良、生物学家童第周等；人文组有胡适、陈垣、冯友兰、金岳霖、汤用彤、郭沫若、萧公权、钱端生等，其中史语所入选的有史学家陈寅恪、傅斯年，语言学家李方桂、赵元任，考古学家李济、董作宾、梁思永等。梁思永的二哥、建筑学家梁思成亦同时入选。有人这样评价当时的中研院：“生物组接近世界最高水平，数理组与世界顶尖水平不相上下，人文组几乎达到世界一流水平。”
1948年9月23日上午10时，“国立中央研究院成立二十周年纪念会暨第一次院士会议”在南京鸡鸣寺中研院礼堂举行。八十一位院士有五十一位出席。身披黑色大氅的蒋介石在阴雨蒙蒙中赶来主持典礼，政府要员何应钦，应邀嘉宾南开校长张伯苓、金陵女大校长吴贻芳等相继莅临。会场布置简朴，未摆设鲜花，天气阴沉，亦未开灯。此次民国史上最重要的科学盛会，颇有些“美人迟暮”的况味。
朱家骅宣布开幕，“蒋总统”训词后即退席。朱家骅致开幕词。院士代表翁文灏、张元济和胡适相继发言。八十三岁的张元济为实现教育救国的梦想，大半生主持商务印书馆，被誉为清末民初“中国出版第一人”。他对硝烟弥漫的国共内战忧心忡忡，认为阻碍了建设与学术之发展。他说：“倘若再打下去，别的不用说，我恐怕这个中央研究院，免不了要关门。”这番话使在场者相顾失色。胡适温和的发言有调节气氛的作用，他说：“不是我们挂方牌子作院士，只坐享其成；或者下半世纪也靠自己成绩吃饭，而不继续工作。中央研究院不是学术界的养老院，所以一方面要鼓励后一辈。我们可以够得上作模范，继续工作，才不致使院士制度失败。第二，多收徒弟。今天我们院士中，年纪最轻的有两位算学家，也是四十岁的人了。我想我们这一点经验方法已经成熟，可以鼓励后一代。再即希望以后二十年，二百年，本院这种精神发扬光大起来。愿互相勉励。”胡适所说的年轻算学家一位是三十七岁的陈省身，一位是三十九岁的华罗庚。
当晚，举行盛大宴会。据史语所考古组石璋如回忆：
从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃，喝酒都可以，可是天候不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的讲演大厅去……1
那道惊雷仿佛是不祥的预兆，形势很快急转直下。
首届院士会议闭幕前，国民党军队在山东济南的防守战中溃败，防线退到淮海地区。朱家骅预感到下一步的战局将持续恶化，长江天堑难恃，宁、沪抑或不保，于是考虑再度将中研院搬迁到安全地区，初定的目标有广州、桂林、重庆和台北四地。他曾以中研院代院长兼教育部长的身份“视察台湾教育”，确定应变策略：以台湾大学为基地，安排由内地迁台的研究院所和专家教授等。
1948年11月，淮海战役胜败已判，南京岌岌可危。朱家骅出面，在南京鸡鸣寺一号中研院总办事处连续召开“在京人员谈话会”。中研院总干事兼物理所所长萨本栋主持会议，在南京的七个研究所的负责人姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章、陶孟和、傅斯年等与会。最后商定了以下几项紧急措施：
一是立即停止南京九华山中研院的数学、化学和物理三个研究所的基建工程，将装修房屋的木料改钉木箱以备搬迁之需；二是各所尽快征询同人意见，眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量襄助其成；三是南京地区文物、图书、仪器、文卷先集中上海，由安全小组封存，再伺机南运；四是搬迁经费，一个月前国民政府实行金圆券改革，提拨了四百万圆供中研院使用，决定用这笔钱作搬迁经费。随即，朱家骅以教育部部长之名义，任命史语所所长傅斯年兼任台湾大学校长。
1948年，中央研究院部分首届院士合影。
九华山物理所工地，寄托着国民政府建立核科学的梦想。1946年年初，美国宣布将在太平洋比基尼岛试爆原子弹，朱家骅派中央大学物理系教授赵忠尧前往参观。参观后转往美国本土，设法购买近代物理研究所需的图书、仪器和设备。赵忠尧曾是清华大学物理系主任叶企孙的助手，后在美国加州理工学院获得博士学位，抗战中回国，任中央大学物理系主任。赵忠尧作为观察员在比基尼群岛观摩了美国在太平洋上进行的原子弹试验后，又到美国的一些核物理实验室访问，了解核物理实验的新进展，并做一些研究工作。1948年院士选举告一段落后，总干事兼物理所所长萨本栋急于赴美考察原子能，寻求技术奥援。但不久国民政府江河日下，萨本栋也在1949年1月31日以胃癌撒手人寰。留在美国的赵忠尧决定不去台湾。其间，台湾大学校长傅斯年曾发来急电：“望兄来台共事，以防不测。”赵忠尧却回电说：“我回大陆之意已决！”后来他返回中国大陆，成了中共核弹研究的领军人物。这是国民党政权送给新政权的一份厚礼。
1948年秋冬之交，国内战争的焦点逼近长江，国民政府机关单位纷纷南迁。中研院植物研究所李先闻院士率家人先行离去。行前，他告别同人时，几乎所有的人都劝他不要走，认为国民党失去政权只是改朝换代，共产党来了也同样要从事科学研究，没有必要千辛万苦地离开。其实，他的走是为了去台湾研究热带植物，他在台试验推广甘蔗的新品种已有数年，被台湾人誉为“甘蔗之神”。
11月，故宫博物院理事会理事长翁文灏在南京的私宅召开谈话会，研究文物去向。与会者有故宫博物院和中博院的理事朱家骅、傅斯年、李济、徐森玉、杭立武等人，会议作出了选择精品文物运台的决议。初定精挑文物600箱，后扩大挑选范围，选出文物3824箱，其中北平故宫博物院2972箱，中博院852箱，还有中央图书馆及北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等。与会者还提出利用此便，将史语所和数学所的图书、文物和仪器一并迁移到台湾，包括殷墟出土的甲骨文和铜器、居延汉简、宋代以来的善本书、明清内阁大库档案、拓片七万纸、民间文学逾万册和中西文图书约十五万册，装了两千多箱。所有物资，分三批陆续运往台湾。12月22日，国民党海军首次派出中鼎轮装载文物起航， 由李济督运开往台湾，于28日抵基隆港。1949年1月6日，运载文物图书资料的海沪轮起航，9日驶抵基隆港。
