道光三十年正月二十六日（1850年3月9日），道光皇帝第四子、时年十九岁的爱新觉罗奕正式即位，以明年为咸丰元年，大清帝国的第七代君王咸丰皇帝，就这样在老皇帝的丧礼之后，和平过渡，登上了政治舞台的最前沿。
像他的父亲道光皇帝一样，咸丰皇帝在即位之初也想做个有道明君，他即位后做的第一件事，便是颁诏求言集思广益。当时许多朝臣应诏陈言，纷纷上书直谏流弊。
咸丰皇帝十分明白，老爸在位时，对于采纳谏言做得并不到位，甚至达到过十余年间没有一个人敢于上书直谏的程度。导致这种局面的原因在于道光皇帝不能任人唯贤，只信任穆彰阿等几个有限的大臣。咸丰皇帝正是针对这种弊端，开始着手进行解决，当时很多朝臣看到新皇帝能够广开言路，认为终于找到了证明自己价值的机会，于是纷纷在咸丰皇帝面前表现自己，而这其中最为典型的代表当属曾国藩。
曾国藩，字伯涵，号涤生，湖南湘乡人，道光十八年（1838）进士。咸丰皇帝下达求言令后，曾国藩积极响应，集中论证“今日急务，首在用人”的道理，呼吁咸丰皇帝要重视人才的选拔和培养。曾国藩在奏疏中指出：
今日所当讲求者，唯在用人一端耳。方今人才不乏，欲作育而激扬之，端赖我皇上之妙用。大抵有转移之道，有培养之方，有考察之法，三者不可废一……
曾国藩认为中央的官员们普遍存在畏首畏尾和陷入琐碎事情两个弊端，而地方官员则存在敷衍和自满的弊端，两种官员的通病则是不求有功，但求无过。为此曾国藩提出了“转移之道”，改变官场的通病，让官员们成为有用之才。
曾国藩倡导在官员中间营造学习与研究的氛围，建议咸丰皇帝要像当年的康熙皇帝一样，勤于学问，促使儒臣们逐日进讲，寒暑不辍，并召见廷臣，辄与往复讨论。曾国藩还认为，皇帝应该成为朝臣学习的榜样，要时时督促各级官吏重视学习，他经常说的一句话就是：“见无才者，则勖之以学，以痛惩模棱罢软之习；见有才者，则愈勖之以学，以化其刚愎刻薄之偏。”总的来说，就是要通过学习，提高官员素质，打造一个学习化政府。而且曾国藩预言，如果按照他的想法去做，不出十年大清帝国的人才必大有起色。这就是曾国藩提出的“转移之道”。
有了“转移之道”这个总则，曾国藩还提出了培养人才的具体方法，他认为各级官吏要遵循保举、超擢的方法，对自己的下级官吏要经常表扬或者批评，对于政府官员中不称职者要及时审查清理，而对于有才能者，可以通过“部院各保司员”的办法选拔，皇帝也可以破格提拔人才，越级重用具有才能的官员。
曾国藩曾有过这样一番比喻：
盖偿论之，人才譬若禾稼，堂官之教诲，犹种植耘耔也，甄别犹去稂莠也，保举则犹灌溉也。皇上超擢，譬之甘雨时降，苗勃然兴也。
曾国藩的这个比喻，暗指当时的政府官员存在纪律松散，人浮于事，互不负责的严重问题。为此他建议各衙门的堂官，必须日日坐班办公，随时了解下属的情况，甚至要了解到下属情绪的变化。皇帝也按照以此类推之法了解朝廷官员的情况，做到各个部门有什么样的人才能心中有数，只有这样才能知道可以破格提拔谁。
对于如何考察官员，曾国藩也有自己独到的见解。他认为了解官员的最好方法，就是通过奏折的形式。曾国藩是针对道光年间无人敢上书言事的情况而特别提出这个观点的。他当然无法明面指责先帝的过失，只有列举自大清立国以来，先辈皇帝们是如何采纳那些诤臣的建议的例子，这些诤臣因为先辈皇帝知人善任而最终成为名臣，进而希望咸丰皇帝也能够效仿他们广开言路。
曾国藩当时的官职是礼部右侍郎兼兵部右侍郎，属于不高不低的级别，按照曾国藩当时的年龄，还有晋升的可能，因此他极力呼吁咸丰皇帝重视人才。可以看出来，除了确实想革新朝廷风气，曾国藩也有作为汉族官员迫切想受到重用的心理。毕竟从大清立国以来，受重用、身在重要岗位的几乎都是满族人。后来的事实证明，曾国藩确实达到了自己的目的，他就是因为在咸丰皇帝即位之初提出了官员的“转移之道”，由此开始受到重用，甚至他自己都没有想到，他不仅受到了重用，还成了大清帝国的“中兴名臣”。
当时，咸丰皇帝对曾国藩上书提出的“转移之道”十分欣赏，立即下诏，百日之后即举行日讲，要求身边的儒臣们从《朱子全书》和《贞观政要》中找出治国理政的经验，并力图寻求理学大师朱熹的深奥哲理，将唐太宗李世民视为自己的楷模。
咸丰皇帝即位初年，积极实践了曾国藩的“转移之道”中提出的皇帝的榜样作用，除了效仿古代明君的治国之道外，咸丰皇帝还一直身体力行地下诏求言。例如咸丰二年（1852），太仆寺少卿徐继畬提出了“宜防三渐”之说：一防土木之渐，二防宴安之渐，三防壅蔽之渐。咸丰皇帝将徐继畬的奏疏下发给所有大臣，让他们进行阅读。对于某些意见，咸丰皇帝是持积极采纳的态度的。
当然，矛盾的是，为了捍卫封建皇权，咸丰皇帝对那些猛烈抨击朝廷和自己的大臣也毫不手软。他即位之初，上书褒贬时弊的不在少数，据说他的龙书案上堆满了奏折，然而很多都被他用“毋庸议”三字作为回复，或者直接被束之高阁。有时，一个奏折会让血气方刚的咸丰皇帝大动肝火，甚至将上奏折的人治罪，让那些口无遮拦的大臣认识到随意批评皇帝是危险的。
纵观咸丰皇帝在位的十多年时间里，即位之初倒是还能下诏求言，但是随着时间的推移，以及大清国局势的不断恶化，这位血气方刚的皇帝也禁不住开始失去耐心，甚至烦琐的政务让他变得越来越慵懒，进而逐渐将兴趣从书房转向闺房。
这些年父亲道光皇帝的执政效果以及大臣们的表现，咸丰皇帝心里有数，当时很多人都对道光皇帝不能广泛使用人才，而只是信任身边有限的几个大臣颇有微词。但咸丰皇帝还是能够理解父皇的做法，毕竟朝廷内不是所有人都有一颗赤诚的忠心，也不是所有人都能始终和皇帝保持一致。任何一个君王都有自己的智囊团，现在咸丰皇帝已经上位，照样不能例外。
纵观当时咸丰皇帝的智囊团，祁寯藻是第一个被任命的大学士。作为一个历事四朝皇帝的老臣，祁寯藻真个是一位骨鲠之臣。当然，咸丰皇帝如此器重他，也是因为道光皇帝在位时，祁寯藻受到求和派大臣穆彰阿、耆英等人的排挤。
《清史稿》对于祁寯藻受到咸丰皇帝的重用，有过一段记载：
寯藻自道光中论洋务，与穆彰阿不合。至是文宗锐意图治，罢穆彰阿，寯藻遂领枢务，开言路，起用旧臣，寯藻左右之。
关于穆彰阿、耆英等人被罢免，我们后边会详细说到。不能否认的是，穆彰阿被罢免和祁寯藻受重用，的确是“一朝天子一朝臣”的绝好印证。当然，祁寯藻受到重用后，也确实向咸丰皇帝推荐了不少人才，做到了“保举循吏及伏处潜修之士，以备任用”。
满族大臣方面，咸丰皇帝当时主要信任的是镶红旗的文庆。作为道光二年（1822）的进士，文庆历任通政使、左副都御史、内阁学士，而后升至侍郎、尚书、军机大臣，再后来因为上书道光皇帝针砭时弊而被革职。文庆在咸丰皇帝即位之初被重新启用，其最大的贡献就是向咸丰皇帝建议重用汉臣。
在文庆提出这个建议之前，汉族人虽然也有高官，但和满族人比起来，始终得不到皇帝的重用。文庆认为之所以要重用汉臣，是因为很多汉族人都是从劳动人民的底层中来的，他们知道民间疾苦，熟悉人情真伪，“不像我们这些很少下基层的满族人，懵懵懂懂之间是不可能有安邦大计的”。
作为旧满洲贵族的代表，文庆能够提出重用汉臣的主张，说明他的确是个具有眼光的政治家。从当时的情况来看，大清帝国重用汉臣其实是一项战略措施，曾国藩、左宗棠等汉族大臣当时之所以能够逐渐受到重用，除了自身的才能之外，跟文庆的建议是分不开的。
咸丰六年（1856）文庆去世，咸丰皇帝评价他：
人品端粹，器量渊深，办事精勤，通治达理……纶扉襄赞，夙夜宣劳，深资倚畀。
文庆去世后，满族大臣中最受咸丰皇帝信任的就是肃顺。和文庆的出身不同，肃顺是根正苗红的皇亲国戚—郑亲王乌尔恭阿第六子，属于清朝皇室的远房宗支。道光十六年（1836）授三等辅国将军，后来虽然任前引大臣等职，但都是些无足轻重的闲散职位。直到咸丰皇帝即位后，肃顺才开始步步高升，历任内阁学士、礼部侍郎、兵部尚书、理藩院尚书，乃至御前大臣、协办大学士，最终成为咸丰皇帝最重要的智囊。
抛开后来他与慈禧的那场政治斗争不谈，肃顺是一个极有远见卓识的政治家，自身虽有些缺点被人诟病，但在当时的满族大臣中堪称佼佼者。肃顺也十分注重人才的选拔，不仅礼贤下士，而且又有识人之明。当时肃顺门下聚集了一大批具有才华的汉族学士，例如郭嵩焘、龙湛霖、王闿运、邓辅纶、尹耕云、高心夔、李篁仙等人，时称“肃门七子”。
肃顺是一个很有个性的人，与其他满族大臣不同的是，肃顺对同族的大臣经常随意呵斥，而对汉族大臣却颇为恭谦，是一位十分了解汉文化的满族官员。而且他也看到了大清帝国立国二百多年来，满族人已经失去了进取之心，未来想要重振大清帝国的雄风，要依靠汉族人才行。应该说能有这种看法，说明他个人具有十足的战略眼光，对于当时大清帝国的颓废现状有清醒的认知。
《清史稿》对于咸丰皇帝当时信任智囊团和重用肃顺，尤其在即位之初能够励精图治，有着较为客观的评价：
文宗厌廷臣习于因循，乏匡济之略，而肃顺以宗潢疏属，特见倚用，治事严刻。其尤负谤者，杀耆英、柏葰及户部诸狱，以执法论，诸人罪固应得，第持之者不免有私嫌于共间耳。其赞画军事，所见实出在廷诸臣上，削平寇乱，于此肇基，功不可没也。
重用肃顺是咸丰皇帝励精图治的一个标志，《清史稿》中评价他当时“厌廷臣习于因循，乏匡济之略”，说白了就是他对道光皇帝在位时把持朝政的穆彰阿等人的一种排斥。因此在重用肃顺的同时，咸丰皇帝就不可避免地要对先帝那些因循守旧的臣子进行打压。
穆彰阿其实并不是一个人在战斗，以他为核心的是一个派系，这个派系当时控制着朝廷各个部门，而且对刚即位的咸丰皇帝也不是完全支持。这些人始终对老皇帝道光念念不忘，对于咸丰皇帝下达的指示，《清史稿》中说他们的态度是“遇事模棱，缄口不言”，甚至是玩弄权术，故意打压有才能的官员。
穆彰阿等人的这种做法，与咸丰皇帝的施政理念严重背道而驰，因此咸丰皇帝决定“申国法、肃纲纪、正人心”，下令将穆彰阿革职，并永不叙用。而后便对另一个高级官员，道光皇帝在位时力主向英国人求和的耆英开刀。
穆彰阿被革职，耆英已经意识到皇帝的下一个目标可能会是自己，毕竟《南京条约》等一系列条约都是自己代表政府所签，被国人所不齿，而且自己在与英国人的反进城斗争中，又擅自为英国人开了空头支票，这一切当时还是皇子的咸丰皇帝全都看在眼里。登基后的咸丰皇帝下诏求言时，耆英上书纵论用人、行政、理财三策，他主张“人有刚柔，才有长短，用违其才，虽君子亦恐误事；用得其当，虽小人亦能济事”。咸丰皇帝看完他这番贬君子、举小人的谬论，立即勃然大怒，急召耆英加以训斥，而且将他向英国人摇尾乞怜的老账全部翻出，说他是“畏缩无能”“抑民以媚外，罔顾国家”，并利用这个机会，将耆英降为五品顶戴，以六部员外郎候补。这个决定一经颁布，朝野上下一致称赞，都认为咸丰皇帝做了一件大快人心的事情。而对于耆英而言，厄运才刚刚开始。
咸丰八年（1858）四月，英国军舰进犯天津，咸丰皇帝派大学士桂良、吏部尚书花纱纳到天津解决相关问题，又派耆英以侍郎衔，前往天津办理洋务。英法联军以武力威逼清政府，耆英又犯了“软骨”的老毛病，不敢和洋人正面交锋。他不仅和桂良、花沙纳在商会的窗下抱头痛哭，还擅离职守私自回京，谎称面陈机要，结果遭到言官的弹劾，请求咸丰皇帝判处他“绞监候”。
对此，肃顺认为这对很长时间以来都向洋人卑躬屈膝的耆英来讲，实在是太轻了，于是奏请咸丰皇帝，希望能下令让耆英自尽以正国法。咸丰皇帝批准，传令耆英自尽家中，至此道光皇帝在位时求和派的两大核心人员穆彰阿和耆英全部倒台。
从当时大清帝国处处受洋人压制欺辱的角度来看，肃顺奏请判处耆英自尽，是他坚持“申国法”的表现；不过从政治斗争角度来看，肃顺已经成为咸丰皇帝的首席宠臣，那就意味着老皇帝道光的那些宠臣就要永远地退出政治舞台。在政治舞台中，宽容、仁慈者都是幼稚的东郭先生，铁腕与强势才是永远的主旋律。
咸丰皇帝即位之后，采纳曾国藩的“转移之道”，重用肃顺和诸多汉族大臣以及罢黜道光皇帝的宠臣，是其整顿朝纲的三个重要举措。如果抛开来自外部环境的压力，单看当时朝廷内部，咸丰皇帝即位之初的大清帝国颇有一番新气象。然而，其实我们都知道，清廷的上空，已被乌云所笼罩。
咸丰皇帝即位之初，大力整顿朝纲，想要大展宏图，广西的“拜上帝会”组织则在洪秀全、冯云山等人的领导下，开始走出乡野田间，逐步实施“大计划”。当咸丰皇帝重视起“拜上帝会”这个组织，想要将其绞杀时，已经为时晚矣。造成这种局面的原因在于，谁都没有重视起初还在乡野田间里传道布教的这伙儿“长毛贼”。
洪秀全、冯云山还在广西桂平发动群众的时候，时任广西巡抚的郑祖琛已经接到下属的报告，说有一伙人聚众宣讲西洋教义，只是这位巡抚大人丝毫没有重视，根本就没将此事上报。等到后来“拜上帝会”已经形成规模，开始武装对抗清政府时，郑祖琛才不得不以实情上报给两广总督徐广缙，但也只是泛泛地说“会匪在桂作”，并未明确报告“拜上帝会”已经发展成农民起义之势。
在此之后，大清帝国的官员们层层上报，等到了咸丰皇帝那里，消息已经被削弱成“当地农民聚众闹事”的小儿科事件，最后还是因为兵科给事中袁甲三等人上疏弹劾郑祖琛“欺饰弥缝”“养贼酿乱”等罪状，又有广西绅民进京奏陈全省现状，咸丰皇帝才知道事态的严重性，这才急召大臣们谋划平乱之策。
经过和诸多大臣慎重商议，咸丰皇帝决定调集精兵分路进入广西对“拜上帝会”进行会剿，同时将广西那些面对“拜上帝会”束手无策的官员们免职，调任湖南提督向荣为广西提督，让云南提督张必禄自云南进入广西协同作战。不久后又以林则徐为钦差大臣，署广西巡抚，入广西督师会剿事宜。可让咸丰皇帝没想到的是，林则徐接到任命后，在自家乡前往广西的途中于广东潮州普宁县病逝，随后张必禄也病逝。钦点的三位入桂将帅病亡了两人，不得不让咸丰皇帝放弃了第一方案，另派两江总督李星沅为钦差大臣，以周天爵署广西巡抚，一同进入广西镇压“拜上帝会”。
然而李星沅和周天爵没能很好地完成任务。当时李星沅很是轻视洪秀全，厚集兵力全力进攻金田村，在他看来只要攻下“拜上帝会”的老巢，洪秀全这伙草贼就会一哄而散。他在给咸丰皇帝的奏报中提出：
桂平县之金田村贼首韦政、洪秀泉（全）等私结尚（上）帝会……实为群盗之尤，必先厚集兵力乃克一鼓作气，聚而歼之。
值得一提的是，正是李星沅的这封奏报才让咸丰皇帝第一次知道了“拜上帝会”的首领是一个叫洪秀全的人。当然这封奏报写错了洪秀全和“拜上帝会”的名字，说明李星沅并不真正了解他的对手，因此失败也就不可避免。
李星沅在广西与“拜上帝会”交手两个多月，不仅没有取得胜绩，“拜上帝会”反而利用李星沅指挥不力的机会，进展神速，接连占据很多地方，搞得李星沅、周天爵、向荣等人互相推诿责骂。李星沅不得已只能上奏咸丰皇帝，希望能够得到广西的军政一把手的位子，进而可以总督全面会剿之事。
对此，咸丰皇帝严厉斥责，认为这是变相要官，不仅驳回了李星沅的请求，而且限期必须剿灭“拜上帝会”。当然，咸丰皇帝作为最高决策者也明白，眼下不是和李星沅赌气的时候，因此他征调广州副都统乌兰泰奔赴广西帮办军务，而且秘密指示他，针对广西将帅之间不和的现状，要密切注意观察，随时将这些人的动向上报给自己。
咸丰皇帝虽然没有答应李星沅要官的请求，但也明白广西地区的官员确实应该统一节制起来，一来可以更有效地对“拜上帝会”作战，二来也可以缓和平息广西将帅之间的矛盾。基于这种思路，咸丰元年（1851）三月，咸丰皇帝特派文华殿大学士、首席军机大臣赛尚阿为钦差大臣，节制广西地区全部文武官员，并以顺天府尹邹鸣鹤为广西巡抚，加周天爵总督衔，会同向荣专办军务。
咸丰皇帝的这种做法等于是将李星沅边缘化。本就与向荣、周天爵等人不和而身陷孤立境地的李星沅就这样因为皇帝陛下的决定，终于一病不起，不久后在武宣病亡。咸丰皇帝而后又以“拜上帝会”北上象州、周天爵围堵不力为由将其革职，这样一来当时广西的军务就完全交给了赛尚阿。
赛尚阿得到钦差大臣的头衔后，于四月九日（5月9日）起身前往广西。这位首辅大臣虽然文采斐然，但对军事却一窍不通。自从接到皇帝陛下让督办广西军务的谕令后，赛尚阿日夜忧愁，时刻担心自己完不成任务，为此甚至在武英殿大学士卓秉恬为他饯行时痛哭流涕。咸丰皇帝用这样的人督办军务，其效果可想而知。
赛尚阿在六月四日（7月2日）到达桂林后，采取了与李星沅同样的战法，调集三万多兵力，分两路围剿“拜上帝会”。可是经过两个多月的作战，“拜上帝会”居然突围而去。向荣虽然奋力追击，但在官村遇到埋伏，被“拜上帝会”打得溃不成军，被迫逃入平南，称病请假，不敢再与敌军正面交锋，于是“拜上帝会”顺利地向永安挺进。