核物理学家赵忠尧院士。
中研院社会所所长陶孟和得知文物图书运台的消息后，在1949年3月6日的《大公报》上发表署名文章《搬回古物图书》。他说，对于这种搬迁，“我们积极地反对，我们严厉地予以斥责。我们主张应该由政府尽速将它运回”，“这些古物与图书决不是属于任何个人，任何党派”，“它们是属于国家的，属于整个民族的，属于一切人民的”。选择弃暗投明的郭宝钧，也坚决反对文物运台，他后来在正式出版的考古报告这样写道：“……反动派已密谋逃窜，将古物、记录、正稿、图版等，皆劫运往台湾……我相信在不远时期，定能将这批宝贵遗物，重运归来。”2
在这转轨易辙之际，史语所人心惶惶。1948年11月15日下午，傅斯年主持召开了所务会，夏鼐在日记中写道：“谓院方态度，不阻止也不鼓励同人及眷属避难离京。至于迁都问题，须由最高当局决定。又谓万一南京陷落，中研院中人为共党所欲得而甘心者，仅有两个半，即朱院长、傅本人，至于萨总干事仅能算半个。故傅云不能留在南京，以免落入共党之手。中研院即在共党之中亦必存在。惟史语所与社会所必须改组，语言及考古尚可仍旧，历史组必另派一唯物史观者来主持工作云云。”3对于自己苦心经营二十年的史语所，傅斯年也曾一度灰心。陈槃回忆：
自三十七年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣。余之精力遂消亡，且宿疾未愈， 虽欲再将研究所迁至适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽其最大努力，妥为介绍安置。”
同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪为之盈眶者。
位于南京鸡鸣寺的中央研究院总办事处。
师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”
本所迁移之议，于是遂决。4
历史组青年学者王叔岷在渡海前夕写下自己的感受：
史语所连同故宫博物院、南京博物院、中央图书馆珍贵文物搬运上船，由下关出发，驶往台湾，茫茫沧海，碧鸥绕樯翔舞，久久不去。去乡之情，情何以堪！因思孔子乘桴浮于海事，占此绝句：
急遽传桴满载行，千年文物系儒生。
碧鸥何事随樯舞，沧沧茫茫去乡情！5
史语所大部分人已迁台，傅斯年又临危受命，负责抢运平津地区的一批学人。当时运输工具十分紧张。1948年11月10日，傅斯年直接面陈蒋介石。蒋指定此事由傅斯年、陈雪屏、蒋经国三人共同负责。当时他们商定，要接的学者分四类：各院校馆所的行政负责人、因政治关系必须离开者、中研院院士、在学术上有贡献者。史语所秘书那廉君见证此事：
1948年末，北平局势紧张，孟真（傅斯年）先生那时在南京，千方百计联络接出尚在北平的一些学人。他努力的对象包括当时的交通部长俞大维先生，青年部长陈雪屏先生以及其它有关单位和个人。而替他办事的，却只有我一个人，因为那时候史语所同仁早已到了台湾……
我跟孟真先生东奔西跑。他整天地跑教育部、国防部、交通部、青年部，其辛劳情形除非实际参与其事者，无法加以想象。有时候跑到中午，赶不及回去吃饭，照例的是在新街口“三六九”各吃一笼包子，孟真先生心事重重，彼此对坐闷吃，默默无语。一直到最后一批飞机从北平飞到了南京，我们招待这些学人住在史语所的大楼里面，这才松了一口气。被接出北平城的有钱思亮、陈寅恪、毛子水、英千里等人，多数是知名学者。6
胡适是蒋介石拟定的抢救名单的第一人，1948年年初，蒋介石专门派大员飞抵北平劝其南下。但胡适以忙着筹备北大五十周年校庆为由，迟迟不肯动身。此后，蒋介石多次亲自打电报催促，最后关头，胡适才逃出北平。12月17日，在南京的中研院礼堂，胡适出席了北大同学会五十周年校庆大会，会上，胡适失声痛哭，自责不已。次日的《申报》报道：“胡氏之报告，一再说明渠如一逃兵，不能与多灾多难之学校同度艰难。……且称‘乃一不名誉之逃兵’。声泪俱下，与会者几同声一哭。……旋复由朱家骅、狄膺致词后，即至隔室痛饮佳酿，据校友会报告。所储佳酿共计百斤，但愿狂饮，不欲剩余……”7
1949年元旦之夜，南京城一派死寂。胡适与傅斯年相守度岁，置酒对饮，瞻念前途，潸然垂泪。1月5日，陈诚就任台湾省主席，即致电傅斯年，要他迅速赴任，接手台大，“共负钜艰”。离开南京的那个寒夜，胡适、傅斯年夫妇在前，那廉君随后，相继走出史语所的红门。众人心事重重默然无语，工友老裴红着眼圈，对他们说：“等着你们快些回来！”
被列为学人抢救重要人物的史学大家陈寅恪，离开北平后先到上海，后留在广州，再没有继续南下。
“弃暗投明”，是中研院社会所所长陶孟和的公开宣称。他反对迁台，主张留守南京。1948年11月30日，他参加在京人员谈话会时就提出，“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归”。12月9日，朱家骅主持临时院务会议时，陶孟和汇报说，社会所以“全所人员多一票”的结果决定不迁。朱家骅以“出席人员中包括助理研究员不符合规定”为借口，否定陶的意见。陶孟和针锋相对，批评朱家骅推翻社会所多数人不同意搬迁的决定，是置多数人的意志和权利于不顾。朱家骅下令陶孟和率社会所迁桂林。陶孟和置之不理，既不组织迁桂林，也不作迁上海的准备。陶孟和患有心脏病，单身住在研究所办公室主持所务，他给所里工作人员打气，对大家说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”