咸丰皇帝无论如何也搞不明白赛尚阿、乌兰泰、向荣等人，是如何让一伙儿乡野村夫耍得团团转的。问责是不可避免的，赛尚阿坐失剿灭匪患良机，降四级留任；向荣、乌兰泰革职留任。向荣为此心灰意懒，请假赴桂林治病，无论赛尚阿如何劝说也无济于事。最终咸丰皇帝只得将向荣彻底革职，让他随军戴罪立功，调任川北总兵刘长清担任广西提督。
就这样，咸丰皇帝的第二套作战方案以失败告终。
很长时间以来，咸丰皇帝虽然对“拜上帝会”有了个直观认识，但对洪秀全在“拜上帝会”中究竟是什么地位，却并不十分清楚。
咸丰皇帝曾经问过赛尚阿等人，说自己从当地乡绅上奏的情况看，“拜上帝会”中有个“太平王”，每天坐轿进城，而且这个组织中所有的头领都在城内聚集议事，这个头目究竟是谁？赛尚阿给予皇帝陛下的，则是“究系韦政抑系洪秀泉（全），供词往往不一”这样一种模棱两可的回答。上到皇帝下到钦差大臣、军政长官，都对要剿灭的对手的情况不明，可见“拜上帝会”能够从容做大做强，除了自身具有膨胀的内因之外，大清帝国内政的混乱也是间接的助推力。从这个角度来看，咸丰皇帝即位之初的朝纲整顿，就像一棵孤独挺立在田野间的稻草，看似挺拔实则经不起风吹雨打。
如今，“拜上帝会”已经到达永安，再往前一步就出广西地界了，咸丰皇帝当然不允许这股“乱匪”闹腾出广西。因此他谕令赛尚阿务必夺回永安城，绝不能放“拜上帝会”出广西。
赛尚阿丝毫不敢懈怠，集中四万六千兵力，分两路进兵围攻永安城。当时，咸丰皇帝认为赛尚阿身在阳朔，距离永安尚有一百多里的距离，对其是否能够及时准确地得到前方战况方面的消息深表怀疑，而事实也证明了这种怀疑并非多余。一连四个月，虽然赛尚阿将“拜上帝会”牢牢围在了永安城中，但是却丝毫不能奈何他们。咸丰皇帝下诏，希望赛尚阿能够再靠近永安一点儿，并严令要速战速决，如果再继续拖延下去，就法办赛尚阿。
可即使这样，赛尚阿的无能还是充分体现了出来，咸丰皇帝下达诏令一个多月后，“拜上帝会”竟然从永安突围，北上突袭桂林。向荣势单力孤，只能固守待援，乌兰泰得到消息后虽然尾追，却在一次乱战中被火炮击中身亡，至此清军想要在广西拦截住“拜上帝会”已经不可能了。赛尚阿也知道如今的形势已经不是他所能左右，于是干脆上奏称病，主动请求咸丰皇帝将自己治罪。
值得一提的是，永安是“拜上帝会”自起义以来攻占的第一个城市。虽然他们在这里被清军包围数月，但因为赛尚阿的无能怯战，致使清军并没有大规模攻城，“拜上帝会”反而在永安完成了各项建制工作，史称“永安建制”。
首先是确定官制，确立了洪秀全的天王地位，又封杨秀清为东王、萧朝贵为西王、冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王；然后是颁行“天历”，废除清朝纪年；颁布“三谕”：《奉天讨胡檄布四方谕》《奉天诛妖救世安民谕》《谕救一切天生天养中国人民谕》；规定严禁私藏金银财物；令会众蓄发并刊行官方文书。
永安建制初步确立了太平天国的各项体制，也使得太平天国初具建国规模。然而值得注意的是，永安封王体系并没有摆脱中国封建政治传统，也就是说太平天国自己标榜信仰西方基督教义，也因此起家，但到了永安建制时，却没有继续遵循基督信仰，而是回归到了中国封建传统的官员设置结构。很多史料记载，永安建制的规定约束了下级士兵的行为，却对其上层领导核心人员的约束不够。例如规定士兵要遵循一夫一妻制，可是据史料记载，洪秀全当时就娶了好几个老婆，而杨秀清、韦昌辉等人也都有好几个小妾。因此永安建制可以说是太平天国自起义以来的第一个分水岭，既是做大做强，与大清帝国争夺半壁江山的开始，同时也是其背离最初信仰的开始。
永安建制之后，军队正式更名为太平军，开始走出广西向长沙进攻。咸丰皇帝苦于朝廷内无人可派，只得密令徐广缙为钦差大臣，接办广西军务。可是徐广缙也是个和赛尚阿一样的无能之辈，接到诏令后迟迟不敢北上，而此时向荣也因为惧怕太平军而请求开缺。咸丰皇帝无奈之下只得将向荣革职，以福兴为广西提督，总领广西军务。
长沙当时是一座军事重镇。太平军自其起义以来，还没有攻打过如此重镇，由于经验的欠缺，一连围攻长沙多次都没有成功。因为担心清军会逐渐缩小对自己的包围圈，太平军决定放弃长沙转攻岳州。当时谁也没想到太平军会舍近求远，因此岳州根本没有进行战斗准备，很快就被太平军攻下。在岳州，太平军得到战船五千余艘，取得了大批火器弹药，实力进一步增强，然后于十一月水陆并进直取武汉。引用王定安编写的《湘军记》中的一句话，太平军“所过城镇，望风披靡”。
太平军进展如此神速，大大出乎咸丰皇帝的预料。得到太平军已经攻下岳州的消息时，他在惊恐之余命令徐广缙必须迎头拦住太平军，可是诏令刚刚发出去，太平军已经到了武汉。此时向荣倒是从大局出发，虽然已被革去提督头衔，但依旧领军追赶太平军。咸丰皇帝终究念他是个行军打仗的行家里手，赏还了他的提督头衔，继续督办军务。
咸丰二年十二月四日（1853年1月12日），随着重炮的轰隆声，武昌的文昌门被太平军轰塌。太平军成功占领武昌，清军纷纷溃退，湖北巡抚常大淳自杀。徐广缙明知道情况紧急，但依旧畏惧不前，以防止太平军回走为名，驻扎在岳州不动。
当时，安徽巡抚蒋文庆上书弹劾徐广缙。咸丰皇帝将所有的火气全都撒在了徐广缙身上，下令将其革职查办，并抄没其家，以向荣为钦差大臣，专办军务。至此，咸丰皇帝为了镇压太平军而四易主帅。从向荣的被革职至被起用的过程，可以看出咸丰皇帝当时也是手足无措、六神无主。
太平军成功占领武昌，意味着再往前一步就可以越过长江，因此没能在广西剿灭太平军的咸丰皇帝，继续调兵遣将，无论如何也要将太平军拦截在长江以南。为此，他命令云贵总督罗绕典率军驻防荆襄地区，以两江总督陆建瀛为钦差大臣做好安徽、江苏地区的防务工作，以河南巡抚琦善为钦差大臣，驻防湖北、河南。咸丰皇帝希望通过战区式的备战，让上述地区尽快做好抵抗太平军的准备。然而事实却是，这种安排虽然让大片区域参与到防守太平军的任务中来，但除了向荣一路稍显兵强马壮之外，其他地区由于覆盖面过广，致使不能做到兵力集中，全都是势单力孤。
反观太平军，从广西出来之后，一直没有分兵作战，这也使得他们能够始终集中优势兵力。除了在征战中损失了“拜上帝会”的创始人南王冯云山，以及围攻长沙不克时损失了西王萧朝贵，可以说太平军所到之处无坚不摧。现在他们到了武汉，前方就是长江，过江之后该去往何方，是洪秀全等领导核心需要决定的事情。
在太平军停留在武昌的一个多月里，洪秀全、杨秀清等领导核心针对未来该往何处去的问题，进行了详细研究，也经过了不少争论。当时大致分为两种意见，一种是直取北京，另一种是攻占南京作为都城。
如果抛开太平军当时的实际情况，这两种意见都有道理，直取北京属于速战速决，攻取南京则是意图建立稳固的根据地，属于稳扎稳打。但是太平军自广西金田起义以来，一路向北已经两年有余，还没有稳固的根据地，而且粮草补给始终是个大问题，如果渡过长江继续一路向北，会越来越陷入孤军奋战的境地。而南京所在的长江一带，是当时物产最为富饶的地区，对于太平军这样没有稳固根据地的起义军来说，是一个非常好的去处，不仅粮草可以得到源源不断的供应，还可以以此为根据地做到进可攻退可守，这就是当时洪秀全所定下的“专意金陵”之策。
当然，洪秀全等人决定攻占南京，除了具有战略考虑之外，南京地区的繁华与那里的脂粉，也是这些从山沟里出来的农民向往的。人都有惰性，后来的事实证明，惰性在太平军身上体现得尤为明显，这或许是他们“革命不彻底”的一个重要原因。如果说永安建制暴露了洪秀全等人的信仰问题的话，那么在武昌定下的“专意金陵”之策，至少让人怀疑他们“革命”的初衷，搞不清楚他们究竟是革命者，还是仅仅因为不满社会利益分配就揭竿而起的暴动者。
咸丰三年正月二日（1853年2月9日），天王洪秀全决定放弃武昌沿长江东进。太平军以迅雷不及掩耳之势冲破湖北清军的防线，打败陆建瀛在“鄂东咽喉”武穴镇南布置的江防军，成功占领九江后，又攻下安庆，击毙安徽巡抚蒋文庆，于正月二十八日（3月7日）攻下和州，进而兵临南京城下。
当时的两江总督陆建瀛龟缩在城内不敢出战，整天只知道求卦问卜，不做任何防御准备。咸丰皇帝将陆建瀛革职查办，以江宁将军祥厚为钦差大臣。二月十日（3月19日），咸丰皇帝得到一个让他差点昏厥的消息：镇守镇江的江苏巡抚杨文定，看到来势汹汹、兵众绵延十余里的太平军后，吓得逃往苏州，太平军攻破南京城，斩杀陆建瀛、祥厚等人，全歼驻防南京的旗兵，将南京改称天京，作为太平天国的首都。
太平天国定都南京，意味着其成立了南方政府，与大清帝国的首都北京，形成分庭抗礼之势。大清帝国建立二百多年来，还没有任何一股势力如此嚣张，居然能够称王建国，公开与大清帝国争夺江山，这实在让咸丰皇帝无法接受。
如今太平天国已然成势，大清帝国由于官员的无能，既没能在广西将其剿灭，也没能在长江将其截住，现在他们到了南京，在咸丰皇帝看来，他们是不会停止脚步的。因此他重新任命官员，以怡良为两江总督，调托明阿为江宁将军，许乃钊暂署江苏巡抚。同时他也启动追责程序，下令将此前畏怯不战的赛尚阿斩首，徐广缙定为“斩监候”之罪。在咸丰皇帝看来，先前剿灭太平天国的失败，都是这些无能的大臣造成的，当然他也不会真正明白，洪秀全等一干山沟里的农民会将脑袋绑在裤腰带上“闹革命”的真正原因。
不过，让咸丰皇帝没有想到的是，他认真做好了下一步的防御工作，旨在防止太平军继续北上，然而随着时间的推移，太平天国似乎并没有大举北上的意图。南京城一片歌舞升平，咸丰皇帝得到的消息是：太平天国只有大约两三万人，在天官副丞相林凤祥和地官正丞相李开芳的带领下，从扬州出发，开始向北方进军。
“专意金陵”之策，是太平天国高层定下的战略目标，现在他们终于到达了富庶的金陵地区，这里的美酒与脂粉让他们流连忘返。所有这一切在逐渐消耗洪秀全等人的进取心，身在南京王府内的高层们，随着处境和身份的变化，正在慢慢地改变思想。
在部分将领的积极建议下，洪秀全此时倒还能虚心纳谏，还没有彻底丢掉与大清帝国争夺江山的梦想与野心—在占领南京的一个多月后，洪秀全决定派出北伐军直取北京。
在林凤祥和李开芳的率领下，将近三万北伐军分三路由浦口登陆，渡过长江后开辟第二战场。洪秀全对他们的指示是：
师行间道，疾趋燕都，无贪攻城夺地糜时日。
也就是说洪秀全为这次北伐定下的战略是，不要在路上耽误太多时间，不要将时间浪费在沿途城池的攻坚上，而是要以最快的速度直捣北京城。
事实上这还是太平军从金田到南京一路征战不建根据地的战法，虽然看似简捷有效，但实则是孤军奋战。此时咸丰皇帝则已经不再是对洪秀全不甚了解，经过三年的交手，他已经对太平天国有了深入的认识，对这个要与自己争夺天下的对手给予了足够的重视，因此洪秀全的北伐军注定不会再像刚从金田出来时那样战无不胜。
北伐军最初进入安徽境内时，倒是势如破竹，连战连胜，如入无人之境。当时清政府在安徽的守卫极其薄弱，巡抚李嘉瑞刚刚上任不久，还没来得及对省城庐州进行布防，工部侍郎吕贤基屯住宿州，所办团练尚未成军，而督办安徽军务的兵部侍郎周天爵，手下兵力不足一千。早在北伐军尚未到达安徽时，周天爵就极力请求咸丰皇帝派出援兵，上奏说想要防守住太平军，必须有雄厚的兵力，现在的太平军已经不是当初在金田山沟里打游击的乌合之众，以安徽目前的兵力来看，根本守不住各条要道。
周天爵话外的意思就四个字：安徽告急！当时太平军已经开始准备渡江，咸丰皇帝得到周天爵的上报后，立即调尚在奔赴山东途中的四千名陕甘兵前往增援，并诏令四川总督慧成在紧急情况下，分兵支援安徽。
当北伐军进入安徽后，周天爵再次请求增兵，他认为皖北地区还是兵力不够，而且可用的将领也少。咸丰皇帝为了保险起见，特派河南巡抚陆应谷发兵增援，可是又担心北伐军分兵进入河南，因此三天后改了主意，谕令托明阿带兵进入安徽，陆应谷前往谷城进行堵防。两天后又谕令钦差大臣琦善总领江北诸军，又以湖广总督张亮基、湖北按察使江忠源统领兵勇奔赴安徽。
按说咸丰皇帝增援安徽的兵马着实不少，可事实证明这些援军并没能发挥多少作用。北伐军通过临淮关后，攻克凤阳、怀远，又向西攻占了蒙城、亳州，在当地捻军的主动配合下，很快就进入了河南境内。
咸丰皇帝在周天爵的要求下，于五月二日（6月8日）命令奕经带兵奔赴徐州堵防北伐军。但是北伐军并没有进攻徐州，而是沿着黄河向西北方向的归德（商丘）挺进。在攻下归德后，北伐军获得了大量的火器弹药，使得装备得到了进一步加强。
归德的正北不远处就是黄河。当时北伐军想从刘家口渡过黄河，经由山东进攻北京，可没想到清军虽然抵抗能力不足，但却摆出一副破釜沉舟的架势，主动烧毁渡桥，让北伐军无法渡河。刘家口是北伐军渡河的最好选择，因为只要从那里渡过黄河，前方就是一马平川。无奈之下，北伐军只得转道一路向西，连续攻克宁陵、雎州、杞县、陈留等地，顺利抵达开封府外十八里的太平岗。
太平天国的北伐军虽然一路向西攻克众多城镇，但从战略角度看，洪秀全“疾趋京师”的想法在客观上没能得到贯彻执行。北伐军攻克的城镇多，也就意味着自身在消耗着巨大的兵力。而且当时开封城外有深沟两重，周围一片旷野，离黄河还有二十里远，周围也无船只，守卫开封城的有一千五百余名士兵。尤其让北伐军颇为郁闷的是，当时大雨天气，迫使北伐军只得转走宋仙镇寻求合适的渡河地点。
咸丰皇帝得知太平军兵临归德，立即命令直隶总督讷尔经额在本省增兵设防，阻止太平军北渡。为此特意派理藩院尚书恩华前往堵截，命令奕经、江忠源等兼程奔赴河南，陕甘总督舒兴阿、陕西巡抚张祥河酌量派兵增援，并命令胜保也迅速赶赴河南，山西巡抚哈芬布在重要隘口设重兵布防。为了更有效地统一步调，咸丰皇帝又命令河南全境诸军统归托明阿节制调遣。
五月十四日（6月20日），咸丰皇帝得到消息，太平天国的北伐军准备在刘家口抢渡黄河，而且已经攻占了归德府。本来咸丰皇帝认为凭借黄河天堑和已经布防的重兵，是可以阻挡住太平军的，可是当时理藩院尚书恩华误报说北伐军已经开始抢渡黄河，于是咸丰皇帝急令恩华就近堵截。不久后消息又得到纠正，咸丰皇帝为了防止北伐军在河南境内继续攻略，又让恩华急赴河南。
咸丰皇帝此前派往河南增援的清军很是惧怕北伐军，全都不敢进入河南境内，让恩华赶赴河南实是无奈之举。例如周天爵借口防止北伐军东下徐州，就带领人马经由河南永城返回了徐州，奕经也借口增强徐州防务力量而原地不动。当时河南境内只有托明阿和善禄两路人马，因此他们就承担起了堵截北伐军抢渡黄河的重任。
太平天国北伐军在汜水渡河，托明阿和善禄两路人马加起来也只有数千人，从数量上看是难以阻挡北伐军的，而且托明阿和善禄两路人马距离汜水过远，等到五月二十八日（7月4日）他们到达汜水时，北伐军大部分主力已经渡过黄河，只有未及渡河的千余人得到清军赶到的消息后，担心抵抗不住，经河南、湖北南下回返与太平天国西征军会合。也就是说北伐军在抢渡黄河的过程中，基本没有遇到清军的有效阻击。成功渡过黄河的北伐军立即展开对怀庆府的进攻。
知府余炳焘率兵万余人坚守城池。如果怀庆府丢失的话，北伐军再往前就会进入直隶境内，这对于大清帝国来讲无疑是十分危险的。六月八日（7月13日），咸丰皇帝任命文渊阁大学士、直隶总督讷尔经额为钦差大臣，节制河南、河北诸军，任命理藩院尚书恩华和托明阿为帮办大臣，全力阻击太平天国北伐军。六月十日（7月15日），托明阿、善禄两路人马全部渡过黄河赶到怀庆城外，稍后胜保、山东巡抚李惠领兵六万也到达怀庆地界。清军五路大军开始围攻太平天国北伐军。
北伐军当时对怀庆府采取的是“周树木栅”的长围之计，在清军五路大军赶到之前，已经围了将近一个月，怀庆城内已经断粮。据后世一些历史学家推测，如果增援的五路清军没及时赶到，怀庆城再围上三天必陷落无疑。或许这就是天意，北伐军急于北上，听到清军增援人马到来的消息后，主动撤围，人马进入山西省，这样就暂时远离了直隶，也使得北伐军不得已继续消耗着自身的能量。
本就只有两三万人马的北伐军,进入山西后连克数县，再转向河南进入直隶，绕这么个大圈子，已经是一支疲惫的孤军之师。即使这样，他们还是攻陷了河南、直隶两省的锁匙之地临洺关，然后十天内连续攻克沙河、任城、隆平、柏乡、赵州、栾城、藁城、晋州、深县等九个城池，直逼保定府。
咸丰皇帝怎么也不会想到，太平军居然能从广西一路打到直隶，恐慌之下他立即下令必须全力阻截。这已经不是皇帝陛下第一次下这样的命令了，然而那些执行命令的军事长官根本无法阻挡住太平天国北伐军的脚步，这让咸丰皇帝十分头痛和不安。为了不让北伐军靠近京师，咸丰皇帝决定搬出皇亲国戚作为统兵官，以自己的禁卫部队作为主要力量，全力阻击。