1946年，胡适及儿子祖望（右一）与傅斯年（左一）。
1949年1月，上海祁齐路的在君馆，中研院将南京和上海各研究所的人员、仪器、图书等集中起来准备搬迁。此时，蒋介石下野，由李宗仁代总统，国共又重启“和谈”，不少人抱有“划江而治”的幻想。朱家骅商请其他各所搬迁。当时除社会所明确反对以外，其他各所的领导层都同意搬迁。不过，他们选择搬迁的地点不是台湾，有的决定迁移重庆，有的准备迁移桂林，还有十分之一不到的研究员、行管员及其家人，共四十余户，集中在上海，观望时局。
4月20日，“国共和谈”破裂，据次日的《申报》报道，政府职员凡是不愿南迁广州而留在南京的，每人发疏散费金圆券五百万元；自动向指定地点疏散，交通工具自找的，发疏散费三百万元；愿意随政府南迁的，交通工具统筹办理，发给疏散费三十万元。4月24日，代院长朱家骅召集院务会议，会上，中研院的成员同意了迁台的决议。但情况很快生变。就在朱家骅南下广州期间，原来愿意撤退迁台而集中在上海的中研院人员有四十余户改变了主意，决定留在大陆。除了史语所和数学所外，所有的研究所都拒绝迁台。
地质所所长李四光与朱家骅的关系融洽，同是地质所创办人。1948年2月，李四光出席在伦敦召开的第十八届国际地质学会，偕夫人许淑彬赴英，并经挪威接受奥斯陆大学授予的哲学博士学位。朱家骅要求地质所南迁广州，地质所代所长俞建章以国民党部区部书记之身，服从了这一决定。但研究员许杰、赵金科等密拟了《反对搬迁誓约》，签字者达十一人，并密告在英国的李四光所长。1949年1月末，李四光给俞建章发来专电，他认为搬迁“只好任有志者前往；若为地质所同人避乱似无多大意义，我个人绝不赞成”。4月初，李四光收到周恩来委托出席布拉格“维护世界和平大会”的郭沫若签署请他“早日归国”的邀请信。他遂下定了决心。
气象研究所所长竺可桢曾亲自在南京北极阁主持营建气象学研究基地，培养了一支精干的研究队伍，积极参与国际学术交流，着力推进国家气象事业建设。继地质学和生物学之后，气象学成为迅速实现本土化和体制化的代表性学科。竺可桢自1935年起担任中研院评议会的评议员，1948年当选院士。除了任职中研院，还兼任浙江大学校长。去留之间，他的选择当然与学校和志业连在一起。1949年1月8日的《申报》曾报道过一篇记者对他的访谈：
我于是动问他对于万一应变的方案，他说：“我们没有因着时局紧张停过课。我们定一月中旬起大考，考后放寒假三星期，功课不及格的须补考，大概要两星期。则优良学生可获三星期的休息，功课不及格的学生仅有一星期的休息，学校根本不打算搬，教育部没有指示，搬学校不是件易事。”8
史语所整体迁台，也有一批人选择留下，其中不乏傅斯年的亲朋故旧。
傅乐焕是傅斯年一手栽培的侄子。自1932年考进北大就常随侍伯父左右。北大期间，他写出《宋辽交聘史研究》《论今存宋人使辽的几种记载》《宋辽高粱河战争记疑》《宋朝对外失败的原因》等论文。内举不避亲，1936年傅乐焕考进史语所，从1939年的助理员到1943年升为副研究员，也为伯父争足了面子。1942年以前，傅乐焕的主要精力在修订大学撰写的长达十万余字的论文而成《宋辽聘使表稿》，纠正了前贤及日本学者许多错误，“对了解辽的疆域和地理极有参考价值”。傅乐焕学术眼光开阔，文章论证细密，是史语所标榜新史料、新学术的范例，荣获了中研院“杨铨学术奖”。1947年，在伯父的资助下，他赴英国伦敦大学亚非学院进修。以往给伯父的信，他只谈学问、家事和所务，从不涉及政治。1948年4月3日他在给傅斯年的信中说：“昨间接闻人言，我叔近在美常作演讲，协助政府。在美部分左倾学生，颇为失望。今日政府之颓局，全他们自己造成，不值得为之过分分神也。”91949年10月28日，傅乐焕给已去台的妹妹傅乐涓写信：“……如能找到事先做着，如有宿舍，应即迁往，不应再多累大叔。”10从信上看，他已下了中断与伯父思想情感上联系的决心。
弟子邓广铭回忆：
傅斯年的侄子傅乐焕。
他（傅斯年）1949年初去台湾，做了台湾大学校长。此后便经常以朱家骅的名义给北大郑天挺先生打电报，号召北大教授到台湾大学去任教，有时也指名道姓，说要某某人去。记得点过张政烺先生的名，也点过我的名。当时郑先生问我去不去，我说：“要论和傅先生的师生关系，我应该响应他的号召，到台湾去。不过，傅先生与蒋介石关系密切，所以跟他去，我与蒋介石没有什么关系，不愿跟他到那孤岛上去。”11
考古学者夏鼐是傅斯年最倚重的人，自1947年即代理史语所所务。1948年3月21日，他在致傅斯年的信中称：“现下不比李庄，在李庄生活虽苦，尚无刺激，在首都则一切政治黑暗，皆映入目中，亦使人生反感也。”12大陆易帜前夕，夏鼐屡屡得到赴台的函电，他的抉择是：“时局已如此，谁还走死路。”13
语言学者丁声树的书箱已先运到台湾，但因夫人反对，也就没有渡海。14
1949年12月18日，共军的炮火已威胁到成都机场，蒋介石不得不在匆遽之中搭乘专机离开。同天稍早，朱家骅率国府行政院官员飞离成都抵达台湾，继续以行政院副院长身份代理中研院院长。
随“国府”到台的院士只有九位：凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖、朱家骅、李先闻，另外去了美国的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等十二人，其余五十多位院士留在大陆。中研院共有五百多人，除了总办事处、史语所和数学所三个单位共五十余人以外，其余各所全都留在大陆。史语所原有四十一位研究人员，也仅二十位去台（另有两位赴美）。数学所原有研究和行政人员十八位，去台的也仅四位研究人员和一位行政人员，所长姜立夫完成播迁任务后，坚辞所长之职，返回广州任教职。
二
1949年2月南京，国民党军准备乘船南撤。
1949年6月9日，是中央研究院成立二十一周年，留下来迎接新生的一批研究人员在上海筹办了最后一次纪念会。此时的中研院暂时处于管理的真空状态。会议因等候军管会贵宾光临，推迟至九点以后开始。走进会场的是一身戎装的中国人民解放军华东军区司令员陈毅及其随从。
会议正式开始，先是竺可桢发言，报告中研院的历史，述及蔡元培、丁文江，尤其是杨杏佛的筚路蓝缕之功。讲了大约半个小时，颇有些山高水远的意味。余下时间，是陈毅将军作报告。一个小时后，宣传部冯定讲了贯彻陈毅报告的意见。这些内容，浓缩在竺可桢当天的日记中：“述理论对于革命之重要。谓共产党之成功，由于知识高于国民党。述共产党之虚心采纳，谓批评不妨严，而希望不能过大。谓民主之要义在于少数服从多数，而多数要尊重少数之意见。其言极为合理。”冯定讲，“马列主义为世界理论最高原则。谓无产阶级主观的意见比资产阶级客观的意见更为客观，言颇费解”。15
6月17日，中研院被军管会接收。18日中研院联谊会请民主人士施复亮来讲演知识分子的改造。9月16日，气象学家竺可桢、社会学家陶孟和、物理学家吴有训等联名写信给旅居海外的学者赵元任等，告诉他们上海解放四个月来，“于人民政府领导下，各方面奋力建设均获相当进展”。动员他们回国参加“新中国建设”。16
9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》，规定在政务院之下设“科学院”，为负责组织全国科学工作的行政部门。11月1日，中国科学院（以下简称“中科院”）在北京成立。首任院长郭沫若，副院长陈伯达，另外三位副院长分别是原中研院地质所所长李四光、社会所所长陶孟和、气象所所长竺可桢。中研院各研究所与北平研究院各研究所以及中国地理研究所等单位，被整合到新成立的中科院下设的地理学、物理学、化学、生物学、哲学、社会学等方面的十五个研究单位。原中研院的所长分别就任中科院部分研究所的所长，赵九章为地球物理所所长，吴学周任物理化学所所长，周仁任冶金陶瓷所所长，罗宗洛任植物生理所所长，王家楫任水生生物所所长，冯德培任生理生化所所长……
李四光还在英国。1949年12月，一位朋友打电话告诉他，国民党政府驻英大使已接到密令，要他公开发表声明拒绝接受职务，否则就要被扣留。李四光当机立断，只身离开伦敦来到法国。两星期之后，夫人许淑彬接到李四光来信，说他已到了瑞士与德国交界的巴塞尔。夫妇二人在巴塞尔买了从意大利开往香港的船票，起程秘密回国。1950年4月中旬莅临上海，中科院华东办事处各研究所人员热烈欢迎李四光，召开了座谈会。当时的情况，地方报纸作了报道：
下午，全体人员举行简单的欢迎会，由李亚农主席主持，他说：“我们中国科学院同人，每天都在热烈盼望李副院长回国。李副院长经过种种困难，尤其是国民党反动派深恐他回国增加人民的力量，不惜勾结英帝国主义阻挠，但仍阻止不住李副院长投向祖国的热情。这是值得敬佩的。相信他回国后对国家社会一定会有更大的贡献。”
李四光副院长报告了旅外观感后，分析了科学工作者的思想，认为“为学术而学术”、“中学为体、西学为用”等都是过去错误的观点，唯有为全人类谋幸福才是科学家正确的道路，他的演说给大家极大的启示。17
史语所及中博院迁台，留在大陆的一些研究人员，如断线的风筝。他们与那些满怀喜悦准备大展宏图的同事相比，有些隐隐担心。
1949年10月，新成立的中央人民政府将文博工作归口文化部。郑振铎担任文化部副部长兼国家文物局局长。他在回中博院旧人王天木的信中，谈到对中博院的构想，及对王天木的希望。他写道：
天木兄：
连得两长信，我悉一切。关于中央博物馆事，我们的意见，都以为应该维持现状，即使暂时不能大加扩充，也绝对地不会缩小也。陶孟和先生今日南下，已将此意托他向曾小姐（曾昭燏）传达。我也许不久南下，不过，日期未能确定耳。
我现在暂时负责文物局，局分三处，一图书馆处，二博物馆处，三古物处。不仅办理行政的事务，也盼望能有学术研究的工作。也曾和孟和先生说过，托他代为邀请兄北上，在局里任事。不知兄意如何？兄对古物事业素有经验和热忱，深盼能来此合作也。我国从前的博物馆，除“中博”有新的气象外，余皆死气沉沉之古董陈列室耳。深望兄能来此，大家振作一番也。兄意以为如何？我不想把许多行政工作加在兄的身上，但望能作些领导的计划和专门的技术上的主持者。也请夏作铭（夏鼐）兄来，由他主持古物处。兄能代为劝驾否？他现在杭州浙大教书。盼能即日复我一信。
匆致，顺颂近好。
十月三十日振铎拜启
郑振铎到底书生意气，对中博院的近期打算和远期设想过分乐观。1950年3月9日，中博院改名为“国立南京博物院”，由文化部文物事业管理局领导，留守中博院的曾昭燏被任命为南京博物院副院长。四个月后，南京博物院改由华东文化部领导，改属华东大区博物馆，三年后又改由江苏省文化局领导。
在家乡温州的夏鼐，收到去台老同事高去寻的一封信，信中称：“考古组已垮台，中国考古之学，不绝如缕，今日继绝起衰者，则舍兄其谁。”他也收到了郑振铎的邀请信。夏鼐在给王天木的回信中写道：
天木吾兄大鉴：
十月廿四日手示敬悉。文汇报的南京通讯，弟已闻及，将梁三先生（梁思永）的大名写成“世镕”，未免可笑。
西谛先生（郑振铎）近有信来，说正忙着筹备文物局事，并且说到已请兄允帮忙，辅导各博物馆的事业，谅已有信致尊处，未悉吾兄已作何决定。西谛先生邀约弟去“古物处处长”，弟已去函婉辞。
前日小女来信，谓复旦与同济相邻近，得嫂夫人就近照拂，甚为感谢。
位于原中央博物院旧址的南京博物院。
尊函谓本月中旬可能来上海一行，弟因想及一事。弟去冬离京时，曾将零碎东西存放在史语所，其中有黄箱子一只，盛些不重要的中文书籍，但现在教书，也有些用得着， 当时仅有半箱的书，因以破棉胎放在上面，塞满一箱。丁梧梓兄（丁声树）离京前曾有信给我，说这些私人物品现由谢振林兄保管，吾兄如果携带方便，可否将这箱子带来上海，放在乍浦路和平博物馆，以便弟自己或派小女提取。但如果不方便的话，则不必携带。弟早晚要到南京一次，将来再设法好了。又运费开销多少，请不要客气示知，以便奉还。否则弟不敢烦劳老兄了。