九月九日（10月11日），咸丰皇帝任命惠亲王绵愉为“奉命大将军”并赐锐捷刀，以御前大臣科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，赐讷库尼素光刀，并调拨健锐营、外火器营、两翼前锋营、八护军营、巡捕五营及察哈尔兵共计四千五百人，即日出京会同钦差大臣胜保合力阻击太平军。这些兵马出京后，咸丰皇帝依旧不放心，又派定郡王载诠、内大臣璧昌办理北京巡防事宜，次日又增派恭亲王奕共同参加办理。
九月十一日（10月13日），太平天国北伐军进至张登集，距离保定府只有六十里。京师的那些达官贵人听到这个消息后，顿时闻风丧胆，纷纷逃跑。据郭廷以的《太平天国史事日志》记载：
时北京官民逃迁者三万户。北城一万八千户，仅余八千户。
邓文滨的《醒睡录》也记载：
各街巷十室九空，都中大员家眷及官绅商民，无不如鸟兽散，王公大臣皆涕泣丧胆，眼眶肿若樱桃。
纵观当时北京城的情况，从皇帝到百姓已经是乱作一团，咸丰皇帝派出自己的禁卫部队，也是死马当活马医。这种情况下，如果太平天国北伐军直取北京，尽管疲惫的部队已经是强弩之末，但如果战术对头，也并非没有攻取京师的可能。然而，北伐军没有从保定直接进军北京，而是转向东进，意图攻取天津。
史料上并没有明确记载，太平天国北伐军转道攻取天津的意图是什么。有些史学家猜测是为了截断咸丰皇帝出逃的线路，也有人认为，以北伐军当时的实力，已经没有攻取北京的必胜把握，毕竟在此之前这支部队已经孤军奋战了很长时间，能够打到靠近京师腹地的区域，已经实属不易，而转道攻取天津有进可攻退可守的意图。不过，这就让北京城得到了喘息的机会。
咸丰皇帝在九月二十日（10月22日），命令僧格林沁派官兵三千人赴胜保军营，调集热河等士兵一千九百人增补僧格林沁军营，三天后又命令土默特贝子德勒克色楞带东三盟官兵三千人赴胜保军营，谕令德勒克色楞也协助帮办军务，意图尽最大努力将太平天国北伐军拦在京师之外。
太平天国北伐军沿运河北上，以最快的速度连克沧州、青县，进占静海，并分兵攻克独流镇、杨柳青，距离天津府只有十里。天津知府钱炘和、知县谢子澄招募壮丁四千人，当地地主豪绅办理团练两千人，加上驻守的清军共计七千人防守天津。如果说太平天国北伐军只是面对天津这些守军，倒还可以应付，可是咸丰皇帝已经派胜保和僧格林沁从背后追击而来，北伐军担心腹背受敌，于是退守静海、独流、杨柳青一带，在那里与清军相持了三个月。十一月二十三日（12月23日），太平天国北伐军于独流镇采取诱敌深入之策，大败胜保、德勒克色楞军，斩副都统佟鉴、天津知县谢子澄。
从战术角度看，太平天国北伐军在独流镇打了胜仗固然有利，但从战略角度看，这一战让咸丰皇帝更加恼羞成怒，不仅责罚了胜保和德勒克色楞，更将讷尔经额定为斩监候。同时继续增派兵马，命令僧格林沁与胜保合兵一处，集中优势兵力歼灭已经成为强弩之末的太平北伐军。
以后世的观点来看，独流镇一战是太平天国北伐军最后的辉煌，因为此时这支部队只剩下不足万人，而这一战后咸丰皇帝增派的援军多达三万之众，在这种窘境下，林凤祥、李开芳决定保存实力主动南撤。
咸丰四年（1855）二月，太平天国北伐军退至直隶阜城，在一次与清军的遭遇战中平胡侯吉文元战死。北伐军在阜城坚守两月，人马急剧消耗。四月间，林凤祥、李开芳眼看兵马消耗殆尽，于是自阜城强行突围，至东光县试图稍事休息，但是僧格林沁的人马四面堵截，挑挖长濠阻挡北伐军的去路。
值得一提的是，北伐军自独流镇一战撤退之后，洪秀全、杨秀清似乎意识到了什么，于是从南京派出援军渡过长江意图增援北伐军。五月间，林凤祥得知援军到达山东的消息后，由李开芳率领两千骑兵突围南下准备迎接。可是当李开芳到达高唐州时，援军已经被清军击溃，再想北返，清军已经截断其归路，于是只能据守高唐州。
林凤祥和李开芳被清军阻隔，使得北伐军实力更加削弱。咸丰五年（1855）正月，僧格林沁率军攻陷东光，林凤祥身受重伤，退入事先挖好的地道，没想到被叛徒施绍恒出卖，最终被俘，后押解进京被凌迟处死。
李开芳得知林凤祥被俘后，带领仅剩的八百人自高唐州突围南撤，经过奋力拼杀，到了冯官屯再也不能向前一步，只得掘濠守城。僧格林沁则引运河水灌冯官屯，李开芳带着人马突围很多次都未能成功，最终因寡不敌众被俘，也被押解进京凌迟处死。
至此，太平天国北伐军在奋战了两年多、转战六个省之后，终究还是没能攻到北京城。不过这已让咸丰皇帝惶恐至极，为了阻击这支北伐军，咸丰皇帝可以说集中了所有的精兵强将，甚至动用了自己的禁卫部队，先后更换琦善、讷尔经额、胜保三个钦差大臣，委任三个皇亲国戚，总共调动了十余万清军，才将北伐军镇压下去。这也从另一个侧面证明了当时清军的战斗力是何等孱弱。
而站在太平天国的角度看，洪秀全为北伐制定的“疾趋京师”的策略，不能说是错误，但仅动用两三万太平军就想打入大清帝国的政治心脏，无异于痴人说梦。后来太平天国忠王李秀成在天京陷落被俘后，总结出了“天国十误”，其中头三条就是针对这次北伐：
一、误国之首，东王令李开芳、林凤祥扫北，败亡之大误。
二、误因李开芳、林凤祥扫北兵败后，调丞相曾立昌、陈仕保、许十八去救，到临清州之败。
三、误因曾立昌等由临清败回，未能救李开芳、林凤祥，封燕王秦日昌复带兵去救，兵到舒城杨家店败回。
李秀成总结认为，让林凤祥、李开芳仅带领两三万太平军进行北伐，本身就是个错误，虽然洪秀全后来派出增援部队，但为时已晚。以洪秀全为核心的天国首领们，不可能不知道孤军深入意味着什么，或许在他们看来，北伐不过是例行公事而已，身在金陵脂粉之地的首领们已经逐渐丢掉了最初的梦想。
太平天国在派出北伐军后不久，就做出了西征的决定，其目标是首先夺取对于首都天京具有战略意义的武汉、九江、安庆三座城池，目的是为了控制长江中游，以屏障天京。当时统率西征军的主要将领有春官正丞相胡以晃，夏官副丞相赖汉英，殿左一检点曾天养，殿右八指挥林启容，殿右十二指挥白晖怀等人。
咸丰三年（1853）四月，西征军首先攻占安徽和州，正式拉开了西征序幕，五月初攻克安庆，而后开始向江西进军。
赖汉英率领西征军进入江西后，首先攻占了湖口，派水师进入鄱阳湖。五月十八日（6月24日），太平西征军进攻南昌。清军防守兵力五千人，事先对太平西征军的进攻毫无察觉，误认为到来的是向荣在南京城外遣散的水兵，直到太平天国西征军兵临南昌城下，清军才恍然大悟。湖北按察使江忠源和江西巡抚张沛，慌乱之中下令烧毁南昌城外民房，同时也使得中国四大名楼之一的滕王阁受到损毁。
南昌城当时一片慌乱，江忠源担心抵挡不住太平天国西征军的进攻，于是向咸丰皇帝急速求援。事实上早在五月十五日（6月21日），咸丰皇帝就已经让湖广总督张亮荃派兵前往南昌接应，五月十七日（6月23日）又谕令云、贵两省各自派兵两千，奔赴湖南以备调遣。当太平天国西征军兵临南昌城下时，咸丰皇帝又让向荣派兵支援南昌，六月十一日（7月16日），又让湖南巡抚骆秉章与曾国藩派兵驰援南昌，经过这一番部署，当时在南昌集结的清军总共达到了一万余人。
有了这一万余人的增援，南昌的守备力量顿时得到增强，太平天国西征军多次攻城均无功而返，不得已向天京请援。为了更好地协调西征的整体作战，八月下旬，东王杨秀清派翼王石达开到达安庆，全面指挥西征战事。
石达开经过实地调查，认为南昌久攻不下会严重影响西征军西进的步伐。为了避免过度损耗实力，石达开在奏报东王杨秀清后决定主动从南昌撤围北上，专攻清军防守兵力薄弱的九江。八月二十七日（9月29日），太平天国西征军攻克九江，殿右八指挥林启容镇守九江，这等于打通了长江中下游的水路，也使得西征军改变了最初的西征策略，江西战局陷入沉寂，西征军开始深入皖北地区。
太平天国西征军意图在皖北做文章，不能不说与石达开身在安庆有关，而且也与清军在安徽的防守力量薄弱有关。清朝安徽省的治所原先就在安庆，太平天国起义后，清政府将治所移到庐州。咸丰三年（1853）正月安徽巡抚蒋文庆战死后，安徽防务就由周天爵署理，后来周天爵弹劾安徽巡抚李嘉瑞，结果李嘉瑞被革职，改任江忠源为安徽巡抚。太平天国西征军进攻南昌时，江忠源身在湖北，安徽的兵力本就不足，再加上周天爵于咸丰三年（1853）九月病死在颍州，所以安徽防务的管理是比较混乱和薄弱的。