曾公寄来展览“社会发展史”说明书，已经收到，但修订本尚未到，俟到后再写回售，请顺便告诉他一声。此致撰安。
弟夏鼐敬上十月四日18
观望与疑虑，是这批人共同的态度。但不久，他们相继效命新政权。
1950年7月，夏鼐来到北京，加盟中国科学院考古研究所（简称中科院考古所）。此前，他曾多次表示不想当官，只想搞业务。但他显然无力主宰自己的命运。新任考古所副所长梁思永在信中写道：“考古所之发展，大部须依靠兄之努力，有此名义，可有若干便利，兄绝不可谦逊，更万不可言辞。”197月29日星期六，中科院考古所副所长夏鼐出差南京，重访鸡鸣寺路中研院故地。现已是中科院办事处。他找到谢振林，会晤旧识张珏哲、赵九章、吴磊伯、傅承义、吕炯等。然后偕谢君踏上史语所旧址。人去楼空，物是人非，造物弄人！前史语所代理所长夏鼐写道：
门上招牌已经卸下，放在贮藏室中。匾阴跋语末段云：“三十五年除治芜秽，修葺户壁，一新屋宇，其年十月研究所自南溪复员，三十六年三月上此匾，集开成石经字，用祈永无播迁。”读罢不禁感慨系之，想不到三十七年即又播迁，孤踞海外，将来不知又作何归宿。所址现改归地质所及气象所借用，惟四楼及活动屋二幢仍贮藏史语所公私物件。剩余出版品颇多，中西文日报合订本、日文书籍等亦数千册。所中墙壁已多剥落，照相房为两所借用，后面库房改为工场，从前堆置陶片箱之席棚，现仅剩陶片两大堆，皆安阳出土物也。余私人所存之物，仅剩书箱及网篮，另有二皮箱（一系零星杂物如台灯等，一系十余年来所保存了私人信札及留欧所购明信片等）已经遗失，其中一箱为十余年来友人来信，失之殊为可惜。20
夏鼐领命考古所副所长时，梁思永表示：“所中一切事情都由我与郑先生管好了，我只希望你带一班小伙计们在外面多跑跑。”21履职仅一周，夏鼐就率队前往河南辉县。那次考古发掘，首次在安阳以外发现了早于殷墟的商代遗迹。次年春，他又风尘仆仆前往河南中、西部地区进行调查发掘，证实了渑池县仰韶村遗址不仅有仰韶文化遗存，而且有龙山文化遗存，确认郑州二里冈是一处早于安阳殷墟的重要商代遗址。1951年10月，夏鼐马不停蹄，又赶到长沙。正当他俯下身子，潜心田野工作之时，又接到所里催促他返京的电文。
1951年10月，毛泽东在全国政协一届三次会议上提出，首先要在知识分子中间进行思想改造。1951年11月30日，中共中央发出《关于在学校中进行思想改造和组织清理工作的指示》，开始了第一场暴风骤雨。原中研院的旧人首当其冲，尤其是人文与社会科学的研究者。
陶孟和被中央人民政府任命为中科院副院长。建院之初，根据分工，副院长陶孟和分管社会、历史、考古和语言四个研究所，兼任联络局局长。在他的建议下，他长期主持的原中研院社会所于1952年由南京迁北京。但不久社会学即被视为伪科学遭到批判，该学科后被取缔。后来，院领导调整分工，陶孟和分管编辑出版及图书馆工作。他在院长郭沫若的领导下，未必心情舒畅。时在中科院工作的赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：
我是院长、副院长学习小组组长，曾亲眼看见他（郭沫若）拍着桌子训斥吴有训和陶孟和。吴有火性，不服，跳起脚来同他吵；陶则安安稳稳地承受这种凌辱，其状甚惨。于立群当时并不是科学院人员，但也搬了一把椅子坐在郭老背后帮腔，说三道四……22
原中科院党组书记张稼夫回忆：“在科学院工作时期，我们相处得十分融洽，科学院的重大事项，郭老（郭沫若）、李老（李四光）、竺老（竺可桢）、范老（范文澜）和我都事先交换意见，统一思想，然后再交院务会议通过。”按说陶孟和也是副院长，却不在“事先交换意见”之列。
史语所留下来的有语言学家丁声树、马学良、周祖谟，考古学家梁思永、夏鼐、郭宝钧、胡厚宣，历史学家杨志玖、逯钦立等。
针对“旧中国的考古发掘”，郭沫若写了一篇名为《蜥蜴的残梦》的批判文章。赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：
另一场冲突是为了我请他写的一篇文章，题目是《蜥蜴的残梦》，文中不点名的骂了董作宾和郭宝钧，说这样的人只好到台湾去“殉葬”。这一下，我们犯难了，董是去了台湾，骂他“殉葬”关系不大，可郭还在考古所任研究员，这样骂合适吗？我就问能否改一下？郭沫若很不客气的说，“你们嫌不好，给我拿回来，别的报刊会要的！”没有别的办法，“原样照登”就是了。23
考古所副所长夏鼐在1952年8月2日的日记中，记下思想改造运动中群众对他提的意见：
（1）政治思想不够明确，在本所内缺乏思想领导、政治领导，也缺乏主人态度，工作被动，与世无争，只做事务性工作；（2）本所在午门展览，夏所长直接领导布置，费了几万斤小米，但为什么要展览，为谁展览，都不够明确，能不能达到为人民服务的目的，应该详细检讨，从这上面即可以看到政治水平及服务的方向；（3）技术观点很重，对考古学的人没有团结，对后进的人也不重视培植训练（最近的考古训练班，听说夏所长又要请假回家）；（4）做着所长，常觉得自己是研究员兼所长，无论在院领导的面前，郑、梁二所长的面前，以及群众面前，都是束手束脚，不知思想有什么顾虑，应该好好检讨。24
陶孟和在中科院大会上发言。
这些意见，应该说是“温水洗澡”。但他最大的烦恼是无休无止的政治运动，使其难以返回田野进行考古发掘。他在1952年12月31日的“总结”中说，本年“我只写了四篇小文章”。25他没想到的，这只是一个信号……
相对夏鼐，早已弃中研院史语所而投奔齐鲁大学，最后落籍复旦大学的胡厚宣，处境却更为艰难。该校历史系教授谭其骧在日记中记载：
1952年1月26日，复旦大学“精简节约及思想改造学习委员会”（简称“学委会”）成立，历史系小组由主任周予同教授任组长，胡厚宣教授任副组长。3月6日，胡厚宣交代：
我在北大、前中央研究院历史语言研究所共六年。解放前买卖甲骨。史语所的甲骨只对外国人及官僚开放，而对国内学者则实行封闭，对所内人员也限制运用。我们在所内受压迫剥削，被当作工具，有时写文章只能用其他人的名字发表，我离开后傅斯年还骂我。中间我病了一年，因而发愤自己找材料。……
群众意见：
对名利批判不够。买卖甲骨获利不小，买时150万法币，按官价折合一千美元，卖给郭若愚是二两黄金，你自己还说“现在价更高”，这反映你的思想。二千片甲骨赚了多少钱？买卖甲骨的账没有算清，买卖时有没有赚钱的动机？
还说：“要是在中央研究院得意，如今就到台湾去了。”对中央研究院只惋惜自己出不了头，没有深刻批判它的反动作风。你与胡适、傅斯年的关系怎样？……
1939年，胡厚宣一家在昆明。
4月7日，胡厚宣的“学委会历史系小组副组长”的职务被免除。4月26日，他作第二次检查：
一、出身经历：破落的地主阶级；中研院史语所七年，史语所在北大各开二小时课，目的在物色人才，因此毕业后被邀进院。因好出头，所以离院，应顾颉刚之邀就任齐鲁大学国学研究所。
二、思想发展：想出头的名利思想，纯学术的专家思想，受北大、胡适、傅斯年的影响。入北大时读历史系，逐渐摸着学问道路，走上古代史的道路。北大同时开古代史者有六七人，走上了研究道路。
离开研究院后，拼命出书，搜集材料，成都、平、津、沪。……史语所完全是学院式，在南京看不起中大、金大，讲史料分工，精专而狭，形式主义，纯学术，专家思想。学术无纯，事实上为反动帮闲，放弃斗争……
后虽与傅斯年决裂，但做学问路子不变。胡适宣扬美帝的实践主义，专讲史学即史料学，法国资产阶级思想，属于反动性，学术中找名利，纯学术的名利思想。
三、政治认识：严重模糊。读死书，连小说都不看，丝毫不问政治，认为学术有出路，政治无出路，……对翦伯赞、侯外庐、吴泽看不起，认为他们史料全错。
四、学术观点：为学术而学术，超政治，重材料，无思想，无理论，“汉学家好名”，搞甲骨支离破碎。好名好利，得伪教育部二等奖八千元（头等奖为冯友兰《新理学》），鼓励名利，燕京哈佛学社、齐鲁特加表扬，加薪。北平图书馆代表美国图书馆买我书，每种十五部。美、法学者常来找我。有出洋梦，曾申请去加拿大，想做国际学者。买卖甲骨本来很普通，并非为做生意，是资产阶级行为，奸商行为。……
6月11日，胡厚宣再次检查，仍未过关。6月14日、16日两次会议，群众提他的意见：
对名利痛恨不够，学术政治联系不够。民族自卑感，不抵抗，投降主义。名利指导下学术思想容易靠近反动。
新考据，中研院典型奴才体系，蒋介石反动政权文教方面点缀品。胡适“江湖”，以前人已有结论，引申补译作为大文，向帝国主义御用机关看齐，“九一八”时胡适云五十年后东北中国化。“汉学”皆有政治目的，有侵略性。向之看齐，为卖身投靠。
考证考古主要为资本主义服务，在中国变为帝国主义服务，成为买办学。
6月20日，胡厚宣再次检查：
学术思想：中学封建教育，奴才买办的考古学和甲骨学，机动的浓厚名利，材料至上才能有发明，为名利而离开史语所。以上动机，本质上是反动的，买办的，近三五十年考古学为买办学。帝国主义分子在华考古目的在侵略，考古学受帝国主义指挥，殷墟发掘由中美庚款出钱，由中研院主办。……26
1954年1月15日，《人民日报》发表一篇题为《“学者”——政治阴谋家》的评论员文章，文章说：
胡适有了这样一个坚实的“后台”，和蒋梦麟、朱家骅、傅斯年等反动分子，结成了一个有势力的学阀集团，通过经济手段控制了中国的学术界。……胡适的学阀集团今天不存在了，但是曾经依靠过这个集团或者为这个集团服务过的人，今天也应该从思想上、政治上彻底清算这个集团的罪恶了。27
那些读到这篇文章的原中研院的孑遗们，恐怕无不心惊肉跳。郁积于心的话，终于等到了1957年。陶孟和在整风鸣放时，曾直言不讳地提意见：在社会主义社会里，人们相互间的关系和社会的进步，依靠的是友爱，而不是仇恨，知识分子应发挥他们的作用，而不应当受到敌视。他还有过知识分子在政治运动中遭受“浩劫”这类的言论。
很快，“反右斗争”形势急转直下。那些被报纸以欢迎的姿态发表过言论的人们，顷刻之间变成了“反党反社会主义的资产阶级右派分子”。7月22日，陶孟和开始在中科院的会上批判自己：“我在《大公报》（6月16日）上发表的谈话里，可以说全篇充满了不能容忍的错误……”陶孟和还检讨了6月8日在中科院党组召开的座谈会上说的“知识分子遭受了一次浩劫”，他说，用“浩劫”两字形容旧社会学家是十分荒谬的说法。28
陶孟和最终未被划为“右派分子”，仅为有极右思想的“内控”人员。1960年4月，他在抱病赴上海参加中科院第三次学部会议时，突发急性心肌梗死，于4月17日逝世，享年七十三岁。中科院副院长竺可桢在日记中痛惜老同事的骤然去世，笔锋一转又写道：“在反动政府之下则他也已寿终正寝，所以他活到七十三岁高龄仍是受党之赐。”
1951年，傅斯年的侄子傅乐焕以论文《捺钵与斡鲁朵》获得伦敦大学博士学位，很快就从英国直接回到红旗下的北京。他早已与伯父傅斯年断绝关系。笔者听傅斯年的高足何兹全介绍，1951年，他曾与傅乐焕一起到四川搞土改，何去了南充，傅去了宜宾。估计也去了李庄。但我揣摩傅乐焕的心情定不轻松。他应该目睹或听闻李庄的一系列变化，诸如1940年接纳中研院迁到李庄的国民党区党部书记罗南陔、区长张官周等已被镇压，而他的伯父傅斯年也因脑溢血在台湾猝死……