针对安徽的现状，石达开派胡以晃、曾天养率领西征军在皖北拔除清军的各个据点。九月，西征军攻占了集贤关，十月，进占桐城和舒城，清军督办安徽团练的工部侍郎吕贤基兵败自杀，总兵恒兴退守庐州，太平天国西征军进而逼近庐州治所。
庐州地处江淮之间，是天京的屏障，是双方都要争取的战略要地。十一月间，安徽巡抚江忠源带领兵勇两千余人到达庐州，胡以晃针对庐州城兵力薄弱的缺陷，采取突袭攻城的方式。江忠源虽然集中兵力顽强抵抗，试图等到援军的到来，可是清军的增援人马却被西征太平军拒在庐州百里之外。当时胡以晃连营四百里，阻击各路增援的清军，江忠源寡不敌众兵败投水自杀，太平天国西征军顺利占领了庐州。
事实上，咸丰皇帝在庐州未失守之前，曾经下令让曾国藩带领湘军驰援，不过曾国藩却以船炮还未集中为由，没有执行命令。庐州失守后，咸丰皇帝急调江南提督和春和总督舒兴阿急速奔赴庐州支援，命令江忠源原先留守武昌的人马也奔赴安徽，以漕运都督福济为安徽巡抚，又让琦善派兵四千、向荣派兵两千奔赴庐州，开始对身在庐州的太平天国西征军实行反包围，太平军在皖北开始由进攻转为防御。
太平天国西征军虽然在皖北地区开创了一片天地，但并没有达到最初设定的经略江西的战略目标。东王杨秀清以赖汉英久攻南昌不下为由，命令他撤围回归九江，而后又召回天京革职，除了一部分西征军在皖北继续活动之外，令石祥祯、韦志俊带领西征军的主力部队迅速沿江而上进入湖北。咸丰三年（1853）八月，西征军占领湖北武穴、田家镇，而后乘胜西进，连克黄州、武昌、汉口、汉阳，兵临武汉城下。
当年金田起义后，太平军就攻陷过武昌、汉阳，只是那时太平天国并没有将其纳入自己的版图，而是直奔金陵而去。现在太平军复来，再次攻陷两城，这让咸丰皇帝大为光火。为了保住武汉，咸丰皇帝派兵进入湖北，命荆州将军署湖北提督台涌带领两千旗兵驰援，又命陕甘总督舒兴阿改赴河南，在豫鄂交界处布防，将胜保部下的总兵郝光甲归为舒兴阿指挥，命令新任河南巡抚英桂在豫南布防，并让曾国藩带领湘军奔赴湖北。
咸丰皇帝的这一连串部署，其实很有针对性，毕竟太平天国西征军刚刚进入湖北，咸丰皇帝试图趁其立足未稳，集中兵力阻击。然而咸丰皇帝命令的各路人马除了胜保一路积极主动之外，其他人全都畏缩不前，这就延误了援救武汉的时机。
太平天国西征军行动很快，连克四城之后立即兵临武汉城下，驻守武汉的新任湖广总督吴文熔主张固守，可是巡抚崇纶主张放弃武汉。就在两位军政长官吵得不可开交时，咸丰四年（1854）正月，西征军三次进占汉口、汉阳，迫使吴文熔兵败自杀。而后西征军一路进军鄂西，另一路进军武昌。
西征军将武昌围得水泄不通。咸丰皇帝闻听武昌战事吃紧，再次严令骆秉章、曾国藩领军前往增援，又令江西巡抚陈启迈动用水师战船进行拦击。即使这样，西征军依旧将武昌城隔绝，截断了其与外界的联系。攻打武昌城的西征军将领韦俊误认为武昌城守备森严、粮饷充足，虽然围困了四个多月之久，却未能全力进攻武昌城，这让身在天京的军事总指挥东王杨秀清十分愤怒，他下令命韦俊限期破城。
在杨秀清的严令之下，西征军于六月二日（6月26日）开始奋力攻打武昌城。西征军指挥使陈玉成带领五百名士兵，从梁子湖绕到武昌城东面，顺城而上后将太平军的大旗插在了城头之上，驻守的清军看到后，以为武昌城已经失守，全都一哄而散，西征军一举攻克武昌。
武昌的失守，意味着太平天国西征军控制了湖北的战略要地。当时大清帝国的湖北布政使岳兴阿、按察使曹懋坚等官员被太平军处斩，粮道官李卿谷投河自尽，副都统魁玉、总兵杨昌泗带领残部六千余人逃往长沙。咸丰皇帝闻听武昌失守，下令处斩逃兵，并将台涌革职，以杨霈为湖北巡抚兼署湖北总督，同时严令塔齐布、曾国藩迅速北上增援。
很长时间以来，曾国藩都对咸丰皇帝的增援命令采取拖延之策，几次调动他的军队，他都迟迟不动，原因就在于他所掌控的“湘军”不是大清帝国的国家军队，而是他自己在家乡湖南招募的私兵。
关于湘军以及私兵，后边我们会详细说到。曾国藩接到咸丰皇帝的命令后，在咸丰三年（1853）十二月到长沙训练湘军。从咸丰四年（1854）正月起，他自横州启程北上，带领湘军一万七千余人水陆并进，北上阻击太平军。二月，在宁乡首先与太平军将领石祯祥展开遭遇战，曾国藩本以为自己的湘军战无不胜，可是不承想刚一接战便被太平军打了个大败，湘军头领储玫躬被击毙，曾国藩遭遇当头一棒，不得已退守长沙。
一个月后，太平军进攻岳州，曾国藩再次遭遇惨败。岳州一战曾国藩损失最大的是水师，因此在湘潭之战中，曾国藩添造了众多水师战船，想要重新证明湘军水师的威力。
四月间，曾国藩率领湘军水师战船四十余只，步兵六百余人，向靖港发起进攻，石祯祥用火炮展开轰击，曾国藩方面的火炮力量极其微弱，结果再次遭遇惨败，步兵六百余人尽皆溃逃。当时曾国藩身边只剩下十几名随从，这位心高气傲的湘军统帅备感羞愧，想要投水自尽一死了之，结果被随从救起，慌乱之中逃回长沙。
靖港之战是曾国藩一生中最为狼狈的时刻，自此之后他开始扶摇直上，进而逐渐成为大清帝国的中兴名臣。
逃回长沙的曾国藩不仅要承受战败的屈辱，还要承担朝廷中很多人的非议与弹劾。很多人认为，曾国藩不仅没能充当援救别人的角色，自己反而损兵折将，致使湖南战局急转直下。事实上这些人是对曾国藩招募私兵颇为不满，本来招募私兵就有坐大之嫌，现在还打了败仗，在很多人看来曾国藩必须承担罪责。
曾国藩内心承受着极大的压力与痛苦。招募私兵是大清帝国前所未有的事情，是曾国藩积极主动建议皇帝允许自己这样做的，大清的军队因为长时间的腐化、慵懒、堕落，已经不能承担起挽救帝国危亡的重任，镇压太平天国只能依靠这些军政大员招募能征善战的军队。
曾国藩的湘军应运而生。但是曾国藩也清楚，湘军只有不断地打胜仗方有立足之地，可是现在他却在靖港之战中一败涂地，将湖南的有利形势拱手让于太平军，这就使得招募私兵的弊端一下子被人无限放大。
面对铺天盖地而来的非议与弹劾，虽然遥远的北京城还没有任何反应，但是作为一个饱读圣贤书的儒家官僚，曾国藩十分在意自己的名誉，在已经看透很多事是“知事之不可为”的情况下，他想到了自杀，甚至已经写好遗嘱买了棺材。
但正所谓“山重水复疑无路，柳暗花明又一村”，就在曾国藩准备在长沙的老家结束生命的时候，一个让他重新振奋的消息传来—副将塔齐布带领湘军在湘潭大败太平军。
曾国藩十分清楚皇帝陛下虽然重用了一些汉臣，但内心深处对汉族人还是十分忌惮。塔齐布虽然是自己的下属，但作为一个旗人，曾国藩知道塔齐布要比自己更受皇帝陛下的信任。如果自己不借重塔齐布旗人身份的优势，想要成功组建湘军几无可能，于是曾国藩便结纳塔齐布，而塔齐布也想依靠曾国藩发迹，于是双方名为上下级关系，实则犹如兄弟。
这次曾国藩靖港惨败，塔齐布决定要为曾国藩雪耻，于是他拼命表现自己，冒雨训练士兵，终于在咸丰四年（1854）四月初，带领湘军依靠洋枪洋炮在湘潭大败太平军，为曾国藩立下战功。
太平军在湘潭战败，影响了当时整个西征的战局，太平军由此被迫退出靖港，指挥湘潭作战的太平军将领林绍章被杨秀清革职，重新调回湖口协助守城。太平军被迫撤退转入守势，这就为曾国藩带来了战机。曾国藩终于看到了一雪前耻的机会，于是他在六月间指挥湘军水陆两师共计两万人进攻岳州，试图重新掌握湖南战局的主动权。
应该说曾国藩的确是有备而来，几场战役下来都让曾天养难以取胜，不得已只得退出岳州。后来还是因为石达开不断派出增援部队，太平军集中优势兵力，才将曾国藩的水师部队消灭了将近半数。而从当时岳州所处的地形来看，水师部队无疑有着至关重要的作用，曾国藩的水师部队暂时青黄不接，所以只能依靠洋枪洋炮。不过通过实战证明，塔齐布能用洋枪洋炮打败太平军，曾国藩也可以继续尝试。
于是当七月十八日（8月11日）曾天养带领三千士兵向塔齐布发起进攻后，曾国藩让塔齐布继续用洋枪洋炮猛烈轰击太平军。当时曾天养虽然已经六十高龄，但却不畏强敌只身冲入敌阵，想要直取塔齐布，却被塔齐布的部将黄明魁一剑刺中。虽然曾天养也回身刺伤黄明魁，但因为年事已高最终力竭阵亡。太平军士兵眼看主将阵亡，顿时军心大乱，最终被清军击溃，不得已向武昌退去。