1952年傅乐焕调任中央民族学院历史系教授，兼中科院历史研究所研究员和学术委员。此间，他与史学大师陈垣的侄女结婚，后来有了三个女儿。在相对安静的生活中，傅乐焕埋头治史，先后参加并领导对满族、达斡尔族的民族识别工作和调查研究。1966年，“文革”风暴骤至。噤若寒蝉的傅乐焕，成了中央民院首批被揪出来的反动学术权威。他被打倒的一个重要的原因，是他与傅斯年的关系。他被诬为“国民党蒋介石的忠实走狗、傅斯年安插在大陆的特务”。在他的家乡聊城，受清朝皇帝敕封的傅家祖坟被炸药炸开，墓园毁损得面目全非。傅氏族人傅乐新、傅乐铜等均受到冲击。傅乐焕在遭受抄家、批斗、关牛棚等折磨后，身心疲惫。5月23日夜，傅乐焕选择了一片清凉的水域……
天之生才，既予之厚，何夺之速？
三
中研院初到台湾，每个人都有一段不堪回首的往事。史语所考古组研究员石璋如回忆：
民国三十八年阳历二月，刚过完农历新年，史语所搬到杨梅。中博院到台湾之初，先租了铁路局在杨梅的仓库，中博院搬往台中之后，将原先使用的铁路局仓库让给我们。我们租下为铁路局所有、较高大的平房——仓库，作为堆放箱子的地方；民间所有、较低矮的平房——米仓作为办公兼单身同仁的宿舍。在米仓附近还有厨房，也同时在旁边设了饭厅。公家在米仓附近，与大成路、旧镇公所一带租了一批房，再加上原先的公家宿舍，作为从南京来的公务人员的宿舍。29
米仓宿舍，多是楼房，楼下老乡做生意，楼上住公务员。还有人如办事员王志维等就租住堆杂物的号房。曾有一个慈善救济团来到这里，预备帮助史语所改善住宿条件，准备拍照。有人认为已到了这步田地，有什么好照的。夏鼐日记中有高去寻从台湾带过来的一封信。他写道：“终日苦痛（已非苦闷），焦急如待决之囚，两鬓顿成斑白，皆台湾之行所铸造成者也。”30
20世纪50年代初，史语所同人在台北杨梅仓库前。（右起）杨时逢、陈槃、芮逸夫、李××、李济、李霖灿、胡适、萧纶徵、朱家骅、×××、李光宇、董作宾、劳榦。
研究员屈万里之妻在《怅望云天》一文中，回忆夫君一段往事：屈家收藏有一张李姓先生赠送的一幅“馈米图”，上有题诗：“天涯老去益相亲，厨冷日长怜我贫。侵晓叩关分禄米，忘他同是断炊人？”其旁加注云：“己丑岁，随孔圣公来台，遭陈蔡之厄，经旬不举火，箧藏鬻质皆空；翼兄先期至，然断贽亦数月矣！所胜者，瓮中尚储米数斗耳，既见予饥，忘己之饥，竟全举以赠，白骨而肉，盛德无以报也。”文字隐曲，说的是李某人1949年渡海来台，遭遇类似孔子陈蔡绝粮的窘境，十多天揭不开锅。屈万里自家存粮不足，但馈赠米面，舍己厚人。
于锦绣随史语所到台湾后，是第一个失去饭碗的人。他系中央政治大学毕业，抗战胜利之时来到李庄，当书记员，顶替离去的书记员杜良弼。当年史语所四组研究员芮逸夫和事务员萧纶徵曾向代所长董作宾写信力荐：“于君学历高，学业优，延补杜君之缺，殊属委屈，承嘱考试成绩亦佳，至于事务室方面似可不必再试，敬乞裁决。”31于锦绣被分到史语所民族学组，跟随芮逸夫深入倮区调查，写成《大小凉山倮罗的社会阶层》一文。1949年2月1日，于锦绣接到史语所的解聘书：“顷奉傅所长面告台端已在遣散之列，自本年二月份起即停止支薪，兹列台端应得之一月份薪及遣散费，款到请查收，再本院总办事处如前有款汇奉，即在此次汇款中扣还，并希查照。”32
傅斯年的绝情无义实属无奈，他自己已是一个泥足巨人。俞大綵曾回忆丈夫傅斯年临终前：“三十九年（1950）十二月十九月，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖，他穿着一件厚棉袍伏案写作，我坐在他对面，缝补他的破袜，因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息。他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。……我一阵心酸，欲哭无泪。”33
1949年，傅斯年在台大校长室。
1949年1月20日，傅斯年赴台湾大学就校长职，仍兼任史语所所长。出掌台大，他广延教授、增建校舍、充实图书、奖励研究，奠定了台湾的学术根基。不久，台湾发生学生运动，当局大肆逮捕学生，史称“四六”事件。傅斯年十分愤慨，亲自找国民党情治部门交涉，甚至直达最高当局，要求没有确凿证据不能随便到台大捕人，即使有确凿证据要逮捕台大师生也必须经本校长批准。当时，国民党政府丢失大陆，退守孤岛，风声鹤唳，要求各机关学校实行联保制度，也要求台湾大学师生办这种手续。傅斯年挺杖而出：凡是在台湾大学任教和服务的教职员每个人都思想纯正，他可以个人作保。若有问题，愿负全部责任。结果台湾大学破例没有实行联保制度。1949年7月11日，有人在台北《民族报》发表《寄傅斯年先生的一封公开信——论反共教育与自由主义》，指控傅斯年出任台湾大学校长后，将自由主义作风带到台湾来，在学术自由的掩护下，所聘教授中，竟有共党分子和亲共分子，以致学校成为政治上的特区，院系成为共产党细菌的温床，赤焰相当高涨。傅斯年发表了《傅斯年校长的声明》和《傅斯年校长再一声明》，他写道：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”。他的最后一次讲话，在重申自己的办学原则和育人理想之后，情绪激昂地说，“对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我们是万分同情的，我不能把他们摈弃于校门之外。”
妻子俞大綵回忆丈夫：
孟真最爱才，想要发掘高才生，加以鼓励，举行全校作文比赛，颁发奖金，他亲自出题阅卷，看到好文章，便约作者面谈。
一日，他回家，非常兴奋地告诉我，他看到一篇好文章，约作者面谈，极为激赏他的文才；但该生家境贫寒，又患深度近视，问他何以不戴眼镜，该生默然不答。
孟真去世后不多日，卫生署刘瑞恒先生来我家，交来眼镜一副，说是孟真托他在香港为某生配的。我接过眼镜，泪湿衣襟。刘先生临行时，我才记起问他需款若干，他连连摇着双手说：“不用了，孟真早已付给我了。”……34