曾国藩两次依靠洋枪洋炮打败了太平军，这让他重新认识了西洋火器，在他给咸丰皇帝的奏报中，总结说湘潭、岳州之战，湘军之所以能够重新掌握湖南的有利战局，就是得益于洋枪洋炮的威力。咸丰皇帝得到曾国藩的奏报后，立即让两广总督叶明琛、广东巡抚柏贵选派善用火炮的将官归为曾国藩使用，同时继续购买洋枪洋炮交付湘军，希望曾国藩能够继续在镇压太平军的战争中大显身手。
在取得岳州大捷后，曾国藩一鼓作气地向武汉发起进攻。当时太平天国西征军镇守武汉的是统将“国宗”石凤魁，这个人虽然勇猛，但刚愎自用，对军事指挥一窍不通，最多算是个上阵杀敌的好手。石达开担心以石凤魁的能力不足以守住武汉，因此特派地官副丞相黄再兴前往武汉协助防守。但石凤魁认为黄再兴的到来可能会威胁自己的地位，于是在黄再兴的援军还没到达时，便主动出击与曾国藩的湘军接战。当时太平天国西征军缺少湘军那样的洋枪洋炮，因此抵挡不住湘军的猛烈轰击，武汉不久后即宣告失守。
武汉失守意味着太平天国的天京失去了西面的屏障之地，虽然燕王秦日纲后来在田家镇设防死守，与湘军大战于半壁山，试图阻挡住曾国藩东进的步伐，但却中了湘军的火攻之计，损失了大小战船四千余只，不得已只能继续向后退守黄梅一带。
曾国藩正可谓是咸鱼翻身，不仅扭转了颓势，而且一路急速向东推进。在曾国藩看来，如果照这个进度前进，用不了多久就可以打到南京城下。曾国藩当时颇为自信，他在给咸丰皇帝的奏报中写道：
“臣等一军，以肃清江面，直捣金陵为主。”
曾国藩俨然已经将攻取南京作为他的主要目标。但事实证明，他的自信显得有些过于轻率，因为此时真正的对手还没有正式出现在他面前，例如石达开和罗大纲。
武汉失守时，东王杨秀清命令翼王石达开和冬官正丞相率军增援。石达开深知与湘军交战，只能用计取胜而绝不能蛮干。当时为太平军制定的策略是：深挖沟，广修垒，坚壁清野以疲惫湘军，用争取主动的策略，重点消灭湘军的水师部队。为了尽可能地打击湘军水师，石达开让太平军每夜骚扰湘军水师，在岸上用火球、火箭抛掷敌船，并且在两岸设置千余人大声呼喊以虚张声势，致使湘军水师彻夜严防死守不敢怠慢，时间一长，湘军水师疲惫不堪。
石达开的侵扰水师策略，让曾国藩很是头疼。从地理位置来看，当时曾国藩已经远离了湖南老家，属于远征作战，因此曾国藩是耗不起的，于是他下令快速与太平军接战，尽快向南京进发。
对于曾国藩的意图，石达开很快便知晓了，但这位作战经验十分丰富的翼王，并没有立即选择与湘军交战，而是采取诱敌深入的策略，主动撤掉湖口的守军。他要利用曾国藩急于求战的心理，为其扎一个大口袋。
咸丰五年十二月十二日（1855年1月29日），曾国藩命令湘军水师营官萧捷三率领一百二十余艘轻便之船，从湖口深入鄱阳湖。石达开得到消息后，立即让罗大纲列阵将湖口堵塞，以断湘军的归路。深夜时分，罗大纲带领太平军火烧湘军战船，再加上岸边的士兵不断呼喊，虚张声势，造成了湘军水师极大的恐慌。太平军趁着湘军军心大乱，开始向其水师发起进攻，曾国藩在惊恐之下丢掉了自己的座船，最终败退九江。
曾国藩没有想到，这一战自己的水师居然被太平军打垮，仅剩下百余只战船，同时，九江江面上的湘军水师部队也被太平军肃清。石达开命令林启容坚守九江，然后自己带领主力部队乘胜西进，开始向湖北发动反攻。
应该说湖口之战让曾国藩重新恢复了理性，也让他认清自己打了几个胜仗，绝不意味着就可以轻易攻到南京，太平军当中还有石达开、罗大纲这样的强劲对手，更何况南京城里还有个统筹战略全局的杨秀清。因此，在水师部队损失殆尽的情况下，曾国藩决定在没有必胜的把握下不轻易与太平军接战。
曾国藩虽然有着自己的盘算，但形势并不能按照他的意志去转变。咸丰五年（1855）二月，东王杨秀清命令燕王秦日纲、“国宗”韦国俊、检点陈玉成再次进攻武昌。太平军攻势凌厉，驻守武昌的湖北巡抚陶恩培、知府多山等多名清朝大员阵亡。曾国藩看到太平军来势凶猛，稍作抵抗后便带领湘军退入南昌。咸丰皇帝闻听太平军第三次攻占武昌的消息后惊恐万分，立即以布政使胡林翼署湖北巡抚，道员李孟群署湖北按察使，并急令曾国藩立即进攻九江，以缓解武昌方面的压力。
曾国藩避战的算盘就此落空，先前他多次对咸丰皇帝的指令采取拖延之策，然而现在由于形势不同，他不能再以“水师被打残”为由而不执行皇帝陛下的命令，因为他知道由于太平军的肆虐，咸丰皇帝已经快要到了崩溃的边缘，如果自己再推拖不前，很可能会被皇帝陛下治罪。他只能牙掉了往肚子里咽，命令部将塔齐布率领陆军进攻九江，可是由于湘军仓促上阵，加上太平军守将林启容的固守，湘军在九江连吃了几个败仗，塔齐布因为久攻不下最终忧愤成疾而亡。
曾国藩不仅没能解皇帝陛下的燃眉之急，还在九江损失了一员心腹爱将，这让他备感郁闷。但是咸丰皇帝并不会理解曾国藩的苦衷，继续下令让他进攻崇阳，试图阻挡住太平军进入江西的步伐。可是由于曾国藩的消极，使得湘军在崇阳再次被太平军打败，而后一路进入江西势如破竹，攻占了八府五十余县。
气急之下的咸丰皇帝又让曾国藩协助湖北巡抚胡林翼进攻武昌。这一连串的反应和指挥，本身就是因为气急败坏而毫无章法，所以结果可想而知。咸丰六年（1856）三月，湘军将领罗泽南在武昌城下被太平军火炮击伤，不久后死去，曾国藩不得已退守南昌。他放眼四周援军无望，顿时心生哀叹：
道途久梗，呼救无从，中宵念此，魂梦屡惊。
曾国藩明白眼下由于太平军肆虐，自己的日子并不好过。事实上，远在北京城的咸丰皇帝日子同样不好过，因为当时遭遇惨败的不仅仅只有曾国藩的湘军，一直试图围攻太平天国都城天京的江南、江北大营也重蹈着曾国藩的覆辙，甚至遭遇了灭顶之灾。
当太平军在武汉决定前往南京，并一路向东推进的时候，清朝的钦差大臣向荣便一直率军紧随其后。咸丰三年（1853）二月，向荣率军进至孝陵卫，建立起了围攻天京的江南大营。
二月二十五日（4月3日），直隶总督陈金绶、内阁学士胜保带领四千清军赶赴浦口。两天后，钦差大臣琦善也带领两千清军赶到浦口。三月九日（4月16日），琦善领军在扬州城外的雷塘集扎营，陈金绶、胜保在扬州城外帽儿墩扎营，建起了与向荣对应的江北大营。
当时，咸丰皇帝得知太平天国定都南京后，对江南军事防务进行了重新部署，调福州将军怡良为两江总督，署四川总督慧成转赴徐州一带堵防，谕令内阁学士许乃钊、湖北按察使江忠源帮办向荣军务。最初在南京周围集结的清军共有四万人，后来又向江苏遣去的各省绿营及旗兵共计八万余人，围攻天京的清军部队总共达到十二万人。
由于那个时候太平天国北伐军已经到达北方，因此咸丰皇帝给清军的部署是：一方面要随时防御太平军北上；另一方面则是包围南京，伺机展开进攻。
事实上向荣虽然驻扎在孝陵卫，也挡住了太平军向东发展的道路，但他的江南大营并无夺取南京的实力。他向咸丰皇帝报告说，以他目前的兵力，阻挡太平军尚且有些把握，但是南京城实在太大，如果围攻，实力还达不到。向荣的建议是，想要拿下南京必须智取，只有实现里应外合，才有机会成功。
通过和太平军的不断交手，向荣深刻认识到，如果想攻占南京，必须首先肃清长江上的太平军。为此，他从湖南征调了十四只炮船，自己又制造了十四只，并且筹集浙江的舰艇、外国货轮四十余只，共计大小战船七十余只，算是组建起了一支水师部队。咸丰皇帝为了支持向荣的水上作战，命令两广总督叶名琛在广东招募商船北上，交付向荣使用，并让叶名琛尽可能地向外国人征用或租用火轮船，尽全力增强向荣水师的实力。可是即便这样，向荣的水师与太平军拥有九军以及万余艘战船的水师部队相比，依旧是小巫见大巫。
不过咸丰皇帝已经等不了那么长时间了，在叶名琛征调的火轮船刚刚到位后，他就急令向荣发动对南京的进攻。他在五月二十九日（7月5日）的谕令中有这样一段话：
……总之，若能迅克金陵，则汝功最大，前罪都无；若仍吃紧时巧为尝试，则汝之罪难宽，朕必杀汝。凛之！
从这段话我们可以看出，咸丰皇帝当时已经心理失衡到什么程度，一个即将要对敌方的都城发起进攻的将领，居然承受着来自本方皇帝陛下施加的生命威胁，可想而知，向荣当时的心理会是一种什么状态。
向荣已经没有其他道路可选，前方就算是万丈悬崖他也必须前行。因此他在六月二日（7月7日）接到咸丰皇帝的谕令后，立即挑选精兵三千余人，佯攻南京朝阳门，暗中向太平门发起进攻；次日又偷袭朝阳门，均被太平军击退。七月五日（8月9日），向荣又偷袭汉西门未成，次日进攻雨花台、朝阳门均被打败。七月二十二日（8月26日），署江宁将军苏布通阿和总兵秦定三督兵进攻雨花台，也被太平军击退。
八月十七日（9月19日），向荣改变策略，不再实行强攻，而是让士兵改装易服，冒充赶集人，挑着鸡鸭鱼肉等，混入神策门外的买卖街，拟定以放火为号，趁着早市人多之际，偷袭神策门外的太平军营垒。可是由于放火的士兵与进攻的士兵配合不默契，结果被城楼上的太平军发现，城上顿时众炮齐发，清军抵挡不住只得撤回大营。
向荣的江南大营当时本就兵力不多，上述这一连串的进攻都被击败，就已经印证了向荣所说的—阻挡太平军尚有把握，而攻占南京城则无把握。可是咸丰皇帝并不这样想，他在十二月五日（1854年1月3日）的上谕中措辞十分严厉：
向荣自抵军营以来，实在与贼接仗，仅止钟山与七桥瓮两次。嗣后迭次奏报，非言攻战之难，即铺张进攻之法，究竟数月以来，从未见一真实胜仗。
总由骄滑之习，横结于中，不知悛改，殊堪痛恨！向荣接奉此旨，若再不迅速进攻，仍前迁延观望，国法具在，必当立置重典，断不能以东南暂保无事，遂从宽宥也。
在咸丰皇帝看来，自己对向荣已经给予了足够的耐心，如果不是向荣已经尽心进攻南京城，恐怕咸丰皇帝早已将其治罪。然而站在向荣的角度，江南大营的确是困难重重。
当时向荣除了要顾及南京之外，还得派兵增援镇江、上海，甚至援救江西和扬州，因为这些地方此时都在遭受着太平军的侵扰。到了咸丰三年（1854）十月的时候，向荣军只剩下万余人，真正能够上阵作战的也就几千人而已。向荣斗胆向咸丰皇帝奏请将江北大营的瞿腾龙部队的两千人中，拨给自己一千人使用。
咸丰皇帝断然拒绝，他认为向荣的这个请求，是削弱江北大营的愚蠢想法。江北大营一旦削弱，太平军就又有可能挥师北上，到时京畿地区受到威胁，向荣承担得了这个责任吗？因此他痛斥向荣说：
汝自广西追贼至江南，徒费多兵，未见有尺寸之功，尚何面目拨江北之兵？断不准行，汝必要江北兵，可将汝首送来。
咸丰皇帝的话让向荣无地自容，吓得他立即上表请罪，此后不敢再提请拨江北之兵的事。可是随着战局的发展，江南大营的兵力越来越捉襟见肘，向荣感觉自己的前途十分暗淡，也暗自埋怨皇帝陛下为什么如此不理解自己。他或许并不知道，江北大营也存在着诸多问题。
江北大营最初的最高指挥官是钦差大臣琦善，直隶提督陈金绶帮办军务，大营成立不久后就开始围攻扬州。咸丰三年（1853）十一月，太平军扬州守军在清军的极大压力下，在曾立昌、陈世保的指挥下冲出扬州，与赖汉英、黄生才等援军会合南走瓜州。琦善随后领军进入扬州，实际上是占了一座空城。
咸丰皇帝得到消息后，发出上谕，对琦善围攻扬州那么长时间最后仅是得到一座空城，表示极为不满，将琦善、陈金绶等一干人革职留营效力。那段时期琦善虽然丢了职位，但毕竟还能利用自己的威望统领着江北大营的军务。
次年江北大营便发生了人事变化。咸丰四年（1854）二月，琦善领兵进攻瓜州，遭到了太平军的顽强抵抗，总兵瞿腾龙战死，琦善因为战事颇为不顺也身染重病，半年后死于军中。咸丰皇帝以前任江宁将军托明阿为钦差大臣，督办扬州军务。托明阿就这样成了江北大营的第二任主帅。
身为满洲旗人的托明阿，也算是一员能征善战的勇将，历任参将、副将、总兵、提督、将军等职。咸丰三年（1853）他奉命领军援救安徽滁州，堵截太平天国北伐军，而后又尾追北伐军至河南、山西、直隶等地，因为作战负伤不得已解职休养。咸丰四年（1854）二月伤愈后，赴直隶僧格林沁军营帮办军务，奉命围攻阜城、东光、连镇，为镇压太平天国北伐军立下功劳。七月，托明阿被咸丰皇帝任命为钦差大臣后，就赶往扬州督办军务。咸丰皇帝特意下谕令，让他悉心筹划，与陈金绶等人全力配合镇压太平军，尤其要与江南大营的向荣经常联络，万万不可心存成见。
咸丰皇帝的谕令就如同一个预言，或许他对自己的臣子实在过于了解，所以才特意给托明阿下了这样一道谕令。后来的事实证明，托明阿仰仗自己镇压太平天国北伐军的那点儿功劳，丝毫不把向荣等人放在眼里，不仅没和向荣建立联络，而且对自己驻守的扬州地区也疏于防备。
早在咸丰三年（1853）的时候，因为上海小刀会的起义，内阁学士许乃钊因在上海镇压不利而被革职处分，咸丰皇帝以吉尔杭阿署江苏巡抚。咸丰五年正月一日（1855年2月17日），吉尔杭阿在法军提督拉尼尔的协助下，费尽九牛二虎之力终于拿下了上海，小刀会领导人刘丽川带领贴身的二百名卫兵想要从虹桥突围，最终寡不敌众战死，小刀会起义被镇压下去。
咸丰皇帝随后让吉尔杭阿奔赴江南大营帮办军务，这样一来就为向荣增添了一些实力。可是好景不长，咸丰五年（1855）十一月，咸丰皇帝不知出于什么意图，谕令吉尔杭阿移兵进攻镇江，试图切断镇江太平军守军与外界的联系。可是太平天国燕王秦日纲看出其意图，立即增兵镇江，当时已经升任冬官正丞相的陈玉成带领先锋部队一举冲过清军防线，与镇江守将殿左五检点吴如孝会师，成功建立了与镇江之间的协防战线。
咸丰六年（1856）二月，秦日纲与镇江城内守军内外夹攻大败清军，焚毁营盘十六座。当时清军防线一片大乱，秦日纲乘胜东进，由金山连夜渡江进兵瓜州，并于次日拂晓时分，发起了对江北大营的驻防地扬州的进攻。
由于托明阿疏于防备，在太平军连续摧毁营垒一百二十余座后，清军依旧没有组织起有效的抵抗。当时清军闻风而逃，托明阿最后被太平军打得只剩下千余人，不得不退守秦家楼、蒋王庙一带。三月一日（4月5日），太平军成功占领扬州府，这也就意味着苦心建立的江北大营，由于托明阿的疏于防范，基本上已经处于瘫痪状态。
太平军似乎并不想就此收手，三月十二日（4月16日），燕王秦日纲、丞相陈玉成、副丞相李秀成等领兵占据浦口，清军总兵武庆惧战而退走六合，向荣立即派遣总兵张国梁渡江增援。然而张国梁行动实在过于缓慢，一直到四月二十四日（5月27日），太平军自瓜州渡过金山攻陷了黄泥州，而张国梁才刚刚走了一半的路。眼看江北大营即将不保，吉尔杭阿自九华山带兵赶来增援，但是由于仓促应战，于四月二十九日（6月1日）在镇江高资被太平军打败，吉尔杭阿也在战斗中阵亡。五月一日（6月3日），太平军一鼓作气连破清军镇江、九华山七十余座营盘，总兵虎嵩林败走丹阳。
扬州和镇江的失守，意味着清军江北大营被太平军彻底攻破，这一切除了因为太平军作战英勇，更是托明阿疏于防备而引起的连锁反应。不过对于始终处在南北夹击状态下的太平天国都城天京来讲，倒是缓解了一定的压力。
五月十二日（6月14日），秦日纲、陈玉成等人领军回到天京，不过他们并没有进城，而是屯营城东，将目标对准了江南大营。
东王杨秀清十分明白，清军江北大营的破灭，一定会对江南大营的向荣在精神上造成极大的冲击。因此他并没有让秦日纲等人入天京城进行修整，而是让他们在城东补充粮草兵马后，于五月十六日（6月18日）与回到天京的翼王石达开一起，向江南大营发起进攻。
事实上，向荣闻听江北大营被太平军攻破的消息后，确实惊恐万分，但他并没想到太平军会如此神速地转向他的江南大营发起进攻，因此向荣算是仓促应战。五月十七日（6月19日），太平军分兵猛攻仙鹤门、紫金山清军大营，清军一触即溃。次日，太平军又从灵谷寺后翻山，突袭孝陵卫清军的四座马队营盘，同时分兵进攻洪武门、朝阳门，连破清军二十余座大营，最终将驻扎在孝陵卫的江南大营一举攻破。
向荣实在没想到他的江南大营会兵败如山倒，不得已只得连夜带着福兴、张国梁等人撤退到淳化镇，次日又败退到丹阳。秦日纲却是“宜将剩勇追穷寇”，在后边死死咬住向荣不放。咸丰皇帝得到消息后，将向荣、福兴、张国梁三人革职。
来自皇帝陛下的压力以及太平军的穷追不舍，终于将向荣压垮。虽然江南大营最终被攻破，他负有不可推卸的责任，但是很长时间以来，向荣都在兢兢业业地执行着皇帝陛下的谕令，甚至说到现在为止，在镇压太平天国的过程中，向荣一直表现得很积极。然而从咸丰皇帝先前多次痛斥他来看，向荣显然已经不再受到皇帝陛下的信任，虽然这次丢掉了江南大营，咸丰皇帝只是将他革职，但万念俱灰的向荣已预感到自己的命运将会走向何方。于是在一片晦暗笼罩下，向荣于七月九日（8月9日）在丹阳自缢身亡。
对于这位尽心尽力的高官来讲，也许死亡是一种最好的解脱。