1950年1月23日，傅斯年在台湾大学贴出公告“致台大同事同学”，全文如下：
诸位同事先生及同学：
近日校外校内传言斯年将去国，将辞职，同事同学频来问讯，敬声明如下：
一、我之身体虽坏（久患血压高），然久病之后转不以为念。绝无于此困难之时，舍同事同学他去之理。
二、去年中华教育文化基金董事会以在美开会，须国内去人方足法定人数，故曾来电约去，期为2月8日。斯年以为此时去开会，必有谣言。明知有此一行，或可为台大募几许钱，然权衡轻重，仍不去，故当时立即电复不去（来往信件均在陈秘书渝生处，愿看者可自由取阅）。
三、半年多，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为其殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗（下次校刊中登出此事有关文件）。35
1950年12月20日下午，傅斯年列席省议会第五次会议。参议员郭宝基咨询有关台大的问题，包括国民党教育部从大陆运到台湾保存在台湾大学的教育器材的失盗和放宽台大招生尺度问题。素来疾恶如仇的傅斯年大受刺激，情绪失控，突发脑溢血，倒在议会大厅，经抢救无效，当晚去世。
12月31日，是傅斯年追悼大会举行的日子，追悼会在台湾大学法学院礼堂举行。礼堂正中，悬挂着“国失师表”的挽幛。史语所的挽联是：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学的挽联是：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；
忍看铭旌，正满天云物，斯人去也。哀鸿况百万苍生。
钱穆的挽联是：
文章一世人何在？
风义千秋史必存！
听说傅斯年猝然离世，留在岭南大学的同窗、姻亲陈寅恪既震惊又伤感。他以隐喻的方式述心曲，写了一首题为《霜红龛集望海诗云：“一灯续日月，不寐照烦恼，不生不死间，如何为怀抱”感题其后》的诗，诗曰：
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。36
《霜红龛集》是清初傅青主的诗文集，陈寅恪借以暗喻傅斯年。他将此诗分赠故旧门生，以寄哀思。
寓居美国的胡适写信给傅斯年的遗孀俞大綵：
自从孟真的不幸消息证实以后，我天天想写信给你，总写不成！十月廿一日我发了一短电给你。……孟真的天才，真是朋友之中最杰出的，他的记忆力最强，而不妨碍他的判断力之过人。他能做第一流的学术研究，同时又最能办事，他办的四件大事：一是广州大学的文学院（最早期），二是中央研究院史语所，三是北大的复员时期，四是台大，都有最大成绩。这样的Combination世界稀有。我每想起国内领袖人才的缺乏，想起世界人才的缺乏，不能不想到孟真的胆大心细，能做领袖，又能细心周密的办事，真不可及！
孟真待我实在太好了！他的学业根基比我深厚，读的中国古书比我多的多，但他写信给我总自称学生，三十年如一日。我们见面时也‘抬杠子’，也常辩论。但若有人攻击我，孟真一定挺身出来替我辩护。37
傅斯年的死，标志着一个时代的结束。
那时，台湾当局朝不保夕，无暇顾及大陆迁台的教育界、学术界人士。中研院的先生一部分被收容在台湾大学校内。要想领得一份薪水，就得教若干课程。搞研究的大都口讷，为了生计，也就只好“君子动口又动手”。研究工作却很难提上日程。
史语所迁到台湾，被安插在桃园县南部小镇杨梅镇火车站。在铁路通运公司的一座仓库里一待就是五六年。库房窗户小，闷热不通风。从李庄运回南京，从南京运来台湾的文物古董多不能开箱。图书资料也派不上用场，研究工作处于封闭状态。
傅斯年去世后，董作宾接替史语所所长职，这是代理了多年后的众望所归。他勤勤恳恳，又战战兢兢。1953年10月19日，他接到台湾省保安司令部的函询：“为匪区出版之《太平天国革命文物图录》有何参考必要？敬请查照惠复。”38台湾省保安司令部收到他的解释后，仍于10月28日呈报“国防部”参谋总长周一级上将：“检获由香港寄台大历史语言研究所董作宾，匪区出版之《太平天国革命文物图录》二本，应否准予放行，请鉴核。”39短短几行文字，背后晃动着刀光剑影。台大的学生张春树见证当年，他说：
我在台大读书四年，最大的苦事就是进图书馆借书。台大图书馆对可借可看之书刊均因政治因素严加控制，任何学人在大陆，其著作全不能看，凡有其文之学报或文集均不易看到；台大师长之著作如为早年发表，或与大陆学者之著作同在一处也都不能看到。40
董作宾年近六旬，对甲骨文的研究正值鼎盛时期。然而，这个时期董家食口众多，入不敷出。他的大部分精力都用在维持一个最低生活水准方面。他办《大陆杂志》，在台湾大学教书。1958年离开史语所，去了香港的新亚书院。这都未必是他真心想做的工作。1963年11月23日，董作宾在台北病逝。
李济、董作宾在傅斯年逝世周年追悼会上。
1957年4月3日台北“中研院”代院长朱家骅在第三届评议会第一次会议的开幕词及院务报告中，总结回顾了搬迁失败的原因：
当时币值日日下泻，无法保证计划运用，达于极点。然经多方奔走设法，各机关若肯帮忙，尚不至陷于全无办法之处境。乃和谈之议，既鉴于已往西迁八年播徙所受之艰苦，复困到台后之同人，生活起居亦十分困难，安土重迁，自难免存观望之念，不立即设法启程。孰料军事（形势），急转直下，京沪相继告陷，本人之一切努力，至此悉成虚掷。41
这段话说得很策略，实际上是不敢正视人心向背的真实原因。
1949年是一个重要的时间节点，似一柄历史长剑，切割了中研院厚重的过去，划出了一道汹涌澎湃的台湾海峡。而分置在两岸的原中研院同人，各自都会有一段泥泞。走出那段岁月，才会有一个新的开端。
（本文参考了李扬编著的《国立中央研究院史》、台北“中研院”编写的《追求卓越——中央研究院八十年》。照片由李光谟、董敏及台北“中研院”史语所提供。